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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5z54 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a cyclase Hpiu5 from Fischerella sp. ATCC 43239 in complex with cyclo-L-Arg-D-Pro | ||||||
![]() | 12-epi-hapalindole C/U synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / prenyltransferase | ||||||
機能・相同性 | metal ion binding / Chem-0HZ / 12-epi-hapalindole C/U synthase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hu, X.Y. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of a Class of Cyclases that Catalyze the Cope Rearrangement 著者: Chen, C.C. / Hu, X. / Tang, X. / Yang, Y. / Ko, T.P. / Gao, J. / Zheng, Y. / Huang, J.W. / Yu, Z. / Li, L. / Han, S. / Cai, N. / Zhang, Y. / Liu, W. / Guo, R.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 173.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 135.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24808.873 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hpiU5 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-0HZ / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.98 % / Mosaicity: 0.764 ° |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2M sodium chloride, 20%(w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月29日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: LN2 cooled Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.16→25 Å / Num. obs: 49997 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.862 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 630102 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5YVK 解像度: 2.16→24.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 6.965 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.001 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.16→24.9 Å
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拘束条件 |
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