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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5z5c | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of hydrogen sulfide-producing enzyme (Fn1055) from Fusobacterium nucleatum: lysine-dimethylated form | |||||||||
要素 | Cysteine synthase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / Pyridoxal 5'-phosphate dependent enzyme / Internal aldimine | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cysteine synthase / cysteine synthase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.07 Å | |||||||||
データ登録者 | Kezuka, Y. / Yoshida, Y. / Nonaka, T. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018 タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of cysteine (hydroxyl) lyase from the hydrogen sulfide-producing oral pathogen, 著者: Kezuka, Y. / Ishida, T. / Yoshida, Y. / Nonaka, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5z5c.cif.gz | 540 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5z5c.ent.gz | 469.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5z5c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/5z5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/5z5c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38565.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum (strain ATCC 25586 / CIP 101130 / JCM 8532 / LMG 13131) (バクテリア) 株: ATCC 25586 / CIP 101130 / JCM 8532 / LMG 13131 / 遺伝子: FN1055 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8REP3, cysteine synthase #2: 化合物 | ChemComp-PLP / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 24% (W/V) PEG 3350, 0.1M HEPES PH 7.5, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE HEXAHYDRATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.07→42.66 Å / Num. obs: 83053 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 22.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.07→2.12 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / % possible all: 98.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.07→40.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 11.548 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.189 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.583 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.07→40.93 Å
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拘束条件 |
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