[日本語] English
万見
- PDB-5zg9: Crystal structure of MoSub1-ssDNA complex in phosphate buffer -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zg9
タイトルCrystal structure of MoSub1-ssDNA complex in phosphate buffer
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
  • MoSub1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / ssDNA binding protein / transcriptional co-factor / PC4-like protein / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase II transcriptional coactivator Sub1/Tcp4-like / Transcriptional coactivator p15 (PC4), C-terminal / Transcriptional Coactivator p15 (PC4) / Transcriptional Coactivator Pc4; Chain A / ssDNA-binding transcriptional regulator / Transcriptional Co-activator pc4; Chain A / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / Transcriptional coactivator p15 (PC4) C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Magnaporthe oryzae (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Zhao, Y. / Huang, J. / Liu, H. / Yi, L. / Wang, S. / Zhang, X. / Liu, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFD0200500 中国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFD0201100 中国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: The effect of phosphate ion on the ssDNA binding mode of MoSub1, a Sub1/PC4 homolog from rice blast fungus.
著者: Zhao, Y. / Zhang, Y. / Huang, J. / Wang, S. / Yi, L. / Zhang, X. / Xu, M. / Fang, X. / Liu, J.
履歴
登録2018年3月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MoSub1
B: MoSub1
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8505
ポリマ－42,6613
非ポリマー1902
水2,414134
1
A: MoSub1
B: MoSub1
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
ヘテロ分子

A: MoSub1
B: MoSub1
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,70110
ポリマ－85,3216
非ポリマー3804
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_758-x+2,y,-z+31
Buried area13640 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area20350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.010, 80.190, 76.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-245-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 MoSub1


分子量: 18298.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnaporthe oryzae (strain P131) (菌類)
株: P131 / 遺伝子: OOW_P131scaffold01307g15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: L7IX95
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*G)-3')


分子量: 6063.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The authors performed crystallization using the full-length MoSub1 with His-tag, but they doubted ...The authors performed crystallization using the full-length MoSub1 with His-tag, but they doubted that it was digested by protease during the purification process. Thus, they don't know the exact protein length in the crystals.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.8 M K2HPO4-NaH2PO4 pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→40.095 Å / Num. obs: 15521 / % possible obs: 95.26 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 22.11
反射 シェル解像度: 2.04→2.113 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.04→40.095 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 26.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2244 1495 5.1 %
Rwork0.1764 --
obs0.1788 15521 91.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→40.095 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1284 240 10 134 1668
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071585
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2642181
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.933616
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086227
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004247
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0401-2.1060.32571390.24522478X-RAY DIFFRACTION89
2.106-2.18120.36531330.22872483X-RAY DIFFRACTION91
2.1812-2.26860.29081270.22272583X-RAY DIFFRACTION93
2.2686-2.37180.3161100.22112585X-RAY DIFFRACTION93
2.3718-2.49680.31781280.24192440X-RAY DIFFRACTION89
2.4968-2.65320.31791400.24132561X-RAY DIFFRACTION93
2.6532-2.8580.31381610.22682535X-RAY DIFFRACTION93
2.858-3.14550.21851640.20352525X-RAY DIFFRACTION93
3.1455-3.60050.21921530.15382456X-RAY DIFFRACTION90
3.6005-4.53520.14641250.12572647X-RAY DIFFRACTION95
4.5352-40.10270.16891150.15292532X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.39583.3264-2.53966.8938-1.68015.8054-0.0535-0.27350.1735-0.738-0.27020.1121-0.8412-0.13270.37330.41270.0246-0.09020.24610.010.273848.939724.465596.3001
24.1261-0.7310.15413.17480.86094.5617-0.02290.1230.061-0.1114-0.0558-0.379-0.31860.28720.03570.2698-0.02370.03040.24960.04920.258655.297717.7942102.6572
35.5465-4.4895-3.4168.55754.71827.18820.1721-0.21960.2848-0.2687-0.1857-0.3486-0.68260.0866-0.04240.21130.0045-0.04090.2980.01710.249951.663719.3181107.8917
49.38423.1145-0.30245.13770.10984.5261-0.08040.6826-0.0398-0.84480.13740.55630.325-0.2267-0.05080.4357-0.0014-0.07590.2439-0.00680.266845.00432.553692.9511
54.19862.22742.16786.20151.01233.2406-0.1105-0.0941-0.29250.2530.2025-0.28740.46270.2096-0.00950.49830.0720.04660.2439-0.03790.41549.722-6.077599.7954
63.09830.32730.69864.6991-0.28324.47910.08250.0022-0.087-0.2858-0.04290.24010.2561-0.1251-0.0150.25040.0215-0.03280.1434-0.0390.205548.40076.3125100.7439
72.34430.8316-1.18031.7268-1.25580.98830.1180.05120.0693-0.09930.00740.14630.0790.0484-0.09850.2839-0.01030.0190.39350.02110.385843.068311.9016115.2368
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 34 through 54 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 55 through 75 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 76 through 90 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 91 through 116 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 34 through 54 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 55 through 115 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 12 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る