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万見
- PDB-5zjs: Structure of AbdB/Exd complex bound to a 'Blue14' DNA sequence -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zjs
タイトルStructure of AbdB/Exd complex bound to a 'Blue14' DNA sequence
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*GP*C)-3')
  • Homeobox protein abdominal-B
  • Homeobox protein extradenticle
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / AbdB / Exd / DNA / shape / specificity / Hox / Homeodomain / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


genital disc sexually dimorphic development / male pigmentation / negative regulation of cardioblast cell fate specification / sperm storage / negative regulation of salivary gland boundary specification / specification of segmental identity, abdomen / imaginal disc-derived female genitalia development / determination of genital disc primordium / external genitalia morphogenesis / salivary gland boundary specification ...genital disc sexually dimorphic development / male pigmentation / negative regulation of cardioblast cell fate specification / sperm storage / negative regulation of salivary gland boundary specification / specification of segmental identity, abdomen / imaginal disc-derived female genitalia development / determination of genital disc primordium / external genitalia morphogenesis / salivary gland boundary specification / oenocyte development / gonadal mesoderm development / female genitalia development / somatic muscle development / genital disc anterior/posterior pattern formation / spiracle morphogenesis, open tracheal system / open tracheal system development / negative regulation of female receptivity / polytene chromosome band / neuroendocrine cell differentiation / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / negative regulation of striated muscle tissue development / segment specification / midgut development / eye development / regulation of cell fate specification / male genitalia development / peripheral nervous system development / germ cell migration / embryonic organ development / neuron development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / animal organ morphogenesis / transcription coregulator activity / protein-DNA complex / brain development / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein Hox-A10/abdominal-B-like / PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. ...Homeobox protein Hox-A10/abdominal-B-like / PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homeobox protein abdominal-B / Homeobox protein extradenticle
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.896 Å
データ登録者Baburajendran, N. / Zeiske, T. / Kaczynska, A. / Mann, R. / Honig, B. / Shapiro, L. / Palmer, A.G.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Intrinsic DNA Shape Accounts for Affinity Differences between Hox-Cofactor Binding Sites.
著者: Zeiske, T. / Baburajendran, N. / Kaczynska, A. / Brasch, J. / Palmer, A.G. / Shapiro, L. / Honig, B. / Mann, R.S.
履歴
登録2018年3月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年9月19日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeobox protein abdominal-B
B: Homeobox protein extradenticle
C: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5284
ポリマ－27,5284
非ポリマー00
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area11950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.760, 49.658, 96.774
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.030, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Homeobox protein abdominal-B / Infraabdominal 7 / IAB-7 / P3 / PH189


分子量: 10195.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Abd-B, CG10291 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09087
#2: タンパク質 Homeobox protein extradenticle / Dpbx


分子量: 8773.827 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: exd, CG8933 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40427
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*GP*C)-3')


分子量: 4254.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*AP*C)-3')


分子量: 4303.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200mM MgCl2, 0.1M Tris pH 5.8, 17.5% PEG 3350, 2.5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.896→28.143 Å / Num. obs: 7524 / % possible obs: 94.74 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 41.58 Å2 / Net I/σ(I): 9.16
反射 シェル解像度: 2.896→2.999 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZJQ

5zjq


解像度: 2.896→28.143 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2813 343 4.61 %
Rwork0.2532 7093 -
obs0.2546 7436 93.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 149.3 Å2 / Biso mean: 62.7866 Å2 / Biso min: 25.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.896→28.143 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1015 568 0 3 1586
Biso mean---30 -
残基数----158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041673
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6972380
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029257
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.139633
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8957-3.64710.30991630.2693451361492
3.6471-28.14470.26921800.2463642382295
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.9431 Å / Origin y: 2.2398 Å / Origin z: 122.0441 Å
111213212223313233
T0.3138 Å2-0.0756 Å20.0036 Å2-0.3293 Å2-0.0194 Å2--0.3727 Å2
L1.403 °2-0.1435 °2-0.7476 °2-0.674 °2-0.2397 °2--1.3968 °2
S-0.1831 Å °0.3474 Å °0.1425 Å °-0.2013 Å °0.1786 Å °0.0386 Å °0.1249 Å °0.2114 Å °0.0366 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA13 - 77
2X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 74
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 14
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 14
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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