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- PDB-5zeq: Carboxypeptidase B in complex with DD28 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zeq
タイトルCarboxypeptidase B in complex with DD28
要素Carboxypeptidase B
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / selenium / organoselenium / selenol / CPB inhibitor / selectivity / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase B / metallocarboxypeptidase activity / cytoplasmic vesicle / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase B, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A ...Carboxypeptidase B, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9B3 / CACODYLATE ION / Carboxypeptidase B
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Itoh, T. / Yoshimoto, N. / Yamamoto, K.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the selective inhibition of activated thrombin-activatable fibrinolysis inhibitor (TAFIa) by a selenium-containing inhibitor with chloro-aminopyridine as a basic group
著者: Itoh, T. / Yoshimoto, N. / Hirano, Y. / Yamamoto, K.
履歴
登録2018年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxypeptidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,42610
ポリマ－34,5381
非ポリマー8889
水6,215345
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area270 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area11740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.860, 78.860, 100.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Carboxypeptidase B


分子量: 34537.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: CPB1, CPB / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P09955, carboxypeptidase B
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-9B3 / (2~{S})-2-[(6-azanyl-5-chloranyl-pyridin-3-yl)methyl]-3-selanyl-propanoic acid


分子量: 293.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11ClN2O2Se
#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.37 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100mM sodium cacodylate (pH 5.3-6.8), 100mM zinc acetate, 5-15% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→100.04 Å / Num. all: 48008 / Num. obs: 48008 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.091 / Rsym value: 0.078 / Net I/av σ(I): 8.5 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 172430
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.9-23.60.3352.369880.2030.3930.335100
2-2.123.60.2173.666720.1310.2540.217100
2.12-2.273.60.1594.962350.0960.1870.159100
2.27-2.453.60.1236.357980.0740.1440.123100
2.45-2.693.60.0997.753380.060.1160.09999.9
2.69-33.60.0681148330.0410.0790.06899.5
3-3.473.60.04714.842440.0290.0560.04799.1
3.47-4.253.50.03916.436050.0240.0460.03999.4
4.25-6.013.50.04612.527670.0280.0540.04698.6
6.01-48.7073.60.0415.915280.0240.0470.0497.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLM7.1.1データ削減
REFMAC5.8.0103位相決定
精密化解像度: 1.9→48.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.135
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2035 1298 5.1 %RANDOM
Rwork0.1521 ---
obs0.1547 24130 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 82.71 Å2 / Biso mean: 17.765 Å2 / Biso min: 8.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.6 Å2-0 Å2
3----1.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→48.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2436 0 27 345 2808
Biso mean--27.96 28.3 -
残基数----304
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.022551
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022308
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8961.9483479
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.7183.0025320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2035310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.20224.068118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.22715403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3421510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212898
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0230.02615
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 108 -
Rwork0.182 1733 -
all-1841 -
obs--99.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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