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万見
- PDB-5zn9: Crystal structure of PX domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zn9
タイトルCrystal structure of PX domain
要素Sorting nexin-27
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / PX / lipid / vesicle / retromer
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of natural killer cell polarity / postsynaptic early endosome / postsynaptic recycling endosome / regulation of synapse maturation / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / endocytic recycling / endosomal transport / endosome to lysosome transport / immunological synapse / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels ...establishment of natural killer cell polarity / postsynaptic early endosome / postsynaptic recycling endosome / regulation of synapse maturation / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / endocytic recycling / endosomal transport / endosome to lysosome transport / immunological synapse / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport / Schaffer collateral - CA1 synapse / early endosome membrane / early endosome / endosome / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / signal transduction / cytosol
類似検索 - 分子機能
SNX27, atypical FERM-like domain / SNX27, PX domain / SNX27, RA domain / Phox-like domain / PX Domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. ...SNX27, atypical FERM-like domain / SNX27, PX domain / SNX27, RA domain / Phox-like domain / PX Domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.776 Å
データ登録者Li, Y. / Zhu, Z. / Li, F. / Liao, S. / Xu, C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570737 中国
National Natural Science Foundation of China31500601 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of PX domain
著者: Li, Y. / Zhu, Z. / Li, F. / Liao, S. / Xu, C.
履歴
登録2018年4月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-27
B: Sorting nexin-27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4585
ポリマ－26,1702
非ポリマー2883
水2,648147
1
A: Sorting nexin-27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2773
ポリマ－13,0851
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6260 Å2
手法PISA
2
B: Sorting nexin-27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1812
ポリマ－13,0851
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area6260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.334, 47.707, 47.832
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-27


分子量: 13084.896 Da / 分子数: 2 / 断片: PX-domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX27, KIAA0488, My014 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96L92
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.62 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M LiSO4; 0.1M Tris; pH 8.5; 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.776→49.17 Å / Num. obs: 21984 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 12.5 % / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 1.776→1.84 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LUI

3lui


解像度: 1.776→49.167 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2173 1987 9.04 %
Rwork0.1891 --
obs0.1916 21983 98.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.776→49.167 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1657 0 15 147 1819
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061735
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8242346
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5431047
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048244
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006304
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7755-1.81990.22481250.19771323X-RAY DIFFRACTION93
1.8199-1.86910.23891410.18961382X-RAY DIFFRACTION98
1.8691-1.92410.22611390.19651403X-RAY DIFFRACTION97
1.9241-1.98620.25131380.17811421X-RAY DIFFRACTION97
1.9862-2.05720.22571410.17861383X-RAY DIFFRACTION99
2.0572-2.13960.21521380.18261419X-RAY DIFFRACTION99
2.1396-2.2370.21361410.19151425X-RAY DIFFRACTION98
2.237-2.35490.23151460.17781403X-RAY DIFFRACTION99
2.3549-2.50240.21661450.19491453X-RAY DIFFRACTION98
2.5024-2.69560.23651440.19681426X-RAY DIFFRACTION99
2.6956-2.96690.22711430.19641450X-RAY DIFFRACTION99
2.9669-3.39610.18331480.19051460X-RAY DIFFRACTION99
3.3961-4.27830.19641440.18151491X-RAY DIFFRACTION99
4.2783-49.18580.23371540.19351557X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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