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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zsy | ||||||
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タイトル | RBM10-RRM2 domain and its lung cancer related mutant | ||||||
要素 | RNA-binding protein 10 | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / classical folding and binding mode | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / vascular associated smooth muscle cell proliferation / miRNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA splicing, via spliceosome ...vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / vascular associated smooth muscle cell proliferation / miRNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear speck / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Qin, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Structural, dynamics, and RNA binding comparison between RBM10-RRM2 domain and its lung cancer related mutation. 著者: Qin, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5zsy.cif.gz | 608.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5zsy.ent.gz | 516.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5zsy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5zsy_validation.pdf.gz | 478.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5zsy_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5zsy_validation.xml.gz | 165.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5zsy_validation.cif.gz | 117 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/5zsy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/5zsy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5zswC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9577.053 Da / 分子数: 1 / 断片: RBM10 RRM2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBM10, DXS8237E, GPATC9, GPATCH9, KIAA0122 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P98175 |
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配列の詳細 | Sequence of the protein is based on isoform 4 of database P98175 (RBM10_HUMAN). |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RBM10 RRM2[V354del], 90% H2O/10% D2O Label: 15N_13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 1.0 mM / 構成要素: RBM10 RRM2[V354del] / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N] |
試料状態 | 詳細: 20mM sodium Phosphate, 50mM sodium chloride イオン強度: 20mM sodium Phosphate, 50mM sodium chloride mM Label: condition_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 Pa / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 3 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |