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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zew | ||||||
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タイトル | A ubiquitin-like protein from the hyperthermophilic archaea Caldiarchaeum subterraneum | ||||||
![]() | Ubiquitin-like protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / ubiquitin-like protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() polyubiquitin modification-dependent protein binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Mi, J. / Ye, K.Q. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The hydrophobic effect and electrostatic interactions contribute to the thermostability of the ubiquitin-like protein from the hyperthermophilic archaea Caldiarchaeum subterraneum 著者: Mi, J. / Ye, K.Q. / Ni, J. / Zhang, J.H. / Liao, S.H. / Tu, X.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 455.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 382.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 397.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 480.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8107.555 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-77 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: CSUB_C1474, HGMM_F04B03C03, HGMM_F21D07C21, HGMM_F30C12C33 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: solid 内容: 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ubiquitin-like protein, 90% H2O/10% D2O Label: 15N_13C-sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 0.5 mM / 構成要素: ubiquitin-like protein / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N] |
試料状態 | イオン強度: 120 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.7 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |