PDB-5z68: Structure of the recombination mediator protein RecF-ATP in RecFO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z68

タイトル

Structure of the recombination mediator protein RecF-ATP in RecFOR pathway

要素

DNA replication and repair protein RecF

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / recF / DNA repair / recombination mediator / RecFOR / Rad50

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA synthesis involved in DNA repair / SOS response / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / DNA replication / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3 Å

データ登録者

Tang, Q. / Liu, Y.-P. / Yan, X.-X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: ATP-dependent conformational change in ABC-ATPase RecF serves as a switch in DNA repair.
著者: Tang, Q. / Liu, Y.P. / Shan, H.H. / Tian, L.F. / Zhang, J.Z. / Yan, X.X.

履歴

登録	2018年1月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z68.cif.gz	306 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z68.ent.gz	253.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z68.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5z68_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5z68_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5z68_validation.xml.gz	61.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/5z68 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/5z68	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5z67C 5z69C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3oza-1 6fwr-d 7k3u-3 5ujs-d 3gyk-d 3wkt-1 3ky9-2 6rh0-d 4r1d-d 5anr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA replication and repair protein RecF

B: DNA replication and repair protein RecF

C: DNA replication and repair protein RecF

D: DNA replication and repair protein RecF

ヘテロ分子

177 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA replication and repair protein RecF

B: DNA replication and repair protein RecF

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
88.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: DNA replication and repair protein RecF

D: DNA replication and repair protein RecF

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.118, 138.821, 179.567
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DNA replication and repair protein RecF 分子量: 43389.980 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (strain DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4) (バクテリア) 株: DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4 / 遺伝子: recF, TTE0004 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q8RDL3
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	... ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.8M ammonium sulfate, 100 mM Tris-Hcl, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.005 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→20 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.8 % / Net I/σ(I): 28.2
反射シェル	解像度: 3→3.05 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 3→19.863 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.26

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2547	2642	4.85 %
R_work	0.1951	-	-
obs	0.198	54453	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→19.863 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11560	0	233	104	11897

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	12001
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.442	16132
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.918	4445
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1810
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2047

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.0544	0.327	153	0.3001	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0544-3.1129	0.359	148	0.2796	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1129-3.1762	0.3666	139	0.2784	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1762-3.245	0.296	129	0.2549	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.245-3.3201	0.3388	135	0.2396	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3201-3.4027	0.288	138	0.2304	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4027-3.4943	0.3012	141	0.2215	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4943-3.5965	0.3219	134	0.2111	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5965-3.7119	0.2225	134	0.1953	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7119-3.8436	0.2689	142	0.188	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8436-3.9963	0.2837	147	0.1888	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9963-4.1766	0.2528	122	0.1841	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1766-4.3945	0.2228	114	0.171	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3945-4.6665	0.2239	141	0.1527	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6665-5.0214	0.2549	138	0.1693	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0214-5.5169	0.2326	145	0.1802	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5169-6.2929	0.283	154	0.2128	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2929-7.8463	0.2271	144	0.211	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8463-19.8635	0.2051	144	0.1716	2858	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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