PDB-5z5c: Crystal structure of hydrogen sulfide-producing enzyme (Fn1055) f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z5c

タイトル

Crystal structure of hydrogen sulfide-producing enzyme (Fn1055) from Fusobacterium nucleatum: lysine-dimethylated form

要素

Cysteine synthase

キーワード

TRANSFERASE / Pyridoxal 5'-phosphate dependent enzyme / Internal aldimine

機能・相同性

機能・相同性情報

L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine synthase / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Kezuka, Y. / Yoshida, Y. / Nonaka, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of cysteine (hydroxyl) lyase from the hydrogen sulfide-producing oral pathogen,
著者: Kezuka, Y. / Ishida, T. / Yoshida, Y. / Nonaka, T.

履歴

登録	2018年1月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2018年2月14日	ID: 5B54
改定 1.0	2018年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2025年4月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z5c.cif.gz	545.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z5c.ent.gz	458.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z5c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5z5c_validation.pdf.gz	530.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5z5c_full_validation.pdf.gz	554.1 KB	表示
XML形式データ	5z5c_validation.xml.gz	54.5 KB	表示
CIF形式データ	5z5c_validation.cif.gz	74.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/5z5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/5z5c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5b55C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5b53-1 2nap-d 2jim-d 4yzz-d 2ecq-1 4wtj-d 2jir-d 3qgd-1 5pzo-2 3gsz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Cysteine synthase

B: Cysteine synthase

C: Cysteine synthase

D: Cysteine synthase

ヘテロ分子

155 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cysteine synthase

B: Cysteine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
77.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Cysteine synthase

D: Cysteine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.760, 136.160, 171.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	1	D
1	2	A
2	2	C
3	2	D

NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ILE	ILE	TYR	TYR	A	A	45 - 143	49 - 147
2	1	1	ILE	ILE	TYR	TYR	C	C	45 - 143	49 - 147
3	1	1	ILE	ILE	TYR	TYR	D	D	45 - 143	49 - 147
1	1	2	SER	SER	MLY	MLY	A	A	154 - 330	158 - 334
2	1	2	SER	SER	MLY	MLY	C	C	154 - 330	158 - 334
3	1	2	SER	SER	MLY	MLY	D	D	154 - 330	158 - 334
1	2	2	MET	MET	MLY	MLY	A	A	6 - 35	10 - 39
2	2	2	MET	MET	MLY	MLY	C	C	6 - 35	10 - 39
3	2	2	MET	MET	MLY	MLY	D	D	6 - 35	10 - 39

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.999087, -0.033312, 0.026763), (0.039503, -0.481215, 0.875712), (-0.016292, 0.875969, 0.482092)	32.99995, -16.1566, -26.61307
3	given	(0.644322, -0.709014, 0.286615), (-0.591519, -0.699589, -0.400849), (0.48472, 0.088738, -0.870156)	-28.03963, 70.91207, 31.62321

#1: タンパク質	Cysteine synthase 分子量: 38565.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum (strain ATCC 25586 / CIP 101130 / JCM 8532 / LMG 13131) (バクテリア) 株: ATCC 25586 / CIP 101130 / JCM 8532 / LMG 13131 / 遺伝子: FN1055 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8REP3, cysteine synthase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate 分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 24% (W/V) PEG 3350, 0.1M HEPES PH 7.5, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE HEXAHYDRATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→42.66 Å / Num. obs: 83053 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 22.3
反射シェル	解像度: 2.07→2.12 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 2.07→40.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 11.548 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.189 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24177	4180	5 %	RANDOM
R_work	0.18561	-	-	-
obs	0.18839	78808	99.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.583 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.91 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.07→40.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10401	0	63	373	10837

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.017	10633
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.019	10026
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.597	1.736	14292
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.002	2.718	23443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.804	5	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.656	25.261	422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.832	15	1478
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.91	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	11516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.019	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.983	1.799	5322
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.983	1.799	5321
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.633	2.691	6646
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.633	2.691	6647
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.154	2.005	5311
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.154	2.005	5312
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.915	2.928	7646
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.109	21.905	11375
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.107	21.905	11367
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	581	MEDIUM POSITIONAL	0.13	0.5
1	2	C	581	MEDIUM POSITIONAL	0.19	0.5
1	3	D	581	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
1	1	A	931	LOOSE POSITIONAL	0.63	5
1	2	C	931	LOOSE POSITIONAL	0.6	5
1	3	D	931	LOOSE POSITIONAL	0.78	5
1	1	A	581	MEDIUM THERMAL	4.12	2
1	2	C	581	MEDIUM THERMAL	4.22	2
1	3	D	581	MEDIUM THERMAL	2.01	2
1	1	A	931	LOOSE THERMAL	4.21	10
1	2	C	931	LOOSE THERMAL	4.67	10
1	3	D	931	LOOSE THERMAL	2.41	10
2	1	A	1216	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
2	2	C	1216	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
2	3	D	1216	MEDIUM POSITIONAL	0.22	0.5
2	1	A	1934	LOOSE POSITIONAL	0.61	5
2	2	C	1934	LOOSE POSITIONAL	0.51	5
2	3	D	1934	LOOSE POSITIONAL	0.58	5
2	1	A	1216	MEDIUM THERMAL	2.4	2
2	2	C	1216	MEDIUM THERMAL	3.64	2
2	3	D	1216	MEDIUM THERMAL	4.65	2
2	1	A	1934	LOOSE THERMAL	2.76	10
2	2	C	1934	LOOSE THERMAL	3.99	10
2	3	D	1934	LOOSE THERMAL	4.68	10

LS精密化シェル

解像度: 2.07→2.124 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	309	-
R_work	0.23	5631	-
obs	-	-	97.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4106	-0.1561	-0.1251	0.2217	0.2159	0.7464	-0.0132	0.0664	-0.138	-0.0085	-0.1322	-0.0284	-0.1538	-0.1289	0.1454	0.069	0.0432	-0.0495	0.209	-0.0533	0.239	4.5323	18.1294	-9.1081
2	0.2426	-0.1605	-0.0301	0.3728	0.459	0.8715	-0.0345	-0.1404	-0.0855	-0.1655	-0.053	0.0274	-0.4477	-0.2133	0.0876	0.2887	0.1323	-0.1271	0.238	-0.0114	0.214	1.3845	37.9874	12.8996
3	1.0357	0.4907	0.9478	0.3822	0.6322	1.1019	0.058	0.3004	0.0485	0.1273	-0.0335	0.0176	0.1776	0.0862	-0.0244	0.0813	-0.0346	-0.0009	0.3197	-0.0239	0.1897	29.6981	0.1473	37.6443
4	0.2464	0.2588	0.4377	0.4842	0.6117	0.9068	0.1271	-0.0917	0.1638	0.24	-0.2711	0.0349	0.313	-0.2253	0.144	0.157	-0.1203	0.0376	0.2849	-0.0432	0.2514	32.808	10.5461	65.6025

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 335
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401 - 402
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	501 - 622
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 335
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	401
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	501 - 568
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 335
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	401 - 402
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	501 - 599
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 335
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	401 - 402
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	501 - 584

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関連情報:EMDBヘッダ

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