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- PDB-5zch: Crystal structure of OsPP2C50 I267W:OsPYL/RCAR3 with (+)-ABA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zch
タイトルCrystal structure of OsPP2C50 I267W:OsPYL/RCAR3 with (+)-ABA
要素
  • Abscisic acid receptor PYL3
  • Protein phosphatase 2C 50
キーワードPLANT PROTEIN / abscisic acid / ABA / receptor / phosphatase / stress / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / seed germination / response to water deprivation / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / protein serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / response to cold ...: / seed germination / response to water deprivation / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / protein serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / response to cold / signaling receptor activity / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sigma factor PP2C-like phosphatases / PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain ...Sigma factor PP2C-like phosphatases / PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A8S / Abscisic acid receptor PYL3 / Protein phosphatase 2C 50
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.474 Å
データ登録者Lee, S. / Han, S.
資金援助 韓国, 3件
組織認可番号国
Rural Development AdministrationPJ013676 韓国
National Research Foundation (Korea)NRF-2017R1D1A1B03032185 韓国
National Research Foundation (Korea)SRC-2017R1A5A1014560 韓国
引用ジャーナル: Plant Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Comprehensive survey of the VxG Phi L motif of PP2Cs from Oryza sativa reveals the critical role of the fourth position in regulation of ABA responsiveness.
著者: Han, S. / Lee, J.Y. / Lee, Y. / Kim, T.H. / Lee, S.
履歴
登録2018年2月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein phosphatase 2C 50
C: Abscisic acid receptor PYL3
B: Protein phosphatase 2C 50
D: Abscisic acid receptor PYL3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,05110
ポリマ－111,4254
非ポリマー6266
水2,954164
1
A: Protein phosphatase 2C 50
C: Abscisic acid receptor PYL3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0255
ポリマ－55,7132
非ポリマー3133
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20270 Å2
手法PISA
2
B: Protein phosphatase 2C 50
D: Abscisic acid receptor PYL3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0255
ポリマ－55,7132
非ポリマー3133
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.731, 76.028, 78.586
Angle α, β, γ (deg.)62.30, 73.09, 65.01
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Protein phosphatase 2C 50 / OsPP2C50 / ABI1-like protein 3 / OsABIL3


分子量: 35651.645 Da / 分子数: 2 / 変異: E139A/E140A/K142A/I267W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: PP2C50, ABIL3, Os05g0537400, LOC_Os05g46040, OJ1741_B01.18, OSJNBa0052K01.2
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6L5H6, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質 Abscisic acid receptor PYL3 / PYR1-like protein 10 / OsPYL10 / PYR1-like protein 3 / OsPYL3 / Regulatory components of ABA receptor 3


分子量: 20060.865 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: PYL3, PYL10, RCAR3, Os02g0255500, LOC_Os02g15640, OSJNBa0052K15.19, P0613F08.1
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6EN42
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-A8S / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxocyclohex-2-en-1-yl]-3-methylpenta-2,4-dienoic acid / (+)-abscisic acid / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxo-2-cyclohexen-1-yl]-3-methyl-2,4-pentadienoic acid / アブシジン酸


分子量: 264.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H20O4 / コメント: ホルモン*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.86 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% v/v PEG 400, 5% w/v PEG 3000, 10% v/v glycerol, 0.1M HEPES pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.474→24.788 Å / Num. obs: 45783 / % possible obs: 96.87 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 15.16
反射 シェル解像度: 2.474→2.563 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.474→24.788 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2303 1998 4.37 %
Rwork0.206 --
obs0.2072 45737 96.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.474→24.788 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7130 0 42 164 7336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037289
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6719867
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.2644445
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511123
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041288
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4735-2.53530.3441260.29272757X-RAY DIFFRACTION86
2.5353-2.60380.33941430.28373105X-RAY DIFFRACTION97
2.6038-2.68030.29361450.27333170X-RAY DIFFRACTION98
2.6803-2.76670.29971440.26723164X-RAY DIFFRACTION98
2.7667-2.86550.30281440.25973150X-RAY DIFFRACTION98
2.8655-2.980.31121440.25163160X-RAY DIFFRACTION98
2.98-3.11540.30251430.24123150X-RAY DIFFRACTION98
3.1154-3.27930.25321450.23333145X-RAY DIFFRACTION98
3.2793-3.48420.25681450.22463165X-RAY DIFFRACTION98
3.4842-3.75240.20181440.20463163X-RAY DIFFRACTION98
3.7524-4.12850.21231420.18383135X-RAY DIFFRACTION98
4.1285-4.72230.1871450.15983159X-RAY DIFFRACTION97
4.7223-5.93610.17581440.17613164X-RAY DIFFRACTION98
5.9361-24.78960.19341440.1753152X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.3507 Å / Origin y: -28.9149 Å / Origin z: -15.0559 Å
111213212223313233
T0.2058 Å2-0.0035 Å20.0229 Å2-0.1897 Å2-0.0063 Å2--0.2092 Å2
L0.4484 °2-0.0619 °2-0.0469 °2-0.5269 °20.0052 °2--0.117 °2
S0.0376 Å °-0.0287 Å °0.0013 Å °-0.0894 Å °0.0283 Å °-0.106 Å °-0.0218 Å °-0.0275 Å °0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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