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- EMDB-6927: Structure of the ExbB/ExbD hexameric complex (ExbB6ExbD3TM) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6927
タイトルStructure of the ExbB/ExbD hexameric complex (ExbB6ExbD3TM)
マップデータ
試料
  • 複合体: the ExbB/ExbD hexameric complex (ExbB6ExbD3TM)
    • タンパク質・ペプチド: Biopolymer transport protein ExbB
    • タンパク質・ペプチド: 22-mer peptide from Biopolymer transport protein ExbD
キーワードTon system / ion channel / energizer / transporter / proton motive force / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ferrichrome import into cell / energy transducer activity / bacteriocin transport / cobalamin transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / transmembrane transporter complex / plasma membrane protein complex / protein import / transmembrane transporter activity / cell outer membrane ...ferrichrome import into cell / energy transducer activity / bacteriocin transport / cobalamin transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / transmembrane transporter complex / plasma membrane protein complex / protein import / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / protein transport / intracellular iron ion homeostasis / protein stabilization / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TonB-system energizer ExbB type-1 / TonB system transport protein ExbD type-1 / : / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / MotA/TolQ/ExbB proton channel / MotA/TolQ/ExbB proton channel family
類似検索 - ドメイン・相同性
Biopolymer transport protein ExbB / Biopolymer transport protein ExbD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.7 Å
データ登録者Yonekura K / Yamashita Y / Matsuoka R / Maki-Yonekura S
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
the Japan Society for the Promotion of Science Grant-in-Aid for Scientific Research15K06986 日本
the Japan Society for the Promotion of Science Grant-in-Aid for Scientific Research16H04757 日本
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Hexameric and pentameric complexes of the ExbBD energizer in the Ton system.
著者: Saori Maki-Yonekura / Rei Matsuoka / Yoshiki Yamashita / Hirofumi Shimizu / Maiko Tanaka / Fumie Iwabuki / Koji Yonekura /
要旨: Gram-negative bacteria import essential nutrients such as iron and vitamin B through outer membrane receptors. This process utilizes proton motive force harvested by the Ton system made up of three ...Gram-negative bacteria import essential nutrients such as iron and vitamin B through outer membrane receptors. This process utilizes proton motive force harvested by the Ton system made up of three inner membrane proteins, ExbB, ExbD and TonB. ExbB and ExbD form the proton channel that energizes uptake through TonB. Recently, crystal structures suggest that the ExbB pentamer is the scaffold. Here, we present structures of hexameric complexes of ExbB and ExbD revealed by X-ray crystallography and single particle cryo-EM. Image analysis shows that hexameric and pentameric complexes coexist, with the proportion of hexamer increasing with pH. Channel current measurement and 2D crystallography support the existence and transition of the two oligomeric states in membranes. The hexameric complex consists of six ExbB subunits and three ExbD transmembrane helices enclosed within the central channel. We propose models for activation/inactivation associated with hexamer and pentamer formation and utilization of proton motive force.
履歴
登録2018年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月9日-
マップ公開2018年5月9日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.039
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.039
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5zfu
  • 表面レベル: 0.039
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6927.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6927.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.22 Å/pix.
x 256 pix.
= 311.219 Å		1.22 Å/pix.
x 256 pix.
= 311.219 Å		1.22 Å/pix.
x 256 pix.
= 311.219 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2157 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.039 / ムービー #1: 0.039
最小 - 最大-0.056289624 - 0.14762536
平均 (標準偏差)0.00025495357 (±0.0046866513)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 311.2192 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.215699218751.215699218751.21569921875
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z311.219311.219311.219
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0560.1480.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : the ExbB/ExbD hexameric complex (ExbB6ExbD3TM)

全体名称: the ExbB/ExbD hexameric complex (ExbB6ExbD3TM)
要素
  • 複合体: the ExbB/ExbD hexameric complex (ExbB6ExbD3TM)
    • タンパク質・ペプチド: Biopolymer transport protein ExbB
    • タンパク質・ペプチド: 22-mer peptide from Biopolymer transport protein ExbD

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超分子 #1: the ExbB/ExbD hexameric complex (ExbB6ExbD3TM)

超分子名称: the ExbB/ExbD hexameric complex (ExbB6ExbD3TM) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12

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分子 #1: Biopolymer transport protein ExbB

分子名称: Biopolymer transport protein ExbB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 26.312322 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGNNLMQTDL SVWGMYQHAD IVVKCVMIGL ILASVVTWAI FFSKSVEFFN QKRRLKREQQ LLAEARSLNQ ANDIAADFGS KSLSLHLLN EAQNELELSE GSDDNEGIKE RTSFRLERRV AAVGRQMGRG NGYLATIGAI SPFVGLFGTV WGIMNSFIGI A QTQTTNLA ...文字列:
MGNNLMQTDL SVWGMYQHAD IVVKCVMIGL ILASVVTWAI FFSKSVEFFN QKRRLKREQQ LLAEARSLNQ ANDIAADFGS KSLSLHLLN EAQNELELSE GSDDNEGIKE RTSFRLERRV AAVGRQMGRG NGYLATIGAI SPFVGLFGTV WGIMNSFIGI A QTQTTNLA VVAPGIAEAL LATAIGLVAA IPAVVIYNVF ARQIGGFKAM LGDVAAQVLL LQSRDLDLEA SAAAHPVRVA QK LRAG

UniProtKB: Biopolymer transport protein ExbB

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分子 #2: 22-mer peptide from Biopolymer transport protein ExbD

分子名称: 22-mer peptide from Biopolymer transport protein ExbD
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 2.430062 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
NVTPFIDVML VLLIIFMVAA PL

UniProtKB: Biopolymer transport protein ExbD

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 0.81195 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 38323
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5zfu:
Structure of the ExbB/ExbD hexameric complex (ExbB6ExbD3TM)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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