PDB-5zig: The Structure of cellobiose 2-epimerase from Spirochaeta thermoph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zig

タイトル

The Structure of cellobiose 2-epimerase from Spirochaeta thermophila DSM 6192

要素

Cellobiose 2-epimerase

キーワード

ISOMERASE / Cellobiose 2-epimerase / isomerization / epimerization / lactose / BIOSYNTHETIC PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cellobiose epimerase / cellobiose epimerase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Spirochaeta thermophila DSM 6192 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Feng, Y.H. / Yang, R.J. / Andrew, J.F.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Structure of cellobiose 2-epimerase from Spirochaeta thermophila DSM 6192
著者: Feng, Y.H. / Yang, R.J. / Andrew, J.F.

履歴

登録	2018年3月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zig.cif.gz	649.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zig.ent.gz	542.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zig.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zig_validation.pdf.gz	922.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zig_full_validation.pdf.gz	929.1 KB	表示
XML形式データ	5zig_validation.xml.gz	59.7 KB	表示
CIF形式データ	5zig_validation.cif.gz	86.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/5zig ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/5zig	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6peu-1 2uxt-1 5ebb-1 1gon-1 3wkf-d 1gon-2 5uas-2 6efu-2 2imk-d 6w8h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cellobiose 2-epimerase

B: Cellobiose 2-epimerase

C: Cellobiose 2-epimerase

D: Cellobiose 2-epimerase

ヘテロ分子

184 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Cellobiose 2-epimerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
46.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cellobiose 2-epimerase

登録者が定義した集合体
46 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Cellobiose 2-epimerase

登録者が定義した集合体
46 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Cellobiose 2-epimerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	67.530, 205.164, 67.723
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.26, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cellobiose 2-epimerase / CE 分子量: 46010.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Spirochaeta thermophila DSM 6192 (バクテリア) 株: ATCC 49972 / DSM 6192 / RI 19.B1 / 遺伝子: STHERM_c00950 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: E0RU15, cellobiose epimerase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M Ca Acetate, 0.1M Bis-Tris-HCl, pH8.5, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→102.6 Å / Num. obs: 96356 / % possible obs: 86.55 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.86 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.042 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 12.94
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 1.77 % / R_merge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique obs: 6722 / CC_1/2: 0.794 / R_rim(I) all: 0.52 / % possible all: 82.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.05→32.746 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 29.67

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2669	4800	4.98 %
R_work	0.1955	-	-
obs	0.199	96337	86.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→32.746 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12935	0	8	609	13552

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	13526
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.898	18461
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.746	10706
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1895
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2402

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.0733	0.3905	136	0.2984	2648	X-RAY DIFFRACTION	77
2.0733-2.0977	0.3315	158	0.2724	3088	X-RAY DIFFRACTION	87
2.0977-2.1233	0.3316	156	0.2572	3055	X-RAY DIFFRACTION	86
2.1233-2.1501	0.2878	161	0.2412	3004	X-RAY DIFFRACTION	87
2.1501-2.1784	0.3356	165	0.2427	3136	X-RAY DIFFRACTION	87
2.1784-2.2083	0.3755	151	0.2422	2947	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2083-2.2398	0.3105	188	0.2291	3002	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2398-2.2732	0.3133	139	0.2183	3087	X-RAY DIFFRACTION	87
2.2732-2.3087	0.3145	146	0.2128	3003	X-RAY DIFFRACTION	85
2.3087-2.3466	0.3047	176	0.2107	3024	X-RAY DIFFRACTION	86
2.3466-2.387	0.3094	138	0.2145	2982	X-RAY DIFFRACTION	84
2.387-2.4304	0.295	142	0.2199	3055	X-RAY DIFFRACTION	86
2.4304-2.4772	0.2958	158	0.2215	2794	X-RAY DIFFRACTION	81
2.4772-2.5277	0.2978	155	0.2132	2913	X-RAY DIFFRACTION	83
2.5277-2.5826	0.313	200	0.2113	3175	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5826-2.6427	0.2755	168	0.2121	3173	X-RAY DIFFRACTION	91
2.6427-2.7087	0.3009	172	0.1997	3252	X-RAY DIFFRACTION	91
2.7087-2.7819	0.3142	184	0.1948	3168	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7819-2.8638	0.2696	151	0.2015	3208	X-RAY DIFFRACTION	90
2.8638-2.9561	0.2879	191	0.2005	3176	X-RAY DIFFRACTION	90
2.9561-3.0617	0.2707	139	0.2031	3136	X-RAY DIFFRACTION	88
3.0617-3.1842	0.3168	141	0.2066	2990	X-RAY DIFFRACTION	85
3.1842-3.329	0.2983	154	0.2017	2921	X-RAY DIFFRACTION	83
3.329-3.5043	0.2707	160	0.1928	3220	X-RAY DIFFRACTION	92
3.5043-3.7236	0.2577	158	0.1901	3210	X-RAY DIFFRACTION	90
3.7236-4.0106	0.2464	161	0.1707	3105	X-RAY DIFFRACTION	88
4.0106-4.4134	0.2183	156	0.1625	3031	X-RAY DIFFRACTION	86
4.4134-5.05	0.2043	164	0.1555	2861	X-RAY DIFFRACTION	81
5.05-6.3548	0.2211	165	0.187	3161	X-RAY DIFFRACTION	89
6.3548-32.75	0.1977	167	0.1689	3012	X-RAY DIFFRACTION	84

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 52.0563 Å / Origin y: 138.1451 Å / Origin z: 20.874 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1718 Å²	0.0225 Å²	-0.0026 Å²	-	0.3666 Å²	-0.0179 Å²	-	-	0.1977 Å²
L	0.0963 °²	0.0202 °²	0.0268 °²	-	0.1604 °²	0.0004 °²	-	-	0.0844 °²
S	-0.0102 Å °	0.0114 Å °	0.0143 Å °	-0.0073 Å °	0.0246 Å °	-0.0002 Å °	0.0087 Å °	0.0059 Å °	-0.0123 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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関連情報:EMDBヘッダ

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