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- PDB-5zih: Crystal structure of the red light-activated channelrhodopsin Chr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zih
タイトルCrystal structure of the red light-activated channelrhodopsin Chrimson.
要素Sensory opsin A,Chrimson
キーワードMEMBRANE PROTEIN / rhodopsin / ion channel
機能・相同性Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / endoplasmic reticulum / metal ion binding / plasma membrane / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Sensory opsin A
機能・相同性情報
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
Chlamydomonas noctigama (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Oda, K. / Vierock, J. / Oishi, S. / Taniguchi, R. / Yamashita, K. / Nishizawa, T. / Hegemann, P. / Nureki, O.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
MEXT16H06294 日本
JSTJPMJPR14L8 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the red light-activated channelrhodopsin Chrimson.
著者: Oda, K. / Vierock, J. / Oishi, S. / Rodriguez-Rozada, S. / Taniguchi, R. / Yamashita, K. / Wiegert, J.S. / Nishizawa, T. / Hegemann, P. / Nureki, O.
履歴
登録2018年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensory opsin A,Chrimson
B: Sensory opsin A,Chrimson
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,69321
ポリマ－77,9182
非ポリマー6,77419
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5650 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area25110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.990, 81.440, 170.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sensory opsin A,Chrimson


分子量: 38959.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chrimson with substituted N-terminal CrChR1 sequence
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス), (組換発現) Chlamydomonas noctigama (クラミドモナス)
遺伝子: CSOA / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8L435
#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7 / 詳細: PEG500DME, Na citrate, Na malonate, sarcosine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 30180 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 24.96 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rrim(I) all: 0.144 / Χ2: 1.237 / Net I/σ(I): 13.8 / Num. measured all: 276798 / Scaling rejects: 214
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 9.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. measured obs: 41376 / Num. possible: 4768 / Num. unique obs: 4767 / CC1/2: 0.595 / Rrim(I) all: 0.591 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UG9

3ug9


解像度: 2.6→48.818 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2788 2671 9.98 %
Rwork0.2282 24080 -
obs0.2333 26751 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 150.21 Å2 / Biso mean: 38.6213 Å2 / Biso min: 3.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→48.818 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4410 0 374 37 4821
Biso mean--41.9 25.08 -
残基数----564
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6001-2.64730.36861380.31441250138899
2.6473-2.69830.34551370.304412351372100
2.6983-2.75330.34791400.276412701410100
2.7533-2.81320.3471380.273712401378100
2.8132-2.87860.2951390.28412411380100
2.8786-2.95060.32621380.262312561394100
2.9506-3.03040.28091370.25311238137599
3.0304-3.11950.30941390.233912531392100
3.1195-3.22020.28191400.228112551395100
3.2202-3.33530.29321400.22681249138999
3.3353-3.46880.27011400.234112631403100
3.4688-3.62660.26461420.220212751417100
3.6266-3.81770.2481390.20612581397100
3.8177-4.05680.25011400.192712771417100
4.0568-4.36990.24861430.187812691412100
4.3699-4.80930.25061400.18612761416100
4.8093-5.50440.2371460.211113001446100
5.5044-6.93170.29291440.228113061450100
6.9317-48.82650.26071510.21861369152098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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