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万見
- PDB-5zhe: STRUCTURE OF E. COLI UNDECAPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHASE IN COMPLEX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zhe
タイトルSTRUCTURE OF E. COLI UNDECAPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHASE IN COMPLEX WITH BPH-981
要素Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific)
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / metal-binding / substrate binding / acidocalcisomal pyrophosphatase / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Gram-negative-bacterium-type cell wall biogenesis / ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] / di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / small molecule binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding ...Gram-negative-bacterium-type cell wall biogenesis / ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] / di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / small molecule binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Undecaprenyl pyrophosphate synthetase / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-hydroxy-6-(tetradecyloxy)benzoic acid / Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific)
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Gao, J. / Liu, W.D. / Zheng, Y.Y. / Ko, T.P. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery of Lipophilic Bisphosphonates That Target Bacterial Cell Wall and Quinone Biosynthesis.
著者: Malwal, S.R. / Chen, L. / Hicks, H. / Qu, F. / Liu, W. / Shillo, A. / Law, W.X. / Zhang, J. / Chandnani, N. / Han, X. / Zheng, Y. / Chen, C.C. / Guo, R.T. / AbdelKhalek, A. / Seleem, M.N. / Oldfield, E.
履歴
登録2018年3月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific)
B: Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3133
ポリマ－56,9622
非ポリマー3501
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.713, 68.449, 109.253
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific) / Ditrans / polycis-undecaprenylcistransferase


分子量: 28481.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: ispU, rth, uppS, yaeS, b0174, JW0169 / プラスミド: pET32EK/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P60472, ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific]
#2: 化合物 ChemComp-HJX / 2-hydroxy-6-(tetradecyloxy)benzoic acid / BPH-981 / 2-ヒドロキシ-6-(テトラデシルオキシ)安息香酸


分子量: 350.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H34O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.18 % / Mosaicity: 0.41 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20 % ETHYLENE GLYCOL, 2-5% PEG 35K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→25 Å / Num. obs: 25466 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Χ2: 0.827 / Net I/σ(I): 18.4 / Num. measured all: 160471
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.18-2.2650.2624350.548197.6
2.26-2.3560.24125090.557199.8
2.35-2.456.60.16625300.5741100
2.45-2.586.70.12825150.6111100
2.58-2.756.70.08825510.697199.9
2.75-2.966.70.06125120.815199.9
2.96-3.256.60.04425610.9731100
3.25-3.726.50.03725821.11100
3.72-4.696.30.04125960.9921100
4.69-2560.0326751.317197.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WYJ

3wyj


解像度: 2.18→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 6.147 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.218 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26308 1166 4.6 %RANDOM
Rwork0.20309 ---
obs0.20586 24247 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 52.869 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.36 Å2-0 Å20 Å2
2--1.3 Å2-0 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.18→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3223 0 25 130 3378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193328
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7281.9254483
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92537062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6535403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.5323.39177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.3615558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.8921533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2477
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023754
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02743
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.0474.8791627
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.0484.8781626
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.8937.2722025
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.8917.2732026
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.4215.7851701
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.3935.7741698
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.5068.3352459
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.5692.88213717
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.55992.85713673
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.236 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 86 -
Rwork0.237 1660 -
obs--96.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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