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万見
- PDB-5zfp: Structure of the ExbB/ExbD hexameric complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zfp
タイトルStructure of the ExbB/ExbD hexameric complex
要素Biopolymer transport protein ExbB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TON SYSTEM / ION CHANNEL / ENERGIZER / TRANSPORTER / PROTON MOTIVE FORCE
機能・相同性
機能・相同性情報


ferrichrome import into cell / energy transducer activity / bacteriocin transport / cobalamin transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / plasma membrane protein complex / protein import / transmembrane transporter activity / transmembrane transporter complex / cell outer membrane ...ferrichrome import into cell / energy transducer activity / bacteriocin transport / cobalamin transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / plasma membrane protein complex / protein import / transmembrane transporter activity / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / intracellular iron ion homeostasis / protein stabilization / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / TonB-system energizer ExbB type-1 / MotA/TolQ/ExbB proton channel / MotA/TolQ/ExbB proton channel family
類似検索 - ドメイン・相同性
Biopolymer transport protein ExbB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Maki-Yonekura, S. / Matsuoka, R. / Yonekura, K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
the Japan Society for the Promotion of Science Grant-in-Aid for Scientific Research Grant15K06986 日本
the Japan Society for the Promotion of Science Grant-in-Aid for Scientific Research Grant16H04757 日本
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Hexameric and pentameric complexes of the ExbBD energizer in the Ton system.
著者: Saori Maki-Yonekura / Rei Matsuoka / Yoshiki Yamashita / Hirofumi Shimizu / Maiko Tanaka / Fumie Iwabuki / Koji Yonekura /
要旨: Gram-negative bacteria import essential nutrients such as iron and vitamin B through outer membrane receptors. This process utilizes proton motive force harvested by the Ton system made up of three ...Gram-negative bacteria import essential nutrients such as iron and vitamin B through outer membrane receptors. This process utilizes proton motive force harvested by the Ton system made up of three inner membrane proteins, ExbB, ExbD and TonB. ExbB and ExbD form the proton channel that energizes uptake through TonB. Recently, crystal structures suggest that the ExbB pentamer is the scaffold. Here, we present structures of hexameric complexes of ExbB and ExbD revealed by X-ray crystallography and single particle cryo-EM. Image analysis shows that hexameric and pentameric complexes coexist, with the proportion of hexamer increasing with pH. Channel current measurement and 2D crystallography support the existence and transition of the two oligomeric states in membranes. The hexameric complex consists of six ExbB subunits and three ExbD transmembrane helices enclosed within the central channel. We propose models for activation/inactivation associated with hexamer and pentamer formation and utilization of proton motive force.
履歴
登録2018年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biopolymer transport protein ExbB
B: Biopolymer transport protein ExbB
C: Biopolymer transport protein ExbB
D: Biopolymer transport protein ExbB
E: Biopolymer transport protein ExbB
F: Biopolymer transport protein ExbB
G: Biopolymer transport protein ExbB
H: Biopolymer transport protein ExbB
I: Biopolymer transport protein ExbB
J: Biopolymer transport protein ExbB
K: Biopolymer transport protein ExbB
L: Biopolymer transport protein ExbB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,74812
ポリマ－315,74812
非ポリマー00
水13,854769
1
A: Biopolymer transport protein ExbB
B: Biopolymer transport protein ExbB
C: Biopolymer transport protein ExbB
D: Biopolymer transport protein ExbB
E: Biopolymer transport protein ExbB
F: Biopolymer transport protein ExbB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,8746
ポリマ－157,8746
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17910 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area60450 Å2
手法PISA
2
G: Biopolymer transport protein ExbB
H: Biopolymer transport protein ExbB
I: Biopolymer transport protein ExbB
J: Biopolymer transport protein ExbB
K: Biopolymer transport protein ExbB
L: Biopolymer transport protein ExbB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,8746
ポリマ－157,8746
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18240 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area60530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.470, 106.340, 163.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Biopolymer transport protein ExbB


分子量: 26312.322 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: exbB, b3006, JW2974 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABU7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 769 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1 M glycine, pH 9.0, 0.15 M CaCl2, 40 % PEG 350 MME, 0.05-0.2 M L-arginine

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→50.18 Å / Num. obs: 90711 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 53.73 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rrim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 6.67
反射 シェル解像度: 2.84→2.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.5 / CC1/2: 0.751 / Rrim(I) all: 0.706

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5SV0

5sv0


解像度: 2.84→50.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.814 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 1.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.049 / SU Rfree Blow DPI: 0.382 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.391
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 4546 5.01 %RANDOM
Rwork0.245 ---
obs0.247 90711 99.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.1241 Å20 Å2-1.6974 Å2
2---7.9771 Å20 Å2
3----4.147 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.46 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.84→50.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19884 0 0 769 20653
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0120164HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1127284HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d7051SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes498HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2984HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it20164HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.19
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.25
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2699SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact23647SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.84→2.91 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 341 5.08 %
Rwork0.242 6372 -
all0.244 6713 -
obs--99.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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