PDB-5zpv: Solution Structure of Thioredoxin-Like Effector Protein (TRX3) fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zpv

タイトル

Solution Structure of Thioredoxin-Like Effector Protein (TRX3) from Edwardsiella piscicida

要素

Thioredoxin (H-type,TRX-H)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Inhibitor / Redox activity / reactivity / active site / thiol-disulfide oxidoreductase

機能・相同性

Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily / Thioredoxin (H-type,TRX-H)

機能・相同性情報

生物種

Edwardsiella tarda EIB202 (バクテリア)

手法

溶液NMR / na

データ登録者

Sayed, A.M. / Mok, Y.K.

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Trxlp, a thioredoxin-like effector from Edwardsiella piscicida inhibits cellular redox signaling and nuclear translocation of NF-kappa B.
著者: Sayed, A. / Chakraborty, S. / Leung, K.Y. / Sugii, S. / Mok, Y.K.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月3日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_nmr_spectrometer Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zpv.cif.gz	382.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zpv.ent.gz	322.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zpv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4kmw-1 6vdt-1 4kmw-2 6vds-2 5vts-2 4hsx-2 4kjt-2 5ljh-d 1o0p-d 7cnb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 36180Solution Structure of Thioredoxin-Like Effector Protein (TRX3) from Edwardsiella tarda

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thioredoxin (H-type,TRX-H)

13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Thioredoxin (H-type,TRX-H) / Thiredoxin-Like protein (TRX3) 分子量: 13694.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Edwardsiella tarda EIB202 (バクテリア) 株: EIB202 / 遺伝子: ETAE_2186 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0Z9P5

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	3D HN(CA)CB
1	2	1	isotropic	1	3D CBCA(CO)NH
1	3	1	isotropic	1	3D CC(CO)NH
1	4	1	isotropic	1	3D HCC(CO)NH
1	5	1	isotropic	1	3D NOESY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] TRX3, 90% H2O/10% D2O / Label: 13C_15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 0.5 mM / 構成要素: TRX3 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態	イオン強度: 20 mM / Label: 1 / pH: 6.5 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
Sparky		Goddard	chemical shift assignment
Sparky		Goddard	peak picking

精密化

手法: na / ソフトェア番号: 2

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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