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- PDB-5zhh: Structure of Inositol monophosphatase from Anabaena (Nostoc) sp. ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zhh
タイトルStructure of Inositol monophosphatase from Anabaena (Nostoc) sp. PCC 7120
要素Inositol-1-monophosphatase
キーワードHYDROLASE / Inositol monophosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / inositol-phosphate phosphatase / inositol monophosphate 3-phosphatase activity / inositol monophosphate 4-phosphatase activity / inositol monophosphate 1-phosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inositol monophosphatase SuhB-like / Inositol monophosphatase / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 ...Inositol monophosphatase SuhB-like / Inositol monophosphatase / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inositol-1-monophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Zhang, S.R. / Wang, F.K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Inositol monophosphatase from Anabaena (Nostoc) sp. PCC 7120
著者: Zhang, S.R. / Wang, F.K. / Hu, Z. / Zong, Q. / Jiang, L.
履歴
登録2018年3月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Inositol-1-monophosphatase
B: Inositol-1-monophosphatase
C: Inositol-1-monophosphatase
D: Inositol-1-monophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,8594
ポリマ－116,8594
非ポリマー00
水14,124784
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9100 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area34430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.319, 71.568, 85.121
Angle α, β, γ (deg.)111.860, 101.420, 99.110
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(CHAIN A AND (RESSEQ -1:0 OR (RESID 1 AND (NAME...
21(CHAIN B AND (RESSEQ -1:0 OR (RESID 1 AND (NAME...
31(CHAIN C AND (RESSEQ -1:0 OR (RESID 1 AND (NAME...
41(CHAIN D AND (RESSEQ -1:0 OR (RESID 1 AND (NAME...

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth seq-ID: _ / Label seq-ID: 3

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(CHAIN A AND (RESSEQ -1:0 OR (RESID 1 AND (NAME...AA
2(CHAIN B AND (RESSEQ -1:0 OR (RESID 1 AND (NAME...BB
3(CHAIN C AND (RESSEQ -1:0 OR (RESID 1 AND (NAME...CC
4(CHAIN D AND (RESSEQ -1:0 OR (RESID 1 AND (NAME...DD

-
要素

#1: タンパク質
Inositol-1-monophosphatase


分子量: 29214.857 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: all2917 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q8YT10, inositol-phosphate phosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 784 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.89 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 0.02 M Citric acid, 0.08 M BIS-TRIS propane, pH 8.8, 16% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→41.319 Å / Num. obs: 89610 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 1.9 % / Net I/σ(I): 2.12
反射 シェル解像度: 1.89→2.52 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QFL

2qfl


解像度: 1.89→41.25 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 20.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19 4459 4.98 %
Rwork0.17 85048 -
obs0.171 89507 96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.24 Å2 / Biso mean: 36.28 Å2 / Biso min: 20.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.89→41.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7520 0 0 784 8304
Biso mean---45.34 -
残基数----985
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A4157X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
12B4157X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
13C4157X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
14D4157X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8924-1.91390.30281160.26652508262486
1.9139-1.93640.27451520.26052794294693
1.9364-1.96010.2651300.23742789291995
1.9601-1.98490.23661460.22272826297296
1.9849-2.0110.27751510.22692844299596
2.011-2.03850.25311430.21212807295096
2.0385-2.06770.24511560.20082811296795
2.0677-2.09850.22751630.1892846300995
2.0985-2.13130.23171530.18442816296996
2.1313-2.16630.19651540.17512878303296
2.1663-2.20360.1971300.17032814294496
2.2036-2.24370.22381450.18112868301396
2.2437-2.28680.21621550.19032730288595
2.2868-2.33350.19711520.17612890304297
2.3335-2.38420.22011620.1752807296996
2.3842-2.43970.17851540.16572876303097
2.4397-2.50070.241530.18012789294296
2.5007-2.56830.19491360.16922896303296
2.5683-2.64390.19811570.17552870302796
2.6439-2.72920.18221440.17122777292196
2.7292-2.82670.18351670.17282872303997
2.8267-2.93980.21551460.17462902304898
2.9398-3.07360.19391450.17692863300897
3.0736-3.23560.18291460.17512891303798
3.2356-3.43820.1931400.17692891303197
3.4382-3.70350.16911610.16972872303397
3.7035-4.07590.16241640.15262830299497
4.0759-4.6650.17421440.13222933307798
4.665-5.87470.16071260.14572885301198
5.8747-41.26420.16351680.16882873304198
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -25.6138 Å / Origin y: -17.0856 Å / Origin z: 27.8413 Å
111213212223313233
T0.1981 Å20.0148 Å2-0.0061 Å2-0.2083 Å20.0118 Å2--0.2357 Å2
L0.2506 °20.0401 °20.0063 °2-0.2696 °20.3792 °2--0.944 °2
S0.0508 Å °0.0018 Å °-0.0059 Å °0.0062 Å °-0.0085 Å °-0.0203 Å °0.001 Å °-0.0483 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA-1 - 266
2X-RAY DIFFRACTION1ALLA301 - 512
3X-RAY DIFFRACTION1ALLB-1 - 266
4X-RAY DIFFRACTION1ALLB301 - 494
5X-RAY DIFFRACTION1ALLC-2 - 266
6X-RAY DIFFRACTION1ALLC301 - 497
7X-RAY DIFFRACTION1ALLD-2 - 267
8X-RAY DIFFRACTION1ALLD301 - 481

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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