PDB-5zj7: Crystal structure of NDM-1 in complex with D-captopril derivative CY22

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zj7

タイトル

Crystal structure of NDM-1 in complex with D-captopril derivative CY22

要素

Metallo-beta-lactamase type 2

キーワード

HYDROLASE / NDM-1 / metallo-beta-lactamase / antibiotic resistent / inhibitor / thio compounds

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.96 Å

データ登録者

Zhang, H. / Hao, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of NDM-1
著者: Zhang, H. / Hao, Q.

履歴

登録	2018年3月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zj7.cif.gz	119.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zj7.ent.gz	89.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zj7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zj7_validation.pdf.gz	442.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zj7_full_validation.pdf.gz	442.9 KB	表示
XML形式データ	5zj7_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	5zj7_validation.cif.gz	21.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/5zj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/5zj7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zj1C 5zj8C 5zjcC 3q6x PDB 未公開エントリS 5zio 5zj2 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6d1h-d 6ibs-2 4tyf-d 5ypl-1 6c6i-1 3srx-2 5zj2-d 5zio-d 6tt8-d 6mh0-1 5wih-d 6ttc-d 5ypk-6 5xp9-d 6lj0-d 6lj8-d 5ypn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Metallo-beta-lactamase type 2

ヘテロ分子

26.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.442, 59.964, 41.998
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.000, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta- ...B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase type II / New Delhi metallo-beta-lactamase-1 / NDM-1 分子量: 25631.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / プラスミド: pRHisMBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-9DU / (2R)-2-methyl-N-(phenylmethyl)-3-sulfanyl-propanamide 分子量: 209.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅NOS
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.99 % / Mosaicity: 0.465 ° / Mosaicity esd: 0.006 °
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH5.5, 15% PEG 3350, 20mM L-proline

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月22日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 0.96→50 Å / Num. obs: 119552 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Χ²: 0.9 / Net I/σ(I): 21.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
0.96-0.99	3	0.396	8601	1.092	1	69.8
0.99-1.03	4.1	0.24	11824	1.03	1	95.5
1.03-1.08	4.6	0.144	12284	0.902	1	99.8
1.08-1.14	4.7	0.097	12372	1.027	1	100
1.14-1.21	4.7	0.078	12350	0.935	1	100
1.21-1.3	4.8	0.064	12391	0.779	1	100
1.3-1.43	5.9	0.068	12394	0.656	1	100
1.43-1.64	9.8	0.087	12339	0.963	1	100
1.64-2.07	9.7	0.064	12439	0.865	1	100
2.07-50	9.3	0.063	12558	0.917	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0189	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3Q6X

3q6x
PDB 未公開エントリ

解像度: 0.96→41.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.987 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.984 / SU B: 0.514 / SU ML: 0.012 / SU R Cruickshank DPI: 0.0186 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.019 / ESU R Free: 0.019
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1312	5355	5 %	RANDOM
R_work	0.1151	-	-	-
obs	0.1159	101895	87.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.55 Å² / B_iso mean: 21.76 Å² / B_iso min: 13.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.13 Å²	0 Å²	-0.89 Å²
2-	-	0.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 0.96→41.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1702	0	36	295	2033
B_iso mean	-	-	26.08	33.9	-
残基数	-	-	-	-	229

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	1818
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.354	1.942	2472
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.932	3.003	3850
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.444	5	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.685	24.545	77
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.494	15	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.372	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2087
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	367
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.033	3	3478
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	19.297	5	200
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	7.323	5	3533

LS精密化シェル

解像度: 0.963→0.988 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.42	62	-
R_work	0.37	1124	-
all	-	1186	-
obs	-	-	13.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.4076	-3.7981	-3.506	7.4375	1.1694	5.8855	-0.1633	0.0827	-0.2612	0.4699	0.0333	0.1371	0.1657	-0.2207	0.13	0.127	-0.0084	0.0067	0.0726	-0.0131	0.0229	-0.841	-6.728	6.135
2	2.0885	2.0661	-0.8815	6.3512	-0.9374	1.4165	0.0429	-0.0747	0.1291	0.0717	0.0114	0.1782	-0.0881	-0.0417	-0.0544	0.0265	-0.0027	0.0152	0.0263	-0.013	0.0178	-3.295	-7.194	-3.013
3	0.5766	-0.0374	-0.0354	1.3065	-0.3318	0.9665	0.0114	-0.0644	-0.0175	0.0548	-0.0309	-0.0375	0.023	0.0724	0.0195	0.0147	-0.0021	0.0113	0.0125	0.0012	0.0178	3.537	-14.013	-7.224
4	0.9973	0.559	-0.3542	2.9173	-0.2595	1.0764	-0.0373	0.0231	-0.0413	-0.1605	-0.0048	0.0633	0.0118	-0.0176	0.042	0.0364	0.0049	0.0107	0.0051	-0.0038	0.0178	0.22	-18.717	-21.471
5	1.5702	-0.162	-0.4292	1.7343	-0.1366	1.3287	-0.0232	-0.0383	-0.0045	0.0176	0.0048	0.1585	0.0337	-0.0716	0.0185	0.006	-0.0009	0.0026	0.0115	-0.0084	0.0415	-11.177	-13.962	-14.825
6	6.9171	0.048	-9.7999	0.0032	-0.0735	13.899	0.3355	-0.3644	0.2297	0.018	-0.0119	-0.0045	-0.5274	0.5199	-0.3235	0.2268	0.017	-0.015	0.1117	0.0023	0.2649	-14.721	1.412	-16.62
7	1.8077	0.2061	0.1193	1.0086	0.4452	1.2831	-0.0013	0.0576	0.0384	-0.0223	0.0174	0.1289	0.0179	-0.1076	-0.0162	0.0096	0.0032	0.0049	0.0278	0.0002	0.0689	-17.138	-11.395	-15.198
8	7.7619	2.5631	0.1059	7.4265	-0.9236	10.0285	-0.034	0.4825	0.4008	-0.3255	-0.0388	0.0382	-0.5936	-0.1091	0.0729	0.1145	0.031	-0.0016	0.108	0.0519	0.1365	-21.856	-2.528	-22.954

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	42 - 47
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	48 - 70
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	71 - 138
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	139 - 180
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	181 - 215
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	216 - 221
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	222 - 264
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	265 - 270

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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