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万見
- PDB-5zt2: Crystal structure of CCG DNA repeats at 1.66 angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zt2
タイトルCrystal structure of CCG DNA repeats at 1.66 angstrom resolution
要素DNA (5'-D(*TP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')
キーワードDNA / DNA structures / i-motifs / neurological disease / tetraplex structures
機能・相同性: / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.66002164937 Å
データ登録者Hou, M.H. / Wu, P.C. / Satange, R.B. / Chen, Y.W.
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic analysis of conformational change in CCG repeats into i-motif and unusual DNA duplex in presence and absence of CoII(Chro)2 complex
著者: Hou, M.H.
#1: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the identification of an i-motif tetraplex core with a parallel-duplex junction as a structural motif in CCG triplet repeats.
著者: Chen, Y.W. / Jhan, C.R. / Neidle, S. / Hou, M.H.
履歴
登録2018年5月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2019年5月15日ID: 4QNO
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4133
ポリマ－3,2951
非ポリマー1182
水1,06359
1
A: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8266
ポリマ－6,5902
非ポリマー2364
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)38.299, 38.299, 54.328
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-220-

HOH

21A-244-

HOH

31A-257-

HOH

41A-259-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')


分子量: 3295.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.31 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50mM Sodium cacodylate, 1mM Magnesium chloride, 5% MPD, 2mM Cobalt(II) chloride, 1mM Chromomycin A3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1.60572, 1.56518, 1.60490
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月18日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.605721
21.565181
31.60491
反射解像度: 1.66→30 Å / Num. obs: 3447 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 16.5972142739 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 41.724
反射 シェル解像度: 1.66→1.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.272 / Num. unique obs: 632

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.66002164937→12.4437277752 Å / SU ML: 0.20873662372 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.00486031212139 / 位相誤差: 30.6258331204
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255296437209 345 10.0087032202 %
Rwork0.233436819255 --
obs0.235638826004 3447 67.0883612301 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.7353127997 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66002164937→12.4437277752 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 218 2 59 279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00643641523394243
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.691642373619372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029969851243243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0030829249549811
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d31.4914944287106
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.66-1.71920.3224346464951580.2801596789131424X-RAY DIFFRACTION63.1284916201
2.0898-12.44410.2334588044561870.21878117981678X-RAY DIFFRACTION70.8855948309

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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