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- PDB-5zic: Crystal structure of human GnT-V luminal domain in complex with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zic
タイトルCrystal structure of human GnT-V luminal domain in complex with acceptor sugar
要素Alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Glycosyltransferase Cancer metastasis Luminal protein
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase / alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity / N-Glycan antennae elongation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / protein phosphatase inhibitor activity / manganese ion binding / Maturation of spike protein / viral protein processing ...alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase / alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity / N-Glycan antennae elongation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / protein phosphatase inhibitor activity / manganese ion binding / Maturation of spike protein / viral protein processing / positive regulation of cell migration / Golgi membrane / Golgi apparatus / extracellular exosome / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyltransferase family 18 / Domain of unknown function DUF4525 / : / Glycosyltransferase family 18 / MGT5A-like, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nagae, M. / Yamaguchi, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号
MEXT17K07303 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2018
タイトル: Structure and mechanism of cancer-associated N-acetylglucosaminyltransferase-V.
著者: Nagae, M. / Kizuka, Y. / Mihara, E. / Kitago, Y. / Hanashima, S. / Ito, Y. / Takagi, J. / Taniguchi, N. / Yamaguchi, Y.
履歴
登録2018年3月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02020年8月5日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A
B: Alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,7214
ポリマ-119,5982
非ポリマー1,1232
3,927218
1
A: Alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3602
ポリマ-59,7991
非ポリマー5621
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3602
ポリマ-59,7991
非ポリマー5621
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.421, 89.202, 92.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A / Alpha-mannoside beta-1 / 6-N-acetylglucosaminyltransferase / GlcNAc-T V / GNT-V / Mannoside ...Alpha-mannoside beta-1 / 6-N-acetylglucosaminyltransferase / GlcNAc-T V / GNT-V / Mannoside acetylglucosaminyltransferase 5 / N-acetylglucosaminyl-transferase V


分子量: 59798.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGAT5, GGNT5 / プラスミド: pSec-nPA / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q09328, alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-6-thio-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 561.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,3,2/[a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5_6*S][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3/a6-b1_b2-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp6SH]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Hepes (pH 7.0), 0.1M magnesium chloride, 15 % (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→44.601 Å / Num. obs: 63177 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7.7 % / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rpim(I) all: 0.494 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZIB
解像度: 2.1→44.601 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2676 3196 5.06 %
Rwork0.2147 --
obs0.2173 63146 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.601 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7998 0 37 218 8253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038255
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66411154
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4924991
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421211
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041408
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.13130.35931610.31072551X-RAY DIFFRACTION97
2.1313-2.16460.37661240.29422560X-RAY DIFFRACTION98
2.1646-2.20010.35611260.29832581X-RAY DIFFRACTION98
2.2001-2.23810.33681390.2942550X-RAY DIFFRACTION97
2.2381-2.27880.34261290.30312608X-RAY DIFFRACTION97
2.2788-2.32260.3111490.26082576X-RAY DIFFRACTION98
2.3226-2.370.38321400.26872577X-RAY DIFFRACTION98
2.37-2.42150.33671310.26032597X-RAY DIFFRACTION98
2.4215-2.47790.30031460.26252572X-RAY DIFFRACTION98
2.4779-2.53980.34921350.25362584X-RAY DIFFRACTION98
2.5398-2.60850.31991360.24922616X-RAY DIFFRACTION98
2.6085-2.68520.29431550.25192558X-RAY DIFFRACTION98
2.6852-2.77190.32111450.25262616X-RAY DIFFRACTION98
2.7719-2.87090.32071540.25692573X-RAY DIFFRACTION99
2.8709-2.98590.27291350.25462642X-RAY DIFFRACTION99
2.9859-3.12170.30961300.24692600X-RAY DIFFRACTION99
3.1217-3.28630.27531470.23162632X-RAY DIFFRACTION99
3.2863-3.49210.2581350.22232605X-RAY DIFFRACTION99
3.4921-3.76160.25581340.19832664X-RAY DIFFRACTION99
3.7616-4.13990.22681380.16632642X-RAY DIFFRACTION99
4.1399-4.73830.2161370.15382662X-RAY DIFFRACTION99
4.7383-5.96760.20751270.16172673X-RAY DIFFRACTION99
5.9676-44.6110.19691430.18112711X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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