PDB-5z9y: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis thiazole synthase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z9y

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis thiazole synthase (ThiG) complexed with DXP

要素

Thiazole synthase

キーワード

TRANSFERASE / alpha-beta barrel / covalently bound / carbinolamine intermediate / BIOSYNTHETIC PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

thiazole synthase / thiazole synthase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Zhang, J. / Zhang, B. / Zhao, Y. / Yang, X. / Huang, M. / Cui, P. / Zhang, W. / Li, J. / Zhang, Y.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Snapshots of catalysis: Structure of covalently bound substrate trapped in Mycobacterium tuberculosis thiazole synthase (ThiG).
著者: Zhang, J. / Zhang, B. / Zhao, Y. / Yang, X. / Huang, M. / Cui, P. / Zhang, W. / Li, J. / Zhang, Y.

履歴

登録	2018年2月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z9y.cif.gz	183.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z9y.ent.gz	146.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z9y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5z9y_validation.pdf.gz	460.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5z9y_full_validation.pdf.gz	465.4 KB	表示
XML形式データ	5z9y_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	5z9y_validation.cif.gz	33.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/5z9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/5z9y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7kpp-d 5lr0-1 1g5r-1 4fvv-2 4fvv-1 6dav-d 4jyo-2 4ram-d 3ccg-1 3azw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thiazole synthase

B: Thiazole synthase

ヘテロ分子

52.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiazole synthase

ヘテロ分子

A: Thiazole synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, native gel electrophoresis
52.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thiazole synthase

ヘテロ分子

B: Thiazole synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, native gel electrophoresis
52.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.670, 116.670, 123.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Thiazole synthase 分子量: 25866.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: thiG, Rv0417, MTCY22G10.14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WG73, thiazole synthase
#2: 化合物	ChemComp-DXP / 1-DEOXY-D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE / 1-デオキシ-D-キシルロ-ス5-りん酸分子量: 214.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₁O₇P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.47 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.2 M sodium malonate pH 5.0, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97852 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.48→61.66 Å / Num. obs: 82214 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 36.1 % / R_pim(I) all: 0.014 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 26.2 / Num. measured all: 2970865

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.48-1.51	20.4	1.4	79137	3881	0.521	2.408	95.6
4.02-61.71	33.9	90.6	152477	4500	0.007	0.041	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
xia2		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

解像度: 1.48→58.335 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1884	4063	4.95 %
R_work	0.1634	78088	-
obs	0.1646	82151	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.54 Å² / B_iso mean: 26.6034 Å² / B_iso min: 14.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.48→58.335 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3352	0	26	351	3729
B_iso mean	-	-	33.97	38.37	-
残基数	-	-	-	-	466

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.021	3428
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.855	4690
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.118	592
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	603
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.21	1220

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.48-1.4974	0.3104	113	0.2749	2577	2690	96
1.4974-1.5157	0.2538	124	0.2586	2589	2713	97
1.5157-1.5349	0.2546	147	0.2404	2575	2722	98
1.5349-1.5551	0.2698	147	0.2265	2642	2789	99
1.5551-1.5764	0.2307	139	0.2082	2642	2781	99
1.5764-1.5989	0.2235	156	0.1997	2662	2818	100
1.5989-1.6228	0.2149	153	0.1979	2646	2799	100
1.6228-1.6481	0.2185	165	0.1855	2630	2795	100
1.6481-1.6752	0.2167	149	0.1782	2638	2787	100
1.6752-1.704	0.1912	132	0.1705	2699	2831	100
1.704-1.735	0.1941	124	0.1699	2685	2809	100
1.735-1.7684	0.1674	137	0.1649	2701	2838	100
1.7684-1.8045	0.2027	155	0.1577	2637	2792	100
1.8045-1.8437	0.2067	142	0.154	2676	2818	100
1.8437-1.8866	0.1763	132	0.1553	2686	2818	100
1.8866-1.9338	0.183	146	0.1519	2666	2812	100
1.9338-1.9861	0.1763	148	0.1457	2682	2830	100
1.9861-2.0445	0.1918	130	0.149	2719	2849	100
2.0445-2.1105	0.2015	159	0.1521	2657	2816	100
2.1105-2.186	0.1857	131	0.1477	2705	2836	100
2.186-2.2735	0.1752	162	0.1512	2685	2847	100
2.2735-2.377	0.1928	138	0.1532	2729	2867	100
2.377-2.5023	0.16	127	0.158	2706	2833	100
2.5023-2.6591	0.2061	138	0.1596	2746	2884	100
2.6591-2.8644	0.1725	142	0.1657	2721	2863	100
2.8644-3.1526	0.1804	118	0.1645	2792	2910	100
3.1526-3.6087	0.1828	133	0.1591	2775	2908	100
3.6087-4.5464	0.1687	126	0.1515	2835	2961	100
4.5464-58.3803	0.1954	150	0.1736	2985	3135	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3174	-0.0926	-0.0292	0.117	0.2203	0.2749	0.0367	0.0877	0.0156	0.0031	-0.0529	0.1039	-0.0132	-0.1663	0.0001	0.2114	-0.0006	0.0177	0.2793	-0.0156	0.2116	42.2377	-22.3244	6.896
2	0.1658	0.0634	0.0011	0.2547	-0.0166	0.2925	-0.2755	0.2515	0.1567	-0.6663	0.0622	0.1879	-0.0082	-0.1923	-0.0317	0.2351	0.0311	-0.0275	0.2579	0.0369	0.3144	41.6423	-5.8537	8.9002
3	0.3175	0.0051	0.1954	0.5649	0.0346	0.4977	-0.0566	-0.0331	0.1558	0.0173	0.0136	0.0072	-0.138	0.0272	0	0.2243	-0.0089	0.0249	0.2179	-0.0165	0.263	51.7191	-6.5695	15.9201
4	0.2756	0.0437	-0.1626	0.4834	0.1648	0.3576	-0.0061	-0.0039	0.0137	-0.0043	-0.0071	0.0003	-0.0082	0.0096	0.0001	0.1939	-0.0018	0.0012	0.2048	-0.0115	0.1792	59.901	-24.9427	13.3166
5	0.0713	-0.0731	0.0778	0.3894	0.1294	0.1796	-0.0203	-0.0219	0.1518	0.1655	0.091	-0.1952	-0.1479	0.0047	0.0003	0.2642	0.0037	-0.0141	0.1951	-0.0135	0.2353	92.023	0.7943	22.8351
6	0.5795	-0.334	0.08	0.7748	0.0927	0.4964	-0.0141	-0.0129	0.0354	-0.0085	0.0325	0.0457	-0.0323	-0.0118	-0	0.1818	-0.0067	0.0125	0.169	0.0071	0.1915	77.6033	-1.3274	18.2316
7	0.003	0.0129	-0.0026	0.0363	-0.0035	0.0048	-0.0486	0.1313	0.0589	-0.3254	-0.0866	-0.0414	-0.0668	-0.1334	0.0005	0.2333	-0.0132	0.0163	0.2097	-0.0161	0.2254	82.5179	-24.9356	-6.5263

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 64 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 65 through 92 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 93 through 153 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 154 through 245 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 5 through 64 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 65 through 236 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 237 through 247 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)