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- PDB-5zse: Crystal structure of monkey TLR7 in complex with IMDQ and GGUCCC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zse
タイトルCrystal structure of monkey TLR7 in complex with IMDQ and GGUCCC
要素
  • RNA (5'-R(*GP*UP*CP*CP*C)-3')
  • Toll-like receptor 7
キーワードIMMUNE SYSTEM / Innate immunity Toll-like receptors
機能・相同性
機能・相同性情報


toll-like receptor 7 signaling pathway / toll-like receptor 8 signaling pathway / response to cGMP / siRNA binding / early phagosome / positive regulation of macrophage cytokine production / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / positive regulation of interferon-alpha production / canonical NF-kappaB signal transduction ...toll-like receptor 7 signaling pathway / toll-like receptor 8 signaling pathway / response to cGMP / siRNA binding / early phagosome / positive regulation of macrophage cytokine production / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / positive regulation of interferon-alpha production / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-8 production / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / double-stranded RNA binding / defense response to virus / lysosome / single-stranded RNA binding / receptor complex / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / endosome / inflammatory response / innate immune response / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily ...BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IDQ / RNA / Toll-like receptor 7
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.201 Å
データ登録者Zhang, Z. / Ohto, U. / Shimizu, T.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Structural Analyses of Toll-like Receptor 7 Reveal Detailed RNA Sequence Specificity and Recognition Mechanism of Agonistic Ligands.
著者: Zhang, Z. / Ohto, U. / Shibata, T. / Taoka, M. / Yamauchi, Y. / Sato, R. / Shukla, N.M. / David, S.A. / Isobe, T. / Miyake, K. / Shimizu, T.
履歴
登録2018年4月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Toll-like receptor 7
A: Toll-like receptor 7
C: RNA (5'-R(*GP*UP*CP*CP*C)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*UP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,08137
ポリマ－193,2264
非ポリマー5,85533
水12,809711
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16910 Å2
ΔGint-226 kcal/mol
Surface area62760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.875, 138.772, 149.482
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 BACD

#1: タンパク質 Toll-like receptor 7


分子量: 94745.594 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-839 / 変異: N167Q,N389Q,N488Q,N799Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: TLR7
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: B3Y653
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*UP*CP*CP*C)-3')


分子量: 1867.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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糖 , 2種, 14分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 730分子

#5: 化合物 ChemComp-IDQ / 1-[[4-(aminomethyl)phenyl]methyl]-2-butyl-imidazo[4,5-c]quinolin-4-amine / 1-(4-(アミノメチル)ベンジル)-2-ブチル-1H-イミダゾ[4,5-c]キノリン-4-アミン


分子量: 359.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25N5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 711 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 8000, ammonium sulfate, sodium citrate pH 5.0, Tris-HCl pH 7.5 and NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 104497 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.201→46.937 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2322 5179 4.96 %
Rwork0.1953 --
obs0.1971 104497 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.201→46.937 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12543 200 363 711 13817
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00913415
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13318262
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.0138025
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0622119
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072254
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2008-2.22580.29841480.24783116X-RAY DIFFRACTION96
2.2258-2.2520.27791840.23813289X-RAY DIFFRACTION100
2.252-2.27950.28021670.24613280X-RAY DIFFRACTION100
2.2795-2.30830.31581830.23893291X-RAY DIFFRACTION100
2.3083-2.33870.30861820.23333284X-RAY DIFFRACTION100
2.3387-2.37070.30191630.2373262X-RAY DIFFRACTION100
2.3707-2.40460.29061630.2393295X-RAY DIFFRACTION100
2.4046-2.44050.3081900.23863243X-RAY DIFFRACTION100
2.4405-2.47860.26321580.23563319X-RAY DIFFRACTION100
2.4786-2.51920.30221750.23333289X-RAY DIFFRACTION100
2.5192-2.56270.29171850.23993256X-RAY DIFFRACTION100
2.5627-2.60930.26351750.23443307X-RAY DIFFRACTION100
2.6093-2.65950.28211740.22973269X-RAY DIFFRACTION100
2.6595-2.71370.27211540.22683308X-RAY DIFFRACTION100
2.7137-2.77270.29721790.21873284X-RAY DIFFRACTION100
2.7727-2.83720.25281580.213340X-RAY DIFFRACTION100
2.8372-2.90820.25241760.22993284X-RAY DIFFRACTION100
2.9082-2.98680.2821790.23573308X-RAY DIFFRACTION100
2.9868-3.07470.26391690.22153281X-RAY DIFFRACTION100
3.0747-3.17390.26111750.22333310X-RAY DIFFRACTION100
3.1739-3.28730.2911690.21373330X-RAY DIFFRACTION100
3.2873-3.41890.24031470.19673338X-RAY DIFFRACTION100
3.4189-3.57440.20691750.19293331X-RAY DIFFRACTION100
3.5744-3.76280.20141740.17143318X-RAY DIFFRACTION100
3.7628-3.99840.19161750.15613352X-RAY DIFFRACTION100
3.9984-4.30690.18051770.15293337X-RAY DIFFRACTION100
4.3069-4.740.19221930.15473347X-RAY DIFFRACTION100
4.74-5.4250.19481660.16123382X-RAY DIFFRACTION100
5.425-6.83160.21181880.18523407X-RAY DIFFRACTION100
6.8316-46.94780.19981780.19333561X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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