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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zpu | ||||||
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タイトル | LFS829 in complex with CRM1-Ran-RanBP1 | ||||||
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![]() | TRANSPORT PROTEIN / nuclear export / complex / mutant / activation | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear export signal receptor activity / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / tRNA export from nucleus ...tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear export signal receptor activity / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins / protein localization to kinetochore / SUMOylation of RNA binding proteins / U4 snRNA binding / protein localization to nucleolus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / spindle pole body / Nuclear import of Rev protein / nuclear export / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / RNA export from nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of chromatin organization proteins / nuclear import signal receptor activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / DNA metabolic process / MAPK6/MAPK4 signaling / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal large subunit export from nucleus / U5 snRNA binding / viral process / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / nuclear pore / ribosomal subunit export from nucleus / mRNA export from nucleus / U1 snRNA binding / ribosomal small subunit export from nucleus / centriole / GTPase activator activity / protein export from nucleus / mitotic spindle organization / Transcriptional regulation by small RNAs / G1/S transition of mitotic cell cycle / recycling endosome / kinetochore / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / positive regulation of protein binding / protein import into nucleus / GDP binding / melanosome / nuclear envelope / mitotic cell cycle / G protein activity / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cadherin binding / protein heterodimerization activity / cell division / GTPase activity / chromatin binding / chromatin / GTP binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sun, Q. / Lei, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: To be published 著者: Sun, Q. / Lei, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 296.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 228.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 47.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 68.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4hatS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 24414.025 Da / 分子数: 1 / 変異: L182A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 16320.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / プラスミド: pGEX4t-1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 117442.812 Da / 分子数: 1 変異: D537G, T539C, V540E, K541Q, Y1022C,D537G, T539C, V540E, K541Q, Y1022C 由来タイプ: 組換発現 詳細: Chain C comprises residues 1-376 and 414-1058 of Exportin-1 (UNP P30822) with residues 377-413 deleted. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / プラスミド: pGEX4t-1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 5種, 314分子 








#4: 化合物 | ChemComp-GTP / |
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#5: 化合物 | ChemComp-MG / |
#6: 化合物 | ChemComp-D29 / ( |
#7: 化合物 | ChemComp-CL / |
#8: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.94 % / Mosaicity: 0.383 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 18% PEG3350, 200mM Ammonium Nitrate, 100mM Bis-Tris pH6.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月8日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→50.01 Å / Num. obs: 54140 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 42.5 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.306 / Χ2: 1.027 / Net I/σ(I): 2.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4HAT 解像度: 2.6→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 13.124 / SU ML: 0.258 / SU R Cruickshank DPI: 0.7959 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.796 / ESU R Free: 0.321 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 151.69 Å2 / Biso mean: 59.084 Å2 / Biso min: 25.99 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→50.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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