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- PDB-5z7c: crystal structure of cyclic GMP-AMP specifc phosphodiesterases in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z7c
タイトルcrystal structure of cyclic GMP-AMP specifc phosphodiesterases in V.cholerae (V-cGAP3)
要素3'3'-cGAMP-specific phosphodiesterase 3
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Cyclic dinucleotides / phosphodiesterase.
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cyclic nucleotide catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / HD-GYP domain / HD domain / HD-GYP domain profile. / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / HD domain profile. / HD domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain ...: / HD-GYP domain / HD domain / HD-GYP domain profile. / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / HD domain profile. / HD domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3'3'-cGAMP-specific phosphodiesterase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Deng, M.J. / Ye, Z.Y. / Su, X.D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31670740 and U1430237 中国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Novel Mechanism for Cyclic Dinucleotide Degradation Revealed by Structural Studies of Vibrio Phosphodiesterase V-cGAP3.
著者: Deng, M.J. / Tao, J. / E, C. / Ye, Z.Y. / Jiang, Z. / Yu, J. / Su, X.D.
履歴
登録2018年1月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3'3'-cGAMP-specific phosphodiesterase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5651
ポリマ－51,5651
非ポリマー00
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area20870 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)139.360, 139.360, 179.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 3'3'-cGAMP-specific phosphodiesterase 3 / V-cGAP3


分子量: 51564.652 Da / 分子数: 1 / 変異: K440A/K441A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
遺伝子: VC_A0931
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: Q9KL18, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.75 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2M ammonium citrate tribasic, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→50 Å / Num. obs: 26853 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 17.85
反射 シェル解像度: 2.76→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.898

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.76→28.595 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2675 1352 5.04 %
Rwork0.2465 --
obs0.2475 26848 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→28.595 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3222 0 0 20 3242
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0273283
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6824453
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4461206
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.128512
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.02577
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.76-2.85860.37211170.35332534X-RAY DIFFRACTION100
2.8586-2.97290.2921330.32622507X-RAY DIFFRACTION100
2.9729-3.10810.33041530.30962500X-RAY DIFFRACTION100
3.1081-3.27170.30551320.29612517X-RAY DIFFRACTION100
3.2717-3.47640.30451280.28992527X-RAY DIFFRACTION100
3.4764-3.74430.25641340.2552533X-RAY DIFFRACTION100
3.7443-4.12010.26331290.22612565X-RAY DIFFRACTION100
4.1201-4.71390.23611460.21152566X-RAY DIFFRACTION100
4.7139-5.93040.25981450.24632597X-RAY DIFFRACTION99
5.9304-28.59630.25571350.22432650X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 53.9313 Å / Origin y: 49.4692 Å / Origin z: 107.9062 Å
111213212223313233
T0.3134 Å20.1145 Å20.0057 Å2-0.4846 Å20.0061 Å2--0.4376 Å2
L0.8828 °2-0.4408 °20.1887 °2-1.7376 °2-0.3446 °2--3.0665 °2
S0.0708 Å °0.0956 Å °-0.001 Å °-0.085 Å °-0.2391 Å °-0.1804 Å °-0.1352 Å °0.3579 Å °0.1745 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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