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万見
- PDB-5zb3: Dimeric crystal structure of ORF57 from KSHV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zb3
タイトルDimeric crystal structure of ORF57 from KSHV
要素ORF57
キーワードTRANSCRIPTION / KSHV ORF57
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / positive regulation of viral life cycle / protein sequestering activity / host cell cytoplasm / regulation of DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus ICP27-like / Herpesvirus transcriptional regulator family
類似検索 - ドメイン・相同性
ORF57 / Post-transcriptional regulator MTA
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.506 Å
データ登録者Gao, Z.Q. / Yuan, F. / Dong, Y.H. / Lan, K.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
XDB08030103 中国
2017YFA0504900 中国
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2018
タイトル: The crystal structure of KSHV ORF57 reveals dimeric active sites important for protein stability and function.
著者: Yuan, F. / Gao, Z.Q. / Majerciak, V. / Bai, L. / Hu, M.L. / Lin, X.X. / Zheng, Z.M. / Dong, Y.H. / Lan, K.
履歴
登録2018年2月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF57
B: ORF57
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6064
ポリマ－64,4752
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7110 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area26630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.529, 167.529, 227.632
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 ORF57


分子量: 32237.393 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: ORF57 / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0N9SHG8, UniProt: Q2HR75*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.01M Magnesium chloride, 0.05M Hepes sodium pH 7.0, 4M Lithium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 24306 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.955 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.805 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 1185 / CC1/2: 0.948 / Rpim(I) all: 0.259 / Rrim(I) all: 0.846 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.506→33.149 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 1136 4.76 %
Rwork0.2571 --
obs0.2593 23848 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.506→33.149 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4410 0 2 0 4412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044504
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8546086
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3792696
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043682
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006784
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5055-3.66490.41451440.33972772X-RAY DIFFRACTION99
3.6649-3.85780.39481480.31652755X-RAY DIFFRACTION98
3.8578-4.09910.30911400.29042735X-RAY DIFFRACTION97
4.0991-4.4150.32081140.24782788X-RAY DIFFRACTION97
4.415-4.8580.28571500.23472762X-RAY DIFFRACTION97
4.858-5.55810.29081410.2582881X-RAY DIFFRACTION99
5.5581-6.99180.37961530.29642919X-RAY DIFFRACTION100
6.9918-33.15050.23781460.21733100X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 62.7194 Å / Origin y: -58.2424 Å / Origin z: -14.0732 Å
111213212223313233
T0.671 Å20.0193 Å2-0.036 Å2-1.2213 Å2-0.0444 Å2--0.8376 Å2
L1.8044 °20.7195 °20.0467 °2-1.3262 °20.1993 °2--2.0217 °2
S-0.0495 Å °-0.404 Å °0.0355 Å °-0.0054 Å °-0.0822 Å °0.1455 Å °-0.1712 Å °-0.2264 Å °0.1226 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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