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万見
- PDB-5zl1: Hexameric structure of copper-containing nitrite reductase of an ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zl1
タイトルHexameric structure of copper-containing nitrite reductase of an anammox organism KSU-1
要素Putative copper-type nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Copper-containing nitrite reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 亜硝酸レダクターゼ (NO形成) / nitrite reductase (NO-forming) activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Jettenia caeni (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hira, D. / Matsumura, M. / Kitamura, R. / Fujii, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of ScienceJSPS KAKENHI 16K07703 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Hexameric structure of copper-containing nitrite reductase of an anammox organism KSU-1
著者: Hira, D. / Matsumura, M. / Kitamura, R. / Fujii, T.
履歴
登録2018年3月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative copper-type nitrite reductase
B: Putative copper-type nitrite reductase
C: Putative copper-type nitrite reductase
D: Putative copper-type nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,02321
ポリマ－143,9074
非ポリマー1,11617
水61334
1
A: Putative copper-type nitrite reductase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,44030
ポリマ－215,8606
非ポリマー1,57924
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area20920 Å2
ΔGint-354 kcal/mol
Surface area57990 Å2
手法PISA
2
B: Putative copper-type nitrite reductase
C: Putative copper-type nitrite reductase
D: Putative copper-type nitrite reductase
ヘテロ分子

B: Putative copper-type nitrite reductase
C: Putative copper-type nitrite reductase
D: Putative copper-type nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,56732
ポリマ－215,8606
非ポリマー1,70626
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_444-x-2/3,-x+y-1/3,-z-1/31
Buried area21730 Å2
ΔGint-373 kcal/mol
Surface area58060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)270.217, 270.217, 128.909
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 21 - 326 / Label seq-ID: 21 - 326

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Putative copper-type nitrite reductase


分子量: 35976.699 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Jettenia caeni (バクテリア)
遺伝子: KSU1_D0929 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: I3IR93
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.27 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM Tris-HCl, 500mM lithium sulfate, 4% PEG 4000 (pH8.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 29860 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 1.255 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
3.2-3.2611.50.56914820.9330.1760.5961.102
3.26-3.3111.50.47214940.9580.1450.4941.075
3.31-3.3811.60.45314810.9520.1390.4741.103
3.38-3.4511.60.35114790.9740.1080.3671.106
3.45-3.5211.60.30714840.9820.0940.3211.104
3.52-3.611.60.25714710.9870.0790.2691.117
3.6-3.6911.60.21814850.9890.0670.2281.136
3.69-3.7911.60.21314840.990.0650.2231.138
3.79-3.9111.60.17914730.9930.0550.1881.129
3.91-4.0311.60.1514920.9950.0460.1571.168
4.03-4.1811.60.12414760.9970.0380.1291.217
4.18-4.3411.60.10115000.9970.0310.1061.23
4.34-4.5411.60.0914790.9980.0280.0941.258
4.54-4.7811.60.07715100.9980.0240.081.242
4.78-5.0811.60.07414890.9980.0230.0771.319
5.08-5.4711.50.08614850.9980.0260.091.511
5.47-6.0211.50.09115120.9970.0280.0951.709
6.02-6.8911.50.08315050.9980.0250.0861.678
6.89-8.6711.40.05815140.9990.0180.061.335
8.67-50110.0415650.9990.0130.0421.415

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KBW

1kbw


解像度: 3.2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 22.064 / SU ML: 0.375 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.482
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2537 1507 5.1 %RANDOM
Rwork0.2403 ---
obs0.241 28237 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.2 Å2 / Biso mean: 55.878 Å2 / Biso min: 11.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.39 Å2-0.7 Å20 Å2
2---1.39 Å20 Å2
3---4.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9548 0 33 34 9615
Biso mean--71.73 28.89 -
残基数----1224
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0199893
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.029176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3721.94313360
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.525321152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1351220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.223.947456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.749151524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2251544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02111188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.022304
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A375820.07
12B375820.07
21A368360.1
22C368360.1
31A368940.09
32D368940.09
41B368620.1
42C368620.1
51B370040.08
52D370040.08
61C369340.1
62D369340.1
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 92 -
Rwork0.316 2084 -
all-2176 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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