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- PDB-5zcn: Solution NMR structure of a new lasso peptide brevunsin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zcn
タイトルSolution NMR structure of a new lasso peptide brevunsin
要素brevunsin
キーワードUNKNOWN FUNCTION / lasso peptide / Sphingomonas subterranea / brevunsin
機能・相同性Uncharacterized protein / :
機能・相同性情報
生物種Brevundimonas diminuta (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Hemmi, H. / Kodani, S. / Miyake, Y. / Kaweewan, I. / Nakagawa, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science25350964 日本
引用ジャーナル: J. Ind. Microbiol. Biotechnol. / 年: 2018
タイトル: Heterologous production of a new lasso peptide brevunsin in Sphingomonas subterranea
著者: Kodani, S. / Hemmi, H. / Miyake, Y. / Kaweewan, I. / Nakagawa, H.
履歴
登録2018年2月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: brevunsin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,2531
ポリマ－2,2531
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1930 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド brevunsin


分子量: 2253.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア)
発現宿主: Novosphingobium subterraneum (バクテリア)
参照: UniProt: F4QXD9, UniProt: A0A381AKI5*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC
131isotropic22D 1H-13C HMBC
141isotropic22D 1H-1H TOCSY
151isotropic12D 1H-1H TOCSY
181isotropic22D DQF-COSY
171isotropic22D 1H-1H NOESY
161isotropic12D 1H-1H NOESY
191isotropic21D 1H
1101isotropic21D 13C
1111isotropic2DEPT135

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 6 mg/mL brevunsin, DMSO / Label: 1 / 溶媒系: DMSO
試料濃度: 6 mg/mL / 構成要素: brevunsin / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態イオン強度: ND Not defined / Label: 1 / pH: 0 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
TopSpin3.5Bruker Biospin解析
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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