PDB-5z3m: Crystal structure of Low Molecular Weight Phosphotyrosine phospha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z3m

タイトル

Crystal structure of Low Molecular Weight Phosphotyrosine phosphatase (VcLMWPTP-2) from Vibrio choleraeO395

要素

Phosphotyrosine protein phosphatase

キーワード

HYDROLASE / Phosphatase / Ligand Bound

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Chatterjee, S. / Nath, S. / Sen, U.

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2019
タイトル: Vibrio cholerae LMWPTP-2 display unique surface charge and grooves around the active site: Indicative of distinctive substrate specificity and scope to design specific inhibitor.
著者: Chatterjee, S. / Nath, S. / Ghosh, B. / Sen, U.

履歴

登録	2018年1月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z3m.cif.gz	149.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z3m.ent.gz	119 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z3m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5z3m_validation.pdf.gz	496.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5z3m_full_validation.pdf.gz	516.9 KB	表示
XML形式データ	5z3m_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	5z3m_validation.cif.gz	29 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/5z3m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/5z3m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lrqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2g7y-d 3cxn-2 5eta-1 2xa9-2 2r9n-d 2r9o-d 5q5o-d 3ii0-3 6ku2-2 2xa9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphotyrosine protein phosphatase

B: Phosphotyrosine protein phosphatase

ヘテロ分子

41.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.912, 51.867, 83.896
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.62, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-406- HOH

#1: タンパク質	Phosphotyrosine protein phosphatase 分子量: 18829.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (コレラ菌) 株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: VC0395_A0440 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3AM12, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS 分子量: 209.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.2 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: AMS, HEPES, GLYCEROL, MOPS, NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→19.402 Å / Num. obs: 31285 / % possible obs: 98.88 % / 冗長度: 2.53 % / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.6→2.692 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LRQ

4lrq

解像度: 2.6→19.402 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 34.62

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2883	1570	5.02 %
R_work	0.2518	-	-
obs	0.2538	31285	98.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.402 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2424	0	246	257	2927

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2673
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.061	3550
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.764	1033
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	376
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	437

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6001-2.6838	0.3407	147	0.297	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6838-2.7795	0.3589	146	0.2803	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7795-2.8904	0.2805	140	0.2866	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8904-3.0215	0.374	130	0.2775	2658	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0215-3.1801	0.3882	124	0.2904	2699	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1801-3.3784	0.2756	132	0.2525	2709	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3784-3.6377	0.2831	134	0.2309	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6377-4.0008	0.2272	135	0.2253	2755	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0008-4.5731	0.2808	168	0.2174	2661	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5731-5.7369	0.2705	176	0.2487	2674	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7369-19.4029	0.2693	138	0.2557	2630	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5819	0.5217	-0.2184	1.5029	0.0443	1.3597	-0.2013	-0.044	-0.204	0.1344	0.0249	-0.1535	0.2906	0.1857	0.0375	0.6849	0.0754	0.3007	-0.0531	-0.1181	0.152	-26.3552	1.0067	13.7231
2	0.3996	0.2152	-0.1122	0.6622	-0.8195	1.0849	-0.0374	0.0243	-0.0852	-0.1569	-0.0083	-0.0415	0.1811	-0.0185	0.0198	0.7065	-0.1108	0.2071	0.1428	0.0251	0.1571	-40.2559	-2.7154	13.8624
3	0.1654	-0.5287	-0.6236	3.9057	5.125	6.7784	-0.0853	-0.0346	-0.0494	0.283	0.3434	-0.1613	0.4934	0.7596	-0.2277	0.6021	0.1172	0.2865	0.2147	-0.027	0.2925	-30.7296	-8.7042	14.9251
4	0.8607	1.5084	0.1631	3.474	0.3069	0.07	-0.053	-0.0698	-0.1076	0.276	0.0401	-0.0076	0.1008	0.0523	-0.0748	0.6433	0.0283	0.2623	0.1834	-0.0485	0.2512	-32.0597	13.323	18.8441
5	0.6828	-0.0772	-0.3516	0.9763	0.2034	0.2088	-0.0345	0.1092	-0.0606	-0.1618	-0.0088	0.0013	-0.051	0.0092	-0.1003	0.6727	-0.0122	0.1575	0.0746	0.005	0.1158	-30.8327	11.4282	7.2908
6	1.4408	0.7715	-0.2566	3.1185	-2.9436	3.7688	-0.0083	-0.0241	0.0032	0.0218	-0.1539	-0.1703	-0.2349	0.2086	0.0813	0.5924	0.031	0.1956	0.1031	0.0323	0.1537	-29.3916	20.6301	10.8744
7	1.4868	-0.3228	0.762	2.6865	0.9727	1.6601	-0.1888	0.2361	-0.0106	-0.0714	-0.0538	-0.0828	0.1851	-0.0088	0.1389	0.822	-0.0768	0.2571	0.1854	-0.001	0.2747	-32.5546	3.4489	0.2576
8	1.0317	-1.0186	-1.0922	1.3913	1.2562	2.993	-0.0368	-0.144	0.166	0.0851	0.2432	-0.2228	-0.1772	0.3995	-0.3192	0.6107	0.0245	0.3655	0.0912	-0.1274	0.1389	-24.6294	-1.4445	3.8915
9	1.3193	-0.2061	-0.274	0.9521	0.831	4.0887	-0.0548	-0.001	0.0731	-0.0365	0.2138	-0.1516	-0.2526	0.5096	-0.2538	0.5883	-0.0111	0.2884	0.1563	-0.1121	0.0832	-32.8233	-12.0851	31.6379
10	0.5013	-0.1151	-0.3488	1.2673	0.1438	0.7452	0.1236	-0.0977	0.1162	0.1205	0.0406	-0.057	-0.0698	0.1058	-0.1373	0.8723	-0.0402	0.3752	0.1732	-0.028	0.2721	-33.7187	-13.3045	26.5335
11	0.0636	-0.0502	-0.0382	0.4035	0.6272	1.0037	0.036	-0.0397	0.0505	0.0094	0.001	0.056	-0.0146	-0.0765	0.0776	0.6382	-0.0709	0.347	0.1203	-0.1041	0.2564	-38.1126	-3.0861	29.2958
12	1.3844	-0.9983	0.772	3.6749	-1.1716	0.6048	0.002	0.0962	0.3263	-0.3192	-0.0695	-0.4402	-0.034	0.0588	0.0391	0.8057	-0.024	0.2697	0.1603	-0.0326	0.4511	-30.9566	-24.0339	23.3
13	0.5494	1.3449	-0.2006	4.0508	-1.733	2.1021	0.0396	0.2451	0.1734	-0.0526	0.0467	-0.0747	-0.0564	0.0674	-0.0347	0.7712	-0.001	0.2465	0.2006	-0.0005	0.2749	-33.2977	-21.9599	34.7112
14	0.4166	-0.5422	-0.0331	2.8362	-0.4094	0.1925	-0.0363	-0.0036	0.0078	0.1886	-0.035	-0.1477	0.1095	0.0349	0.083	0.7368	-0.0057	0.283	0.0696	0.08	0.1993	-33.6065	-27.7292	34.6298
15	2.3446	-1.0902	-0.1144	3.1748	0.1252	2.281	0.0812	-0.1943	0.033	0.0117	0.2187	0.0978	-0.437	-0.4787	-0.276	1.0425	0.0325	0.421	0.32	0.0332	0.4393	-45.2469	-15.2897	39.7967
16	0.9928	0.3094	-0.3061	3.1637	-0.7381	2.5662	-0.0186	-0.0761	0.0168	0.0694	0.0075	-0.1804	0.5249	0.118	0.1606	1.0166	-0.0434	0.3247	0.169	-0.0246	0.2665	-34.7197	-10.6391	40.6209

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 43 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 44 through 61 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 62 through 71 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 72 through 82 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 83 through 96 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 97 through 108 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 109 through 130 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 131 through 157 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 5 through 32 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 33 through 54 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 55 through 71 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 72 through 82 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 83 through 91 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 92 through 115 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 116 through 130 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 131 through 156 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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