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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zbg | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human TRPC3 at 4.36A resolution | ||||||||||||
要素 | Short transient receptor potential channel 3 | ||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / TRPC3 channel | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / Role of second messengers in netrin-1 signaling / store-operated calcium channel activity / Effects of PIP2 hydrolysis / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / cation channel complex / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / calcium-activated cation channel activity / TRP channels / positive regulation of calcium ion transport into cytosol ...positive regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / Role of second messengers in netrin-1 signaling / store-operated calcium channel activity / Effects of PIP2 hydrolysis / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / cation channel complex / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / calcium-activated cation channel activity / TRP channels / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / response to ATP / phototransduction / single fertilization / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / regulation of cytosolic calcium ion concentration / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / response to calcium ion / calcium ion transport / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.36 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Chen, L. / Tang, Q. / Guo, W. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2018 タイトル: Structure of the receptor-activated human TRPC6 and TRPC3 ion channels. 著者: Qinglin Tang / Wenjun Guo / Li Zheng / Jing-Xiang Wu / Meng Liu / Xindi Zhou / Xiaolin Zhang / Lei Chen / 要旨: TRPC6 and TRPC3 are receptor-activated nonselective cation channels that belong to the family of canonical transient receptor potential (TRPC) channels. They are activated by diacylglycerol, a lipid ...TRPC6 and TRPC3 are receptor-activated nonselective cation channels that belong to the family of canonical transient receptor potential (TRPC) channels. They are activated by diacylglycerol, a lipid second messenger. TRPC6 and TRPC3 are involved in many physiological processes and implicated in human genetic diseases. Here we present the structure of human TRPC6 homotetramer in complex with a newly identified high-affinity inhibitor BTDM solved by single-particle cryo-electron microscopy to 3.8 Å resolution. We also present the structure of human TRPC3 at 4.4 Å resolution. These structures show two-layer architectures in which the bell-shaped cytosolic layer holds the transmembrane layer. Extensive inter-subunit interactions of cytosolic domains, including the N-terminal ankyrin repeats and the C-terminal coiled-coil, contribute to the tetramer assembly. The high-affinity inhibitor BTDM wedges between the S5-S6 pore domain and voltage sensor-like domain to inhibit channel opening. Our structures uncover the molecular architecture of TRPC channels and provide a structural basis for understanding the mechanism of these channels. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5zbg.cif.gz | 534.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5zbg.ent.gz | 429.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5zbg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5zbg_validation.pdf.gz | 915.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5zbg_full_validation.pdf.gz | 946 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5zbg_validation.xml.gz | 67.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5zbg_validation.cif.gz | 104.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/5zbg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/5zbg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97465.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPC3, TRP3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13507 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: hTRPC3 homo-tetramer / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22220 / 対称性のタイプ: POINT |