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- PDB-5zf3: Crystal Structures of Endo-beta-1,4-xylanase II Complexed with Xy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zf3
タイトルCrystal Structures of Endo-beta-1,4-xylanase II Complexed with Xylotriose
要素Endo-1,4-beta-xylanase 2
キーワードHYDROLASE / xylanase II / complex / Co-crystallization / Xylotriose
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 ...Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4beta-beta-xylotriose / IODIDE ION / Endo-1,4-beta-xylanase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Hypocrea jecorina (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Zhang, X. / Wan, Q. / Li, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31670790 中国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structures of Endo-beta-1,4-xylanase II Complexed with Xylotriose
著者: Zhang, X. / Wan, Q. / Li, Z.
履歴
登録2018年3月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4885
ポリマ－20,7271
非ポリマー7604
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, molecular weight of 20 KDa shown in gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area7670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.413, 58.492, 69.281
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase 2 / Endo-beta-1 / 4-xylanase II / Xylanase 2 / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase 2 / Alkaline endo- ...Endo-beta-1 / 4-xylanase II / Xylanase 2 / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase 2 / Alkaline endo-beta-1 / 4-xylanase


分子量: 20727.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hypocrea jecorina (strain ATCC 56765 / BCRC 32924 / NRRL 11460 / Rut C-30) (菌類)
株: ATCC 56765 / BCRC 32924 / NRRL 11460 / Rut C-30 / 遺伝子: xyn2, M419DRAFT_124931 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36217, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose / 4beta-beta-xylotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 414.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-xylotriose
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a212h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6 / 詳細: 20% PEG 8000, 0.2M NaI, 0.1M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→39.684 Å / Num. obs: 61740 / % possible obs: 99.09 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 11.1 Å2 / Net I/σ(I): 22.92
反射 シェル解像度: 1.2→1.243 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.87 / Num. unique obs: 5884 / % possible all: 94.84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DFC

2dfc


解像度: 1.2→39.684 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.44
詳細: The structure factor file contains friedel pairs in F_PLUS/MINUS and I_PLUS/MINUS columns.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1441 3100 5.03 %
Rwork0.1328 --
obs0.1334 61674 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 66.43 Å2 / Biso mean: 15.2352 Å2 / Biso min: 6.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→39.684 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1472 0 70 278 1820
Biso mean--21.24 31.39 -
残基数----189
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121642
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3512260
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.111231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009298
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.102551
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.2-1.21880.23861230.21022503262693
1.2188-1.23880.20541450.19222548269397
1.2388-1.26010.21511370.17782597273499
1.2601-1.2830.19441290.17326702799100
1.283-1.30770.18361250.161726652790100
1.3077-1.33440.19311540.154926382792100
1.3344-1.36340.17541280.148826442772100
1.3634-1.39510.17351560.14992618277499
1.3951-1.430.16191370.13892657279499
1.43-1.46870.15291360.134326552791100
1.4687-1.51190.15291360.125126692805100
1.5119-1.56070.14441490.120326582807100
1.5607-1.61650.1281470.117426762823100
1.6165-1.68120.15071520.118226492801100
1.6812-1.75770.1251550.125826502805100
1.7577-1.85040.13721440.118426792823100
1.8504-1.96630.13061150.12142699281499
1.9663-2.11820.15051510.117226962847100
2.1182-2.33130.12041540.123526942848100
2.3313-2.66860.13251430.123327262869100
2.6686-3.36180.13561420.127827422884100
3.3618-39.70570.13691420.1422841298398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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