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万見
- PDB-5zty: Crystal structure of human G protein coupled receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zty
タイトルCrystal structure of human G protein coupled receptor
要素G protein coupled receptor,T4 lysozyme,G protein coupled receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / cell signaling / ligand design
機能・相同性
機能・相同性情報


cannabinoid receptor activity / negative regulation of mast cell activation / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of action potential / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / regulation of metabolic process / leukocyte chemotaxis / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / viral release from host cell by cytolysis / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane ...cannabinoid receptor activity / negative regulation of mast cell activation / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of action potential / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / regulation of metabolic process / leukocyte chemotaxis / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / viral release from host cell by cytolysis / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / response to amphetamine / peptidoglycan catabolic process / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / G alpha (i) signalling events / perikaryon / host cell cytoplasm / response to lipopolysaccharide / defense response to bacterium / inflammatory response / immune response / dendrite / endoplasmic reticulum / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cannabinoid receptor type 2 / Cannabinoid receptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like ...Cannabinoid receptor type 2 / Cannabinoid receptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9JU / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Endolysin / Cannabinoid receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Li, X.T. / Hua, T. / Wu, L.J. / Liu, Z.J.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of the Human Cannabinoid Receptor CB2
著者: Li, X. / Hua, T. / Vemuri, K. / Ho, J.H. / Wu, Y. / Wu, L. / Popov, P. / Benchama, O. / Zvonok, N. / Locke, K. / Qu, L. / Han, G.W. / Iyer, M.R. / Cinar, R. / Coffey, N.J. / Wang, J. / Wu, M. ...著者: Li, X. / Hua, T. / Vemuri, K. / Ho, J.H. / Wu, Y. / Wu, L. / Popov, P. / Benchama, O. / Zvonok, N. / Locke, K. / Qu, L. / Han, G.W. / Iyer, M.R. / Cinar, R. / Coffey, N.J. / Wang, J. / Wu, M. / Katritch, V. / Zhao, S. / Kunos, G. / Bohn, L.M. / Makriyannis, A. / Stevens, R.C. / Liu, Z.J.
履歴
登録2018年5月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G protein coupled receptor,T4 lysozyme,G protein coupled receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,33316
ポリマ－56,1961
非ポリマー3,13715
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area24490 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)34.295, 106.240, 183.403
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 G protein coupled receptor,T4 lysozyme,G protein coupled receptor / Lysis protein / Lysozyme


分子量: 56195.910 Da / 分子数: 1
断片: UNP residues 21-222,UNP residues 1-161,UNP residues 235-352
変異: G78L, T127A, T153l,C1053T, C1096A,R242E, G304E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P34972, UniProt: D9IEF7, lysozyme

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非ポリマー , 8種, 64分子

#2: 化合物 ChemComp-9JU / N-(adamantan-1-yl)-1-(5-hydroxypentyl)-4-methyl-5-phenyl-1H-pyrazole-3-carboxamide


分子量: 421.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H35N3O2
#3: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.2
詳細: 100mM sodium cacodylate trihydrate pH 6.2, 40% PEG400, 400mM lithium sulfate monohydrate
PH範囲: 6.0-6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→45.96 Å / Num. obs: 17142 / % possible obs: 96.93 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 76.06 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique all: 11117 / Num. unique obs: 1576 / CC1/2: 0.87 / % possible all: 92.81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RH1

2rh1


解像度: 2.8→29.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU R Cruickshank DPI: 0.888 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.029 / SU Rfree Blow DPI: 0.365 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.365
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 856 5.08 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.226 16854 97.1 %-
原子変位パラメータBiso max: 236.41 Å2 / Biso mean: 95.84 Å2 / Biso min: 31.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.7312 Å20 Å20 Å2
2---24.3229 Å20 Å2
3---5.5918 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.5 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→29.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3508 0 169 49 3726
Biso mean--115.25 61.01 -
残基数----449
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1310SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes594HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3770HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion477SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3956SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3770HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5102HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.14
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.79
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.99 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3287 151 5.21 %
Rwork0.2708 2746 -
all0.274 2897 -
obs--94.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.83080.0885-0.31381.1756-0.87166.4443-0.05570.1859-0.0045-0.0466-0.0557-0.0593-0.38490.12570.1114-0.3225-0.00260.04450.53740.0747-0.437410.7085-1.5521-43.4207
22.0909-0.1078-0.18730.58730.7321.94730.0128-0.2290.5013-0.04820.06170.0175-0.43420.0764-0.0746-0.281-0.02760.03320.3826-0.0125-0.39867.716-18.2516.797
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|19 - A|319 }A19 - 319
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|1001 - A|1060 }A1001 - 1060

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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