PDB-5zq7: SidE-Ubi-NAD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zq7

タイトル

SidE-Ubi-NAD

要素

SidE
Ubiquitin

キーワード

CELL INVASION / ubiquitination

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / protein deubiquitination / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway ...NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / protein deubiquitination / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / p75NTR recruits signalling complexes / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / Regulation of pyruvate metabolism / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NF-kB is activated and signals survival / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NRIF signals cell death from the nucleus / Pexophagy / VLDLR internalisation and degradation / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Translesion synthesis by REV1 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Translesion synthesis by POLK / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Josephin domain DUBs / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TCF dependent signaling in response to WNT / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Regulation of NF-kappa B signaling / Asymmetric localization of PCP proteins / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / Regulation of signaling by CBL / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Negative regulation of FGFR3 signaling / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Fanconi Anemia Pathway / Vpu mediated degradation of CD4 / Assembly of the pre-replicative complex / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Negative regulation of FGFR2 signaling / Degradation of DVL / Peroxisomal protein import / Negative regulation of FGFR4 signaling / Stabilization of p53 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / EGFR downregulation / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Regulation of TNFR1 signaling / Termination of translesion DNA synthesis / Degradation of AXIN / Hh mutants are degraded by ERAD / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Activation of NF-kappaB in B cells / Iron uptake and transport / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Assembly Of The HIV Virion / Degradation of GLI1 by the proteasome
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.847 Å

データ登録者

Wang, Y. / Gao, A. / Gao, P.

資金援助

中国, 4件

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Structural Insights into Non-canonical Ubiquitination Catalyzed by SidE.
著者: Wang, Y. / Shi, M. / Feng, H. / Zhu, Y. / Liu, S. / Gao, A. / Gao, P.

履歴

登録	2018年4月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

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リンク

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#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (67)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (66)
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (6)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (5)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (8)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (3)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (4)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (3)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (2)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (2)
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イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SidE

B: Ubiquitin

D: Ubiquitin

C: SidE

ヘテロ分子

213 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.409, 129.381, 192.381
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SidE 分子量: 96813.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6RCR1, UniProt: Q6BBR6*PLUS
#2: タンパク質	Ubiquitin 分子量: 8691.896 Da / 分子数: 2 / Mutation: R42A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG48
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Tacsimate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.84→50 Å / Num. obs: 55129 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / R_merge(I) obs: 0.174 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.181 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 2.85→2.9 Å / CC_1/2: 0.826 / R_pim(I) all: 0.305

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
Coot		モデル構築
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ZQ5

5zq5

解像度: 2.847→48.939 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.22

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2394	2839	5.15 %
R_work	0.192	-	-
obs	0.1944	55129	99.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.847→48.939 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14374	0	134	0	14508

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	14742
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.237	19929
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.408	9077
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	2217
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2598

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.847-2.8961	0.3766	158	0.3019	2442	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8961-2.9488	0.3711	134	0.2678	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9488-3.0055	0.3274	119	0.2546	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0055-3.0668	0.2712	127	0.2473	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0668-3.1335	0.2869	146	0.2321	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1335-3.2064	0.3067	141	0.2389	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2064-3.2865	0.2986	144	0.2396	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2865-3.3754	0.2767	137	0.229	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3754-3.4747	0.2743	153	0.2088	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4747-3.5868	0.2659	125	0.1942	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5868-3.7149	0.2677	155	0.1932	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7149-3.8636	0.2408	134	0.1871	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8636-4.0394	0.2251	137	0.1729	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0394-4.2522	0.2211	166	0.1602	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2522-4.5185	0.2252	131	0.153	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5185-4.8671	0.1629	123	0.1484	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8671-5.3563	0.1912	155	0.1628	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3563-6.1301	0.2317	145	0.1911	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1301-7.7184	0.2426	153	0.2001	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
7.7184-48.9467	0.195	156	0.1823	2725	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8179	0.3095	0.1941	1.7482	0.9133	1.632	0.133	-0.2254	0.2709	0.0433	-0.0496	-0.1556	-0.019	0.0272	-0.0143	0.2384	-0.0272	0.048	0.2798	-0.0381	0.3439	78.2174	99.8758	127.6828
2	1.1264	1.0019	0.1046	1.8213	-0.7299	1.5538	0.2833	-0.4223	-0.2437	0.69	-0.3091	-0.2297	0.0716	-0.0315	-0.0419	0.5569	-0.1898	-0.0658	0.4702	0.0239	0.3422	73.6182	79.4568	142.0069
3	0.7263	0.1563	0.3189	0.6394	0.595	2.3859	0.0893	0.0337	0.0081	-0.0277	-0.0748	0.0186	0.1437	-0.2933	-0.0121	0.2353	-0.0018	-0.0019	0.237	0.0054	0.2659	62.1641	76.6556	92.2371
4	1.8256	0.4661	0.106	1.7689	0.0546	2.4458	-0.2782	-0.0737	0.0335	0.1143	0.0176	-0.0128	0.4641	-0.1884	-0.1043	0.5551	-0.1317	-0.0419	0.4785	0.0397	0.4766	46.9053	15.343	57.3957
5	0.5167	0.793	-0.6823	2.5048	-0.5825	1.7312	-0.2271	-0.1823	0.4883	0.3946	-0.2394	-0.2956	-0.1677	0.4564	0.1564	0.6331	0.0283	-0.0015	0.4165	0.1184	0.5262	72.2377	107.0897	81.9845
6	3.4881	-1.0292	-0.6432	1.704	-0.2196	1.5191	0.1175	0.581	0.6864	-0.7133	-0.2926	0.1039	-0.4323	0.5525	0.047	0.4695	-0.0038	-0.0285	0.475	0.1651	0.6138	70.5004	101.3949	73.1909
7	1.0553	0.2732	1.1721	2.4239	-0.1792	4.5385	-0.0134	0.3612	-0.0904	-0.563	0.0079	0.4882	0.2038	0.0152	0.0038	0.6669	0.184	0.0186	0.5156	0.0215	0.5733	60.3851	98.4173	77.18
8	0.7877	0.9156	0.4854	1.8589	0.5715	1.4751	-0.12	0.2119	0.5376	0.0728	-0.0763	-0.0052	-0.2511	-0.274	0.0021	0.4253	0.0016	0.0222	0.3524	-0.0074	0.4399	65.6172	100.0392	80.1534
9	0.8747	0.3749	-0.4492	0.1664	-0.2739	1.3474	0.0435	-0.4129	0.3185	0.1952	-0.3953	0.802	-0.1069	-0.4281	0.1531	0.8042	0.0537	0.2627	1.5264	0.0682	1.2008	-22.9394	2.2118	63.5005
10	2.7958	2.1604	0.3351	3.4169	-0.199	1.6164	-0.2928	-0.3929	-0.4076	0.322	-0.006	0.7353	0.0988	-1.0714	0.3783	0.632	-0.3589	0.162	1.2846	-0.1276	1.3726	-20.1892	-3.4458	63.1832
11	6.2586	-1.9768	-1.6733	1.1299	0.6466	0.5339	0.1045	-0.2616	0.1035	0.2305	0.1282	-0.0438	-0.0037	-0.0205	0.0584	1.0916	0.1931	0.1235	2.1181	-0.3131	1.4219	-21.8988	9.8502	73.1708
12	7.4449	1.1846	0.6151	1.6816	-1.932	2.8022	-0.1784	-0.0626	-0.4974	0.208	-0.3005	-0.0543	0.1232	-0.0641	0.029	0.8668	-0.021	0.3515	1.4425	0.1615	1.161	-16.8482	-0.5917	73.1383
13	0.0509	0.0506	0.001	0.0504	-0.0003	0.0025	0.2854	-0.6014	-0.7242	0.2724	0.1675	0.5242	0.4423	-0.4494	-0.1876	0.9853	0.1008	0.2376	1.4509	0.2421	1.116	-9.7921	-0.2693	69.1543
14	0.458	-0.7607	1.0967	1.5394	-1.577	3.3155	0.2417	-0.8011	0.2762	0.5295	-0.1481	-0.2303	-0.1046	0.2723	0.1118	0.8295	0.1573	-0.0198	1.735	-0.2834	1.0506	-11.9391	11.6033	66.0004
15	3.1902	4.635	1.0905	8.1214	0.9025	0.7105	0.0377	-0.1697	0.4362	0.1627	-0.2406	-0.0903	-0.365	0.3884	0.1645	1.6704	0.5261	0.4232	1.8138	-0.1034	1.3838	-18.043	14.7984	69.1273
16	0.7471	0.9514	0.4632	1.2277	0.6594	0.9447	0.3286	0.1589	0.2641	0.3633	-0.1785	0.8389	-0.0879	-0.996	0.0808	0.6478	0.2251	0.172	1.5259	0.3164	0.9003	-13.9707	4.2606	63.6286
17	1.3631	-0.0382	0.4512	1.7285	-0.3109	2.0051	0.0844	0.177	-0.2677	-0.0551	-0.0637	0.6107	0.3251	-0.5252	0.0719	0.3161	-0.0966	-0.0869	0.4446	-0.0696	0.6333	-15.7381	-10.2007	19.0592
18	1.4835	0.8761	0.3249	0.8464	0.0337	1.4877	-0.1241	0.5894	-0.4201	-0.5193	0.2935	0.3522	0.165	-0.1576	0.1143	0.3183	-0.0846	-0.1503	0.4333	-0.0915	0.4413	-8.834	-4.4116	11.2619
19	1.0756	0.0554	0.6881	1.0453	0.1231	1.2369	0.0244	0.5181	-0.2619	-0.307	0.1051	-0.0264	0.3041	0.4083	-0.0366	0.4265	-0.0313	0.007	0.508	-0.1034	0.4293	8.5888	-5.0788	15.4293
20	1.5879	-0.1271	0.4571	1.5355	-0.2368	1.8932	-0.3675	-0.2806	0.2176	0.5309	0.2025	-0.091	-0.5207	-0.2085	0.0135	0.5113	0.1933	-0.1003	0.3436	-0.0366	0.3096	10.7535	14.7911	65.8864
21	1.4968	-0.4945	0.3143	1.2461	0.0676	2.6292	-0.1717	-0.1098	-0.1286	0.0766	0.1304	0.0907	-0.1767	-0.2673	0.0247	0.2634	0.0326	-0.016	0.2627	0.0494	0.2914	0.7628	6.4604	42.5198
22	1.4719	1.6901	1.8243	1.5592	2.1027	2.4375	0.2581	-0.1251	0.1251	0.1362	0.0462	-0.1462	-0.3555	-0.2331	0.1244	0.811	-0.2889	-0.0786	0.4567	-0.1104	0.6143	42.0388	33.0709	74.7358
23	0.9878	-0.0839	0.4256	1.2465	0.3355	1.0393	-0.0521	0.2725	0.2099	0.601	-0.2346	0.0383	0.2563	0.6135	-0.0996	0.9718	-0.3857	-0.0177	0.8256	0.0636	0.6761	63.8181	37.5986	88.1886

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 222 through 413 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 414 through 552 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 553 through 919 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 920 through 1058 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 16 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 17 through 44 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 45 through 56 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 57 through 76 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 1 through 7 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 8 through 16 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 17 through 23 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 24 through 34 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 35 through 44 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 45 through 54 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 55 through 59 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 60 through 76 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 223 through 372 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 373 through 447 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 448 through 612 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 613 through 750 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 751 through 894 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 895 through 950 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 951 through 1058 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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