+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zcu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of RCAR3:PP2C wild-type with pyrabactin | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | PLANT PROTEIN / Complex / PP2C / ABA receptor / pyrabactin / SIGNALING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of protein serine/threonine phosphatase activity / seed germination / response to water deprivation / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / response to cold ...negative regulation of protein serine/threonine phosphatase activity / seed germination / response to water deprivation / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / response to cold / signaling receptor activity / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Han, S. / Lee, Y. / Lee, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural determinants for pyrabactin recognition in ABA receptors in Oryza sativa. 著者: Han, S. / Lee, Y. / Park, E.J. / Min, M.K. / Lee, Y. / Kim, T.H. / Kim, B.G. / Lee, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 372 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 301.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5gwpS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 35578.594 Da / 分子数: 2 / 変異: E139A/E140A/K142A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Os05g0537400, LOC_Os05g46040, OJ1741_B01.18, OSJNBa0052K01.2 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6L5H6, protein-serine/threonine phosphatase #2: タンパク質 | 分子量: 20060.865 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 4種, 133分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PYV.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PYV.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.97 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, ammonium sulfate, sucrose / PH範囲: 4-6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月7日 |
放射 | モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→38.496 Å / Num. obs: 36217 / % possible obs: 93.42 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 24.89 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.09655 / Rpim(I) all: 0.04937 / Net I/σ(I): 18.72 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.538 Å / Rmerge(I) obs: 0.5903 / Num. unique obs: 3212 / CC1/2: 0.675 / Rpim(I) all: 0.2984 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5GWP 解像度: 2.413→38.496 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.4 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.413→38.496 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -22.7217 Å / Origin y: 13.6326 Å / Origin z: 58.3623 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |