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- PDB-5zm3: Fe(II)/(alpha)ketoglutarate-dependent dioxygenase AndA with prean... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zm3
タイトルFe(II)/(alpha)ketoglutarate-dependent dioxygenase AndA with preandiloid B
要素Dioxygenase andA
キーワードOXIDOREDUCTASE / Oxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / terpenoid biosynthetic process / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / q2cbj1_9rhob like domain / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9FR / 2-OXOGLUTARIC ACID / : / Dioxygenase andA
類似検索 - 構成要素
生物種Emericella variicolor (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Nakashima, Y. / Senda, T.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Structural and Computational Bases for Dramatic Skeletal Rearrangement in Anditomin Biosynthesis.
著者: Nakashima, Y. / Mitsuhashi, T. / Matsuda, Y. / Senda, M. / Sato, H. / Yamazaki, M. / Uchiyama, M. / Senda, T. / Abe, I.
履歴
登録2018年4月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dioxygenase andA
B: Dioxygenase andA
C: Dioxygenase andA
D: Dioxygenase andA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,87516
ポリマ－135,4184
非ポリマー2,45812
水7,620423
1
A: Dioxygenase andA
ヘテロ分子

D: Dioxygenase andA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9388
ポリマ－67,7092
非ポリマー1,2296
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area20300 Å2
手法PISA
2
B: Dioxygenase andA
ヘテロ分子

C: Dioxygenase andA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9388
ポリマ－67,7092
非ポリマー1,2296
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area20800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.642, 73.340, 86.971
Angle α, β, γ (deg.)75.97, 71.35, 89.68
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Dioxygenase andA / Anditomin synthesis protein A


分子量: 33854.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Emericella variicolor (カビ) / 遺伝子: andA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A097ZPD5, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: A0A097ZPD5, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C5H6O5
#4: 化合物
ChemComp-9FR / (6aS,8aR,12aS,12bR,13aR)-5,6a,9,9,12a,13a-hexamethyl-7,8,8a,9,11,12,12a,12b,13,13a-decahydro-3H-benzo[a]furo[3,4-j]xanthene-3,4,10(1H,6aH)-trione / Preandiloid B


分子量: 412.519 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H32O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% (w/v) PEG 3350, 200mM sodium tartrate, 20% DMF

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→47.35 Å / Num. obs: 65777 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.25→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.513 / Num. unique obs: 4400

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YBM

5ybm


解像度: 2.25→47.293 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 30.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2737 3428 5.21 %
Rwork0.213 --
obs0.2163 65772 97.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→47.293 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8668 0 164 423 9255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089032
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99312343
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5575417
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071633
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2502-2.2890.31331870.26273079X-RAY DIFFRACTION91
2.289-2.33050.29591540.26443070X-RAY DIFFRACTION92
2.3305-2.37530.32931660.25433094X-RAY DIFFRACTION92
2.3753-2.42380.36461350.26673170X-RAY DIFFRACTION93
2.4238-2.47640.29491800.25553061X-RAY DIFFRACTION92
2.4764-2.5340.32321590.24663123X-RAY DIFFRACTION93
2.534-2.59730.3461720.24743088X-RAY DIFFRACTION92
2.5973-2.66740.33161510.25523104X-RAY DIFFRACTION93
2.6674-2.74580.34291630.23963129X-RAY DIFFRACTION92
2.7458-2.83430.29461630.23383132X-RAY DIFFRACTION93
2.8343-2.93550.29331690.22383073X-RAY DIFFRACTION92
2.9355-3.05280.2761520.22143141X-RAY DIFFRACTION93
3.0528-3.19150.28671410.21323190X-RAY DIFFRACTION94
3.1915-3.35940.27091490.19873096X-RAY DIFFRACTION93
3.3594-3.56930.27691680.19033154X-RAY DIFFRACTION94
3.5693-3.8440.23291800.18423152X-RAY DIFFRACTION93
3.844-4.22910.25051690.17863159X-RAY DIFFRACTION94
4.2291-4.83720.22061500.16383173X-RAY DIFFRACTION94
4.8372-6.07960.25521820.21013136X-RAY DIFFRACTION94
6.0796-24.90290.24241780.22153133X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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