[日本語] English
万見
- PDB-5z9a: Crystal structure of chorismate synthase from Pseudomonas aeruginosa -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z9a
タイトルCrystal structure of chorismate synthase from Pseudomonas aeruginosa
要素Chorismate synthase
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


chorismate synthase / chorismate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Chorismate synthase signature 3. / Chorismate synthase, AroC fold / Chorismate synthase AroC / Chorismate synthase signature 2. / Chorismate synthase / Chorismate synthase, conserved site / Chorismate synthase AroC superfamily / Chorismate synthase / Chorismate synthase signature 1. / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chorismate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Iqbal, N. / Chaudhary, A. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of chorismate synthase from Pseudomonas aeruginosa
著者: Iqbal, N. / Chaudhary, A. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2018年2月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Chorismate synthase
B: Chorismate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,0722
ポリマ－78,0722
非ポリマー00
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-22.4 kcal/mol
Surface area21400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.530, 76.530, 389.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 349 / Label seq-ID: 1 - 349

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.769773, 0.403496, -0.494611), (0.38891, -0.31797, -0.864664), (-0.50616, -0.857954, 0.087841)-4.80829, 40.1577, 29.65774

-
要素

#1: タンパク質 Chorismate synthase / CS / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate phospholyase


分子量: 39036.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain LESB58) (緑膿菌)
株: LESB58 / 遺伝子: aroC, PLES_36461 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7UV40, chorismate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 10mM HEPES pH 7.5, 8% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→66.28 Å / Num. obs: 17307 / % possible obs: 96.36 % / 冗長度: 5.92 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 11.05
反射 シェル解像度: 2.791→2.891 Å / Rmerge(I) obs: 0.43 / Num. measured obs: 7302 / Num. unique obs: 887

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R53

1r53


解像度: 2.79→66.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 34.162 / SU ML: 0.297 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.898 / ESU R Free: 0.377 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27602 864 5 %RANDOM
Rwork0.20701 ---
obs0.21027 16443 96.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 96.169 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å2-0.4 Å2-0 Å2
2---0.8 Å2-0 Å2
3---2.59 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.79→66.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3684 0 0 20 3704
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0193736
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.023698
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6041.9885048
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.70438498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2995487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.00224.054148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.10215628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4331529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.2583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0214226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.02779
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4627.5441976
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4637.5411975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.99311.2882453
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.99211.2922454
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.428.4141760
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.4198.4181761
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.54412.3142596
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.14772.71115085
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.14772.71315084
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS数: 2190 / タイプ: tight thermal / Rms dev position: 6.31 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 2.791→2.863 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 66 -
Rwork0.305 1216 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7090.3791-0.69761.7938-0.72120.8225-0.02310.14750.01250.04540.08090.2234-0.1618-0.1989-0.05780.44140.1315-0.03860.08060.00920.0718-11.846327.902323.3116
20.1408-0.0105-0.35410.6252-0.34761.2162-0.02960.0061-0.0269-0.173-0.0677-0.04630.05780.01050.09730.213-0.00670.00920.07550.03710.0554.03126.46713.6611
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 349
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 349

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る