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- PDB-5zo7: Kinesin spindle protein Eg5 in complex with STLC-type inhibitor P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zo7
タイトルKinesin spindle protein Eg5 in complex with STLC-type inhibitor PVEI0138
要素Kinesin-like protein KIF11
キーワードCELL CYCLE / motor domain / ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / plus-end-directed microtubule motor activity / Kinesins / mitotic centrosome separation / kinesin complex / microtubule motor activity / spindle organization / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement ...spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / plus-end-directed microtubule motor activity / Kinesins / mitotic centrosome separation / kinesin complex / microtubule motor activity / spindle organization / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement / mitotic spindle assembly / MHC class II antigen presentation / mitotic spindle organization / spindle / spindle pole / mitotic spindle / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / ciliary basal body / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / protein kinase binding / protein-containing complex / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. ...Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5C5 / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Kinesin-like protein KIF11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Yokoyama, H. / Sato, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science17K07316 日本
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2018
タイトル: Structural and Thermodynamic Basis of the Enhanced Interaction between Kinesin Spindle Protein Eg5 and STLC-type Inhibitors.
著者: Yokoyama, H. / Sawada, J.I. / Sato, K. / Ogo, N. / Kamei, N. / Ishikawa, Y. / Hara, K. / Asai, A. / Hashimoto, H.
履歴
登録2018年4月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _entity.formula_weight
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF11
B: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,53610
ポリマ－82,6022
非ポリマー1,9348
水1,31573
1
A: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2685
ポリマ－41,3011
非ポリマー9674
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16420 Å2
手法PISA
2
B: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2685
ポリマ－41,3011
非ポリマー9674
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.347, 50.580, 93.689
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETTHRTHRAA16 - 547 - 45
21METMETTHRTHRBB16 - 547 - 45
12ASPASPASNASNAA59 - 27150 - 262
22ASPASPASNASNBB59 - 27150 - 262
13ASNASNASNASNAA287 - 366278 - 357
23ASNASNASNASNBB287 - 366278 - 357

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF11 / Kinesin-like protein 1 / Kinesin-like spindle protein HKSP / Kinesin-related motor protein Eg5 / ...Kinesin-like protein 1 / Kinesin-like spindle protein HKSP / Kinesin-related motor protein Eg5 / Thyroid receptor-interacting protein 5 / TRIP-5


分子量: 41300.910 Da / 分子数: 2 / 断片: Kinesin motor domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF11, EG5, KNSL1, TRIP5 / プラスミド: pColdIII / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CodonPlus RIL / 参照: UniProt: P52732

-
非ポリマー , 5種, 81分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-5C5 / (2R)-2-azanyl-3-[[2-(4-methoxyphenyl)-2-tricyclo[9.4.0.0^{3,8}]pentadeca-1(11),3,5,7,12,14-hexaenyl]sulfanyl]propanoic acid


分子量: 419.536 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H25NO3S
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG 3350, 0.1M MES, 0.2M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月26日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 22457 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.37 % / Biso Wilson estimate: 33.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 3209 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0048精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→19.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 34.494 / SU ML: 0.338 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.397 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28287 2265 10.1 %RANDOM
Rwork0.22533 ---
obs0.23112 20191 99.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 49.706 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20 Å20.07 Å2
2---2.12 Å20 Å2
3---1.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→19.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5248 0 126 73 5447
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0195456
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025252
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.54327396
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.907312092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5615658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.62924.167240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.79715988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0691542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026022
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021190
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9781.8142652
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9781.8142650
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7572.7153304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7562.7153305
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9971.9552804
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9971.9572801
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.732.8864087
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.61414.4255937
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.60614.4025929
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A18620.07
12B18620.07
21A121580.09
22B121580.09
31A45970.07
32B45970.07
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 164 -
Rwork0.351 1429 -
obs--97.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.725-0.9231-0.19013.3904-0.6561.36810.00320.01060.02460.10780.02910.3533-0.0264-0.2874-0.03230.0295-0.02420.06910.2375-0.04180.172821.13030.68090.9739
23.20750.7781-0.3472.75880.33961.52130.0117-0.26730.10530.03890.0307-0.2088-0.14970.2888-0.04240.230.01820.24230.22310.0370.309748.1527-2.905244.6876
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 603
2X-RAY DIFFRACTION2B16 - 603

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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