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- PDB-5zkm: Crystal structure of Streptococcus pneumoniae SP_0782 (residues 7... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zkm
タイトルCrystal structure of Streptococcus pneumoniae SP_0782 (residues 7-79) in complex with single-stranded DNA TCTTCC
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*TP*CP*C)-3')
  • SP_0782
キーワードUNKNOWN FUNCTION/DNA / protein-DNA complex / UNKNOWN FUNCTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcriptional Co-activator pc4; Chain A - #70 / PC4-like / Transcriptional coactivator p15 (PC4), C-terminal / Transcriptional Coactivator p15 (PC4) / Transcriptional Co-activator pc4; Chain A / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Transcriptional coactivator p15 (PC4) C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Lu, G. / Li, S. / Zhu, J. / Yang, Y. / Gong, P.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Key R&D Program of China2016YFA051201 中国
the National Natural Sciences Foundation of China21575155 中国
National Natural Sciences Foundation of China31370198 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structural insight into the length-dependent binding of ssDNA by SP_0782 from Streptococcus pneumoniae, reveals a divergence in the DNA-binding interface of PC4-like proteins.
著者: Li, S. / Lu, G. / Fang, X. / Ramelot, T.A. / Kennedy, M.A. / Zhou, X. / Gong, P. / Zhang, X. / Liu, M. / Zhu, J. / Yang, Y.
履歴
登録2018年3月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SP_0782
B: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3282
ポリマ－11,3282
非ポリマー00
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4690 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)66.096, 66.096, 43.484
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 SP_0782


分子量: 9592.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: SP_0782 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H2UPA7
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量: 1735.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.32 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.8 / 詳細: PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 11101 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 13.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 73217
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.65-1.714.50.3489080.9380.1670.3880.84280.4
1.71-1.785.60.31310830.9660.1370.3430.84394.8
1.78-1.866.10.25410950.980.1090.2770.88898.6
1.86-1.966.70.19311500.990.080.2090.94199.7
1.96-2.087.10.13811340.9950.0560.1490.917100
2.08-2.247.30.11211410.9960.0450.120.966100
2.24-2.467.40.09111380.9970.0360.0970.975100
2.46-2.827.40.07611320.9970.030.0820.95299.9
2.82-3.556.90.06511480.9960.0270.071.185100
3.55-506.40.05111720.9960.0230.0570.92398.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OBH

3obh


解像度: 1.65→33.048 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2039 1026 10.05 %
Rwork0.1788 9183 -
obs0.1814 10209 89.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 45.42 Å2 / Biso mean: 16.9466 Å2 / Biso min: 5.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→33.048 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数532 24 0 80 636
Biso mean---28.51 -
残基数----69
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005570
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.731773
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00596
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.02201
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.7370.2376890.2092917100662
1.737-1.84590.23581110.18261152126378
1.8459-1.98840.21891350.18831315145090
1.9884-2.18840.1761880.16781382157098
2.1884-2.5050.19431850.176814371622100
2.505-3.15560.21681500.18514891639100
3.1556-33.05460.20411680.17331491165999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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