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- PDB-5zt9: SirB from Bacillus subtilis with Ni2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zt9
タイトルSirB from Bacillus subtilis with Ni2+
要素Sirohydrochlorin ferrochelatase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Chelatase
機能・相同性sirohydrochlorin ferrochelatase / sirohydrochlorin ferrochelatase activity / Sirohydrochlorin cobaltochelatase CbiX-like / CbiX / siroheme biosynthetic process / metal ion binding / NICKEL (II) ION / Sirohydrochlorin ferrochelatase
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fujishiro, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science17K14510 日本
引用ジャーナル: To be published
タイトル: A route for metal acquisition for chelatase reaction catalyzed by SirB from Bacillus subtilis
著者: Fujishiro, T.
履歴
登録2018年5月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sirohydrochlorin ferrochelatase
B: Sirohydrochlorin ferrochelatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7106
ポリマ－60,4752
非ポリマー2354
水1,11762
1
A: Sirohydrochlorin ferrochelatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3553
ポリマ－30,2381
非ポリマー1172
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sirohydrochlorin ferrochelatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3553
ポリマ－30,2381
非ポリマー1172
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.730, 53.700, 78.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.660, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 2 through 254)
21(chain B and resid 2 through 254)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 2 - 254 / Label seq-ID: 14 - 266

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain A and resid 2 through 254)AA
2(chain B and resid 2 through 254)BB

-
要素

#1: タンパク質 Sirohydrochlorin ferrochelatase


分子量: 30237.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: sirB, ylnE, BSU15620 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: O34632, sirohydrochlorin ferrochelatase
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1 M Bicine, 20 %(w/v) PEG 6000, 10mM Nickel sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月23日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→43.426 Å / Num. obs: 13781 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.487 % / Biso Wilson estimate: 51.61 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.178 / Rrim(I) all: 0.21 / Χ2: 0.914 / Net I/σ(I): 6.24 / Num. measured all: 92210 / Scaling rejects: 59
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.8-2.93.4230.9971.2726490.5121.18599.6
2.9-33.4690.7651.723010.6350.90799.3
3-3.13.6640.6072.219860.7480.71199.5
3.1-3.23.630.4842.7317960.8310.56999.8
3.2-3.33.6180.4043.2315720.8640.47599.4
3.3-3.53.5780.3174.0526370.9150.37399.7
3.5-43.3880.1776.7244620.9620.2199.2
4-4.53.2620.119.8326880.9820.13299.8
4.5-63.6190.10510.4436830.9870.12399.2
6-103.2960.07112.8821030.9940.08599.1
10-43.4263.6910.05518.835670.9960.06497.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZT7

5zt7


解像度: 2.8→43.426 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2453 690 5.01 %
Rwork0.2119 --
obs0.2137 13777 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 127.33 Å2 / Biso mean: 56.7861 Å2 / Biso min: 12.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→43.426 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3977 0 4 62 4043
Biso mean--77.3 40.28 -
残基数----510
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2426X-RAY DIFFRACTION9.595TORSIONAL
12B2426X-RAY DIFFRACTION9.595TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.8001-3.01620.29311380.264626072745
3.0162-3.31960.29581350.254125792714
3.3196-3.79970.27571380.224826082746
3.7997-4.78630.23661370.190926062743
4.7863-43.43120.19921420.189326872829
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.27630.63891.02221.55931.23864.030.05760.55440.3458-0.13750.15130.1055-0.0970.0573-0.22290.37920.02480.00970.37310.11540.3085-10.80085.090324.53
24.3912-0.13871.84322.6953-1.33572.20910.0548-0.6051-0.43490.27090.16940.4116-0.1027-0.3997-0.24860.3227-0.04380.00920.40390.11890.3331-18.82950.906231.6654
34.28171.13471.51143.1920.1662.45260.2997-0.2074-0.54940.1542-0.1716-0.23550.3151-0.0709-0.13210.36860.0056-0.05110.22350.07180.39758.5846-4.639635.418
43.20731.17240.83484.55250.72262.62480.0576-0.6581-0.2260.32930.0704-0.35730.1043-0.0324-0.12460.33180.0371-0.02740.31830.03770.381213.3632.256940.6685
55.68051.51111.00052.39730.0811.20390.4994-0.3795-0.43680.1741-0.2316-0.0244-0.0227-0.1312-0.20640.39090.0088-00.28620.01580.37280.71910.473533.2002
64.10050.9646-0.19314.2397-1.05412.87890.11790.46080.0892-0.08220.0846-0.283-0.24330.1737-0.18570.38540.03170.04090.3854-0.0190.257442.257214.49895.2311
75.0443-0.2806-2.03484.5484-1.07963.5477-0.14270.85030.4735-0.70340.22490.27490.3535-0.534-0.11760.5063-0.0378-0.04160.52450.11980.477316.43697.84899.6264
82.3943-1.2771.58996.6833-0.7442.32470.09541.02210.6729-0.28480.2040.0574-0.221-0.2601-0.32050.5601-0.0729-0.08971.02430.33940.76859.62815.6094.6639
95.24870.7654-1.46681.5825-1.29483.89270.2460.05190.36010.03730.21810.713-0.3641-0.497-0.4430.36560.011-0.00330.42620.06120.465421.087413.860410.7441
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 31 )A2 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 106 )A32 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 107 through 155 )A107 - 155
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 156 through 198 )A156 - 198
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 199 through 257 )A199 - 257
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 106 )B1 - 106
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 107 through 155 )B107 - 155
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 156 through 180 )B156 - 180
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 181 through 254 )B181 - 254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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