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- PDB-5z67: Structure of the recombination mediator protein RecF in RecFOR pathway -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z67
タイトルStructure of the recombination mediator protein RecF in RecFOR pathway
要素DNA replication and repair protein RecF
キーワードDNA BINDING PROTEIN / recF / DNA repair / recombination mediator / RecFOR / Rad50
機能・相同性
機能・相同性情報


SOS response / DNA synthesis involved in DNA repair / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / DNA replication / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-binding, RecF, conserved site / RecF protein signature 1. / RecF protein signature 2. / DNA-binding, RecF / DNA-binding RecF, domain 2 / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication and repair protein RecF
類似検索 - 構成要素
生物種Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Tang, Q. / Liu, Y.-P. / Yan, X.-X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31400656 中国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: ATP-dependent conformational change in ABC-ATPase RecF serves as a switch in DNA repair.
著者: Tang, Q. / Liu, Y.P. / Shan, H.H. / Tian, L.F. / Zhang, J.Z. / Yan, X.X.
履歴
登録2018年1月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA replication and repair protein RecF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5111
ポリマ－42,5111
非ポリマー00
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area17080 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)49.839, 95.780, 167.456
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-565-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA replication and repair protein RecF


分子量: 42511.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (strain DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4) (バクテリア)
株: DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4 / 遺伝子: recF, TTE0004
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8RDL3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9
詳細: 28% (w/v) PEG 3350, 300 mM NaCl, 100 mM Tris-Hcl, pH 9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.005 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / % possible obs: 99 % / 冗長度: 14.5 % / Net I/σ(I): 60.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.2→19.992 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2231 1753 8.44 %
Rwork0.1749 --
obs0.1792 20780 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.992 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2949 0 0 207 3156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013052
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2624101
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7661189
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053457
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005526
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.25950.27661360.19591475X-RAY DIFFRACTION100
2.2595-2.32590.27431310.19241422X-RAY DIFFRACTION100
2.3259-2.40090.23621330.19451442X-RAY DIFFRACTION100
2.4009-2.48650.28091330.20561444X-RAY DIFFRACTION100
2.4865-2.58590.25481340.19761452X-RAY DIFFRACTION100
2.5859-2.70330.26461340.19361451X-RAY DIFFRACTION100
2.7033-2.84540.24391330.20071453X-RAY DIFFRACTION100
2.8454-3.02310.24421340.18481446X-RAY DIFFRACTION100
3.0231-3.25570.2321330.19421456X-RAY DIFFRACTION100
3.2557-3.58160.22371370.16741487X-RAY DIFFRACTION100
3.5816-4.0960.19781350.15461463X-RAY DIFFRACTION100
4.096-5.14590.15741370.14041486X-RAY DIFFRACTION100
5.1459-19.99330.2221430.17171550X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6055-0.1781-0.84234.4358-1.28362.2812-0.2039-0.8206-0.0420.218-0.0147-0.2982-0.11560.42110.20270.1730.0644-0.00360.3633-0.00390.127118.904723.230911.6697
28.13162.91991.48296.173-0.05492.8436-0.029-0.32740.5670.20040.07990.4901-0.5006-0.2139-0.0060.22450.07130.0180.23320.00990.13836.236228.79488.2209
32.0443-1.6654-1.39463.531.87523.10550.02130.09150.0241-0.0103-0.02940.1369-0.0948-0.13170.00360.16420.02320.06710.12640.05910.2103-2.686520.769529.5292
47.9308-8.3358-2.21048.99992.44530.9593-0.49710.2759-1.23920.29640.09971.44440.7105-0.38780.33620.5341-0.01390.19930.32010.01160.4729-10.761411.034332.812
56.75144.49833.23636.56734.10475.77750.183-0.8864-0.49410.3964-0.24150.06180.3158-0.36970.02920.30020.09510.13350.21420.08770.3188-10.29227.054944.0546
60.7218-0.3484-0.011.4938-0.84341.5456-0.135-0.0198-0.26590.16320.00750.16930.22440.15580.10660.23880.05140.12580.19320.00680.31684.69836.577429.3591
71.9466-0.4127-0.41864.4428-0.15151.8993-0.27540.0412-0.56340.0202-0.1751-0.67530.63110.6080.42330.39910.14890.1890.45950.13170.382414.95554.367516.5524
89.81291.6293-1.48552.058-0.1612.6806-0.3469-0.2599-1.0672-0.3732-0.1852-0.58830.73830.6210.4230.44570.19070.13080.380.10960.373122.48798.384210.1983
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 75 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 76 through 114 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 115 through 216 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 217 through 240 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 241 through 263 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 264 through 305 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 306 through 330 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 331 through 359 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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