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- PDB-5ze4: The structure of holo- structure of DHAD complex with [2Fe-2S] cluster -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ze4
タイトルThe structure of holo- structure of DHAD complex with [2Fe-2S] cluster
要素Dihydroxy-acid dehydratase, chloroplastic
キーワードLYASE / [2Fe-2S] cluster / inhibit / BCAAbiosynthetic pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroxy-acid dehydratase / dihydroxy-acid dehydratase activity / embryo sac development / pollen development / root development / branched-chain amino acid biosynthetic process / hydro-lyase activity / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / plastid ...dihydroxy-acid dehydratase / dihydroxy-acid dehydratase activity / embryo sac development / pollen development / root development / branched-chain amino acid biosynthetic process / hydro-lyase activity / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / plastid / chloroplast stroma / amino acid biosynthetic process / response to salt stress / chloroplast / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / copper ion binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Dihydroxy-acid dehydratase / Dihydroxy-acid and 6-phosphogluconate dehydratases signature 2. / Dihydroxy-acid/6-phosphogluconate dehydratase, conserved site / Dihydroxy-acid and 6-phosphogluconate dehydratases signature 1. / Dihydroxy-acid/6-phosphogluconate dehydratase / IlvD/EDD, N-terminal domain / Dihydroxy-acid dehydratase, C-terminal / Dehydratase family
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Dihydroxy-acid dehydratase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Zhou, J. / Zang, X. / Tang, Y. / Yan, Y. / Gan, J. / Wu, L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Resistance-gene-directed discovery of a natural-product herbicide with a new mode of action.
著者: Yan, Y. / Liu, Q. / Zang, X. / Yuan, S. / Bat-Erdene, U. / Nguyen, C. / Gan, J. / Zhou, J. / Jacobsen, S.E. / Tang, Y.
履歴
登録2018年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroxy-acid dehydratase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5557
ポリマ－61,0081
非ポリマー5476
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area22140 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)135.467, 135.467, 65.978
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dihydroxy-acid dehydratase, chloroplastic / DAD


分子量: 61007.617 Da / 分子数: 1 / 変異: K559A, K600A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DHAD, ILVD, At3g23940, F14O13.13 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q9LIR4, dihydroxy-acid dehydratase

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非ポリマー , 5種, 123分子

#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.42 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.0, 1.5 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97774 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→50 Å / Num. obs: 36139 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.1 % / Rmerge(I) obs: 0.189 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.11→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 1.24

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J83

5j83


解像度: 2.11→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 8.783 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21519 1709 4.9 %RANDOM
Rwork0.17272 ---
obs0.17479 33076 96.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.395 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.11→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4218 0 24 117 4359
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194314
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1911.9895834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.939612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8055571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.63924.937158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.81115749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2131520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214868
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02866
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2342.5582279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2312.5582277
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6183.832845
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6183.832846
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2212.7632035
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.222.7642036
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.5424.0692988
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.09820.084738
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.01420.0544706
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.02738459
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.22524
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.77658491
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.165 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 89 -
Rwork0.191 1964 -
obs--79.08 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 38.147 Å / Origin y: -12.8445 Å / Origin z: -1.6749 Å
111213212223313233
T0.009 Å2-0.0109 Å20.0045 Å2-0.0221 Å2-0.0028 Å2--0.012 Å2
L0.1031 °20.1029 °2-0.0292 °2-0.3704 °2-0.1532 °2--0.2399 °2
S0.0151 Å °-0.0091 Å °0.0215 Å °0.0101 Å °-0.0026 Å °-0.0039 Å °-0.0246 Å °0.0489 Å °-0.0125 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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