PDB-5zov: Inward-facing conformation of L-ascorbate transporter UlaA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zov

タイトル

Inward-facing conformation of L-ascorbate transporter UlaA

要素

PTS ascorbate-specific subunit IIBC

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / L-ascorbate PTS

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pasteurella multocida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.333 Å

データ登録者

Wang, J.W.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
Ministry of Science and Technology (China)	2015CB910104	中国
Ministry of Science and Technology (China)	2016YFA0501103	中国
National Natural Science Foundation of China	31621092	中国

引用

ジャーナル: Cell Discov / 年: 2018
タイトル: Inward-facing conformation of l-ascorbate transporter suggests an elevator mechanism
著者: Luo, P. / Dai, S. / Zeng, J. / Duan, J. / Shi, H. / Wang, J.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp / struct_site / struct_site_gen / Item: _chem_comp.type / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zov.cif.gz	319.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zov.ent.gz	262.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zov.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zov_validation.pdf.gz	437.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zov_full_validation.pdf.gz	449.5 KB	表示
XML形式データ	5zov_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	5zov_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/5zov ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/5zov	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rp9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2j7b-d 5xgz-d 4blt-d 4fyz-d 3qwu-d 3ju6-1 4x93-d 5mv0-1 3zpi-d 3umj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PTS ascorbate-specific subunit IIBC

B: PTS ascorbate-specific subunit IIBC

ヘテロ分子

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.336, 107.336, 113.288
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	PTS ascorbate-specific subunit IIBC / UlaA 分子量: 50908.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pasteurella multocida (バクテリア) 遺伝子: AZI96_02610 / 発現宿主: Enterobacteria phage L1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A1D7R1K6, UniProt: Q9CMQ1*PLUS
#2: 糖	ChemComp-ASC / ASCORBIC ACID / Vitamin C / アスコルビン酸タイプ: L-saccharide / 分子量: 176.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₆ / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.64 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.28M CaCl2, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5,42% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.35→50 Å / Num. obs: 20489 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 3.35→3.47 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.841 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. unique obs: 2129 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4RP9

4rp9

解像度: 3.333→34.986 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.15 / 位相誤差: 34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3165	896	4.75 %
R_work	0.2732	-	-
obs	0.2753	18854	88.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.333→34.986 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6164	0	0	0	6164

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6320
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.593	8586
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.33	3596
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	1010
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1036

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3328-3.5414	0.4113	55	0.3188	1530	X-RAY DIFFRACTION	45
3.5414-3.8146	0.3735	201	0.2875	3350	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8146-4.1979	0.3269	180	0.27	3353	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1979-4.804	0.268	171	0.2528	3371	X-RAY DIFFRACTION	100
4.804-6.0474	0.3284	128	0.2809	3425	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0474-34.9878	0.2941	161	0.2684	2929	X-RAY DIFFRACTION	87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0911	-0.028	-0.0359	0.0693	0.0108	0.0729	-0.1592	-0.0111	0.1574	0.0138	-0.0537	0.0197	-0.0936	-0.0711	-0.4348	0.4348	0.2568	-0.2818	0.016	-0.0848	0.3876	30.2197	1.5995	-12.1509
2	0.0372	0.0047	0.0239	0.011	0.0034	0.0089	0.1107	0.0819	0.0199	-0.0089	0.0341	0.0236	-0.0475	-0.0559	0.1373	0.6101	0.4439	-0.462	0.3886	0.2226	0.7018	34.7479	11.4422	-23.4829
3	0.0616	0.0615	0.0671	0.1635	-0.0146	0.1086	-0.1763	0.1035	0.187	-0.1342	-0.1817	0.027	0.0206	-0.1347	-0.532	0.3689	0.551	-0.3182	0.3798	-0.2838	0.6408	24.8626	-7.7954	-32.0154
4	0.2128	-0.1099	-0.0242	0.0799	0.0219	0.1399	-0.0906	0.0797	-0.023	-0.059	-0.2711	-0.0959	-0.0672	0.0332	-0.5408	0.3363	0.4348	0.239	0.4732	0.1319	0.3617	47.4595	-4.1049	-31.6551
5	0.261	-0.0964	0.03	0.3758	0.0444	0.5688	-0.2177	0.2253	0.2253	-0.043	-0.3381	-0.0461	-0.2132	0.1746	-0.8006	0.0372	-0.0553	-0.2167	-0.0243	-0.0506	0.0607	43.1451	-1.0432	-23.9299
6	0.0066	0.007	-0.001	0.0027	0.0138	0.0469	-0.1016	0.0806	-0.0363	-0.1033	-0.0971	-0.0981	-0.2175	0.0556	-0.066	0.6297	0.5209	-0.0258	0.7628	0.4899	0.5694	46.3804	0.6165	-36.2251
7	0.0258	-0.0036	-0.0007	-0.0007	-0.0022	0.0017	-0.0197	-0.0004	0.0361	0.0284	0.0325	-0.0205	-0.0098	-0.0132	0.0033	0.5372	0.2465	-0.4688	0.2878	0.1689	0.3573	31.6699	5.5835	-35.6845
8	0.0369	-0.0134	0.0173	0.017	0.0137	0.0504	-0.0331	0.0268	-0.0008	-0.0271	-0.0313	0.0368	-0.018	-0.0011	-0.1342	0.3019	0.1394	-0.1497	0.3014	-0.1637	0.3223	27.5982	-14.2859	-47.8493
9	0.1049	0.0242	0.0919	0.1241	0.0006	0.0392	-0.1681	-0.1169	0.1791	0.3222	-0.1081	-0.0723	-0.3373	-0.0498	-0.318	0.4509	0.1711	-0.2114	-0.9066	-0.4316	-0.0225	43.9371	6.6931	9.4843
10	0.1505	-0.0377	0.0948	0.1013	0.0579	0.1223	-0.2399	-0.1062	-0.0189	0.0438	-0.0379	0.066	-0.0832	0.0271	-0.2886	0.8467	0.156	0.0966	0.025	0.0135	0.2632	46.2151	-5.5675	23.1136
11	0.0212	0.0186	-0.0168	0.026	-0.025	0.0248	-0.0407	-0.0136	-0.0392	-0.0248	-0.0159	-0.0268	0.0065	0.0172	-0.0358	0.5341	0.0033	0.3211	0.4506	-0.1716	0.4183	21.1755	-5.0884	6.0393
12	0.2162	-0.164	-0.0835	0.1286	0.0669	0.0704	-0.1016	0.0204	-0.0814	0.1319	0.0252	0.0204	0.0514	-0.0407	-0.2549	0.4046	0.3755	-0.1911	0.0043	-0.2367	0.3208	40.9374	-5.4432	5.8265
13	0.0913	-0.0014	-0.0814	0.0031	-0.0042	0.0801	-0.1037	-0.2076	-0.0626	0.0952	-0.1266	0.1071	-0.0723	-0.2097	-0.0839	0.9219	0.1632	0.2284	0.6505	-0.3399	0.6412	28.868	-5.4589	20.8344
14	0.0815	-0.0238	-0.0077	0.0957	0.0372	0.0168	-0.1172	0.0002	0.0274	-0.0302	-0.0384	0.0061	0.0062	-0.0805	-0.0854	0.8886	0.245	0.0888	0.4732	-0.5627	0.519	36.9924	7.7132	21.645
15	0.1388	0.0882	-0.173	0.0557	-0.1108	0.2264	-0.1582	-0.0627	0.0216	0.0381	-0.118	0.0107	0.1009	0.0408	-0.0701	0.8316	0.0154	-0.2698	0.3757	-0.2598	0.674	55.1201	-0.0511	33.717

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 37 through 74 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 75 through 97 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 98 through 176 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 177 through 262 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 263 through 356 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 357 through 404 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 405 through 432 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 433 through 460 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 37 through 154 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 155 through 229 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 230 through 262 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 263 through 324 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 325 through 405 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 406 through 432 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 433 through 460 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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