PDB-5znu: Structure of omega conotoxin Bu8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5znu

タイトル

Structure of omega conotoxin Bu8

要素

Omega-conotoxin-like Bu8

キーワード

TOXIN / Conotoxin

機能・相同性

Conotoxin, omega-type, conserved site / Omega-conotoxin family signature. / ion channel inhibitor activity / calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Omega-conotoxin Bu8

機能・相同性情報

生物種

Conus bullatus (ナツメイモ)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Liu, X. / Jiang, L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution structure of omega conotoxin bu8
著者: Liu, X. / Jiang, L.

履歴

登録	2018年4月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5znu.cif.gz	131.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5znu.ent.gz	91.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5znu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5znu_validation.pdf.gz	420.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5znu_full_validation.pdf.gz	483.1 KB	表示
XML形式データ	5znu_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	5znu_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/5znu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/5znu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1dmd-d 5ngn-1 6cei-d 2lo9-d 5kwp-d 2cco-d 5ngn-2 1ixt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 36177omega conotoxin Bu8

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Omega-conotoxin-like Bu8

2.77 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Omega-conotoxin-like Bu8 分子量: 2765.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus bullatus (ナツメイモ) / 参照: UniProt: P0CY66
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	isotropic	1	2D DQF-COSY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 50 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O / Label: Natural Abundance / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 50 mM / 構成要素: sodium phosphate / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: 250 mM / Label: conditions_1 / pH: 3.5 / 圧: 1 bar / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 850 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	BRUNGER, ADAMS, CLORE, GROS, NILGES AND READ	精密化
CYANA		構造決定
CARA		構造決定

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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