[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5z54: Crystal structure of a cyclase Hpiu5 from Fischerella sp. ATCC 43... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5z54 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of a cyclase Hpiu5 from Fischerella sp. ATCC 43239 in complex with cyclo-L-Arg-D-Pro | ||||||
Components | 12-epi-hapalindole C/U synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / prenyltransferase | ||||||
Function / homology | metal ion binding / Chem-0HZ / 12-epi-hapalindole C/U synthase Function and homology information | ||||||
Biological species | Fischerella ambigua UTEX 1903 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.16 Å | ||||||
Authors | Hu, X.Y. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T. | ||||||
Citation | Journal: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / Year: 2018 Title: The Crystal Structure of a Class of Cyclases that Catalyze the Cope Rearrangement Authors: Chen, C.C. / Hu, X. / Tang, X. / Yang, Y. / Ko, T.P. / Gao, J. / Zheng, Y. / Huang, J.W. / Yu, Z. / Li, L. / Han, S. / Cai, N. / Zhang, Y. / Liu, W. / Guo, R.T. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5z54.cif.gz | 173.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5z54.ent.gz | 135.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5z54.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5z54_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5z54_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 5z54_validation.xml.gz | 33.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5z54_validation.cif.gz | 45.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/5z54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/5z54 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5yvkSC 5yvlC 5yvpC 5z53C 5zfjC 6a8xC 6a92C 6a98C 6a99C 6a9fC 6aduC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 24808.873 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Fischerella ambigua UTEX 1903 (bacteria) Gene: hpiU5 / Plasmid: pET-28a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A076NBW8 #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-0HZ / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.98 % / Mosaicity: 0.764 ° |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 0.2M sodium chloride, 20%(w/v) PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: TPS 05A / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Nov 29, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: LN2 cooled Si(111) double crystal monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.16→25 Å / Num. obs: 49997 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.862 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 630102 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5YVK Resolution: 2.16→24.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 6.965 / SU ML: 0.164 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.188 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 48.001 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.16→24.9 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|