PDB-5z7g: Crystal structure of TAX1BP1 SKICH region in complex with NAP1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z7g

タイトル

Crystal structure of TAX1BP1 SKICH region in complex with NAP1

要素

5-azacytidine-induced protein 2
Tax1-binding protein 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / TAX1BP1 / NAP1 / SKICH domain / Autophagy receptor / Selective autophagy

機能・相同性

機能・相同性情報

protein localization to phagocytic vesicle / negative regulation of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / dendritic cell differentiation / serine/threonine protein kinase complex / dendritic cell proliferation / phagophore assembly site / type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / autophagosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.301 Å

データ登録者

Pan, L.F. / Fu, T. / Liu, J.P. / Xie, X.Q. / Wang, Y.L. / Hu, S.C.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Mechanistic insights into the interactions of NAP1 with the SKICH domains of NDP52 and TAX1BP1
著者: Fu, T. / Liu, J. / Wang, Y. / Xie, X. / Hu, S. / Pan, L.

履歴

登録	2018年1月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年1月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z7g.cif.gz	145.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z7g.ent.gz	116 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z7g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5z7g_validation.pdf.gz	466.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5z7g_full_validation.pdf.gz	470.3 KB	表示
XML形式データ	5z7g_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	5z7g_validation.cif.gz	19.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/5z7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/5z7g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5z7aSC 5z7lC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2z7e-d 5z7l-d 5n76-d 4qjv-1 2fql-1 2nc1-d 1v7p-d 6ndb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tax1-binding protein 1

B: Tax1-binding protein 1

C: 5-azacytidine-induced protein 2

D: 5-azacytidine-induced protein 2

ヘテロ分子

38.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.487, 118.487, 64.344
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Tax1-binding protein 1 / TRAF6-binding protein 分子量: 14137.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAX1BP1, T6BP, PRO0105 / 発現宿主: Enterobacteria phage L1 (ファージ) / 参照: UniProt: Q86VP1
#2: タンパク質・ペプチド	5-azacytidine-induced protein 2 / NF-kappa-B-activating kinase-associated protein 1 / Nak-associated protein 1 / TILP 分子量: 5058.892 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AZI2, NAP1, TBKBP2 / 発現宿主: Enterobacteria phage L1 (ファージ) / 参照: UniProt: Q9H6S1
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.78 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 8000, 0.1 M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 22896 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 19.8 % / Net I/σ(I): 36.33
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5Z7A

5z7a

解像度: 2.301→29.622 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 24.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2332	1181	5.16 %
R_work	0.1868	-	-
obs	0.1891	22878	99.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.301→29.622 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2519	0	18	106	2643

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2634
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.853	3575
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.942	1913
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	367
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	453

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3014-2.4061	0.323	148	0.2349	2683	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4061-2.5329	0.2566	178	0.2239	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5329-2.6915	0.2699	152	0.2147	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6915-2.8991	0.2684	144	0.2117	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8991-3.1906	0.2491	123	0.2024	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1906-3.6515	0.223	139	0.1862	2693	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6515-4.5978	0.2218	139	0.1642	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5978-29.6242	0.2026	158	0.1717	2743	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2322	2.2547	-0.5758	4.6784	-0.7379	4.3096	-0.2687	-0.5083	-0.2849	0.5463	0.0967	-0.5	0.3016	0.1307	0.1352	0.3825	-0.024	-0.008	0.3625	-0.0292	0.4104	0.2568	54.7122	-64.855
2	3.2594	0.3873	-0.382	1.5061	-0.3433	2.4398	0.1191	0.4829	-0.1946	-0.2746	0.088	0.0293	0.0252	-0.1352	-0.1922	0.2532	-0.0239	-0.034	0.2449	-0.0416	0.2607	-9.6833	55.3761	-68.999
3	2.7434	0.0915	-0.0951	1.8424	0.6705	2.8648	0.044	0.0671	-0.892	-0.4156	0.2277	0.0282	0.8274	-0.076	-0.1946	0.3398	-0.0294	-0.0663	0.2455	-0.0468	0.4405	-9.991	43.0907	-66.7099
4	1.6344	2.4141	-0.9514	4.1207	-0.5186	3.392	-0.1294	0.9033	-0.0999	-0.4764	0.6284	-0.1058	-0.07	-0.4309	-0.3305	0.395	-0.0328	0.012	0.5112	-0.0344	0.3762	-0.3629	58.8783	-80.0578
5	1.553	0.4925	0.0756	1.0495	0.4213	1.384	0.0028	-0.1136	-0.0773	-0.2073	0.1297	0.1891	0.2592	-0.2563	-0.1302	0.2764	-0.0441	-0.0832	0.3297	-0.005	0.3184	-15.2177	50.0274	-66.0649
6	0.9174	0.5931	1.9836	5.2227	2.5889	5.0903	0.1307	0.154	-0.6035	-0.6425	0.0702	-0.5844	0.0994	0.5443	0.0612	0.3454	0.0144	0.0146	0.392	-0.1007	0.4877	1.1267	46.7227	-70.16
7	7.58	3.0982	1.7536	2.9398	-0.7124	1.9899	-0.0591	-0.6405	0.4114	0.5597	0.04	0.3356	-0.0686	-0.2422	-0.0055	0.2382	0.0215	-0.0061	0.2971	-0.0388	0.2703	-16.2477	52.2794	-57.3883
8	4.4236	-2.0632	-0.0054	1.2725	-0.8409	2.7845	-0.0985	-1.6098	-2.3824	0.3012	0.6802	0.26	0.2971	-0.4141	0.1301	0.4728	-0.0655	0.0743	1.1769	0.3468	1.0687	-5.4295	40.1597	-32.9627
9	0.7423	0.5444	0.293	0.9244	-0.7672	2.2705	0.0854	-0.6253	-2.4861	0.5879	-0.2583	-0.2122	-0.1644	-0.0574	0.0441	0.2739	-0.0179	-0.0584	0.9251	0.4845	1.362	3.472	35.5338	-35.3359
10	0.146	0.0047	-0.5	1.1447	0.4369	1.5607	-0.62	-0.3747	-1.1495	1.1839	-0.4378	0.5259	0.6429	0.1983	-0.5038	0.8947	-0.1707	0.0693	1.2672	0.886	1.94	0.263	25.7847	-26.6507
11	2.5708	0.4398	-0.6599	1.8894	-0.3074	3.4965	0.1216	-1.4194	-1.8793	0.4022	0.2708	-0.4397	-0.1646	-0.3864	0.096	0.3451	0.05	-0.1429	0.9179	0.2939	0.9129	0.7691	43.0933	-35.6983
12	4.3627	0.2058	-1.4181	2.9634	0.6961	1.1455	0.2891	0.1965	-0.1903	0.2072	-0.3268	0.2073	0.0322	0.0929	0.0674	0.2852	-0.0627	-0.0139	0.4613	0.0989	0.2141	-20.4173	52.3002	-43.7899
13	3.3496	-0.8272	-2.9503	3.3629	1.6773	4.188	0.4255	-1.0329	0.1741	0.2424	0.1103	-0.1129	-0.1895	0.9497	-0.1965	0.3528	-0.1883	0.0094	0.6181	0.0166	0.2759	-15.5274	56.9412	-42.4836

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 20 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 48 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 49 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 80 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 81 through 105 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 106 through 114 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 115 through 121 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 13 through 31 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 32 through 68 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 69 through 87 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 88 through 121 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 33 through 75 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 33 through 75 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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