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- PDB-5z3f: Glycosidase E335A in complex with glucose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z3f
タイトルGlycosidase E335A in complex with glucose
要素Glycoside hydrolase 15-related protein
キーワードHYDROLASE / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


isomaltose glucohydrolase / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GH15-like domain / Glycosyl hydrolases family 15 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / CITRIC ACID / Isomaltose glucohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Kribbella flavida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Tanaka, Y. / Chen, M. / Tagami, T. / Yao, M. / Kimura, A.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Platform for Drug Discovery, Informatics, and Structural Life Science(PDIS) 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Structural insights reveal the second base catalyst of isomaltose glucohydrolase.
著者: Tagami, T. / Chen, M. / Furunaga, Y. / Kikuchi, A. / Sadahiro, J. / Lang, W. / Okuyama, M. / Tanaka, Y. / Iwasaki, T. / Yao, M. / Kimura, A.
履歴
登録2018年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年2月23日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase 15-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6196
ポリマ－43,9701
非ポリマー6495
水7,746430
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area530 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area13590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.830, 104.830, 89.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-559-

HOH

21A-695-

HOH

31A-737-

HOH

41A-792-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase 15-related protein


分子量: 43970.023 Da / 分子数: 1 / 変異: E335A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kribbella flavida (strain DSM 17836 / JCM 10339 / NBRC 14399) (バクテリア)
株: DSM 17836 / JCM 10339 / NBRC 14399 / 遺伝子: Kfla_1896 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2PPM8
#2: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium citrate tribasic (pH 6.8), 0.1M Sodium citrate (pH 5.5), 12% PEGmonomethyl ether 2000, 2mM isomaltose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→46.88 Å / Num. obs: 200183 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.8 % / Net I/σ(I): 16.39
反射 シェル解像度: 1.1→1.16 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.1→46.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 0.457 / SU ML: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.018 / ESU R Free: 0.018 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12089 10011 5 %RANDOM
Rwork0.1076 ---
obs0.10827 190172 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.669 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å20 Å2
2--0.2 Å2-0 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.1→46.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2858 0 43 430 3331
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0193077
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.022871
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6951.9284217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9283.0016467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4445390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.55521.972142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.69315418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.291529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02780
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.1141.1791530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.0241.1751529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.6391.7731927
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.6691.7771928
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6881.4321547
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6841.4281545
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0332.0612289
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.71511.7064169
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.71511.7114170
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.4335948
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free23.817584
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.97756200
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.172 728 -
Rwork0.157 13806 -
obs--99.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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