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- PDB-5z3a: Glycosidase Wild Type -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z3a
タイトルGlycosidase Wild Type
要素Glycoside hydrolase 15-related protein
キーワードHYDROLASE / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


isomaltose glucohydrolase / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GH15-like domain / Glycosyl hydrolases family 15 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Isomaltose glucohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Kribbella flavida DSM 17836 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.401 Å
データ登録者Tanaka, Y. / Chen, M. / Tagami, T. / Yao, M. / Kimura, A.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Platform for Drug Discovery, Informatics, and Structural Life Science(PDIS) 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Structural insights reveal the second base catalyst of isomaltose glucohydrolase.
著者: Tagami, T. / Chen, M. / Furunaga, Y. / Kikuchi, A. / Sadahiro, J. / Lang, W. / Okuyama, M. / Tanaka, Y. / Iwasaki, T. / Yao, M. / Kimura, A.
履歴
登録2018年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase 15-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5896
ポリマ－44,0281
非ポリマー5615
水6,125340
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area470 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area13610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.743, 104.743, 89.486
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-602-

HOH

21A-706-

HOH

31A-732-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase 15-related protein


分子量: 44028.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kribbella flavida DSM 17836 (バクテリア)
株: DSM 17836 / JCM 10339 / NBRC 14399 / 遺伝子: Kfla_1896 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2PPM8
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium citrate tribasic (pH 6.8), 0.1M Sodium citrate (pH 5.5), 12% PEG monomethyl ether 2000, 2mM glucose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→89.49 Å / Num. obs: 97738 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.4 % / Net I/σ(I): 26.69
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.401→46.842 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 11.67
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1397 4886 5 %RANDOM
Rwork0.1158 ---
obs0.1171 97723 99.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.401→46.842 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2862 0 37 340 3239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013077
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2884210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8721057
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073437
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008552
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4007-1.41670.20091560.18773013X-RAY DIFFRACTION99
1.4167-1.43330.19971650.15913043X-RAY DIFFRACTION100
1.4333-1.45080.18771550.14073070X-RAY DIFFRACTION100
1.4508-1.46920.17091610.13293037X-RAY DIFFRACTION100
1.4692-1.48850.15821630.12463055X-RAY DIFFRACTION100
1.4885-1.50890.15511620.11483071X-RAY DIFFRACTION100
1.5089-1.53050.13881620.1093059X-RAY DIFFRACTION100
1.5305-1.55330.15961600.1053043X-RAY DIFFRACTION100
1.5533-1.57760.1281610.09893076X-RAY DIFFRACTION100
1.5776-1.60340.14621620.09723073X-RAY DIFFRACTION100
1.6034-1.63110.1391620.09523051X-RAY DIFFRACTION100
1.6311-1.66080.13991610.09253079X-RAY DIFFRACTION100
1.6608-1.69270.11911620.09083062X-RAY DIFFRACTION100
1.6927-1.72730.10351600.0863070X-RAY DIFFRACTION100
1.7273-1.76480.12441630.08763093X-RAY DIFFRACTION100
1.7648-1.80590.11071620.08893065X-RAY DIFFRACTION100
1.8059-1.8510.13151590.09493066X-RAY DIFFRACTION100
1.851-1.90110.11561650.09213107X-RAY DIFFRACTION100
1.9011-1.9570.11581610.09773058X-RAY DIFFRACTION100
1.957-2.02020.12471640.09633115X-RAY DIFFRACTION100
2.0202-2.09240.12361630.09983089X-RAY DIFFRACTION100
2.0924-2.17620.11591610.09883096X-RAY DIFFRACTION100
2.1762-2.27520.12691650.10063102X-RAY DIFFRACTION100
2.2752-2.39520.11251640.1023116X-RAY DIFFRACTION100
2.3952-2.54520.15041640.11173120X-RAY DIFFRACTION100
2.5452-2.74170.13561640.11243134X-RAY DIFFRACTION100
2.7417-3.01760.15491670.12673144X-RAY DIFFRACTION100
3.0176-3.45410.13611660.13613179X-RAY DIFFRACTION100
3.4541-4.35130.14891680.1243196X-RAY DIFFRACTION100
4.3513-46.86870.16321780.14463355X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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