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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5z38 | ||||||||||||||||||
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| Title | Crystal structure of CsrA bound to CesT | ||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | RNA BINDING PROTEIN/CHAPERONE / EHEC and EPEC / RNA BINDING PROTEIN-CHAPERONE complex | ||||||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationregulation of carbohydrate metabolic process / protein secretion by the type III secretion system / mRNA stabilization / mRNA catabolic process / positive regulation of translational initiation / negative regulation of translational initiation / mRNA 5'-UTR binding / negative regulation of translation / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
| Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.292 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Ye, F. / Yang, F. / Yu, R. / Lin, X. / Qi, J. / Chen, Z. / Gao, G.F. / Lu, G. | ||||||||||||||||||
| Funding support | China, 5items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2018Title: Molecular basis of binding between the global post-transcriptional regulator CsrA and the T3SS chaperone CesT Authors: Ye, F. / Yang, F. / Yu, R. / Lin, X. / Qi, J. / Chen, Z. / Cao, Y. / Wei, Y. / Gao, G.F. / Lu, G. | ||||||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 5z38.cif.gz | 410.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5z38.ent.gz | 341.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5z38.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5z38_validation.pdf.gz | 532.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5z38_full_validation.pdf.gz | 547.6 KB | Display | |
| Data in XML | 5z38_validation.xml.gz | 36.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 5z38_validation.cif.gz | 50.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/5z38 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/5z38 | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
| #1: Protein | Mass: 17875.041 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 5205.131 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Truncated-CsrA and wild type CsrA are linked via a GGGGSGGGGS linker. Source: (gene. exp.) ![]() Strain: E2348/69 / EPEC / Gene: csrA, E2348C_2959 / Variant: UNP residues 1-44 / Production host: ![]() #3: Protein | Mass: 7495.450 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: E2348/69 / EPEC / Gene: csrA, E2348C_2959 / Production host: ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.99 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.3 Details: 20% PEG 3350, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.97775 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: May 30, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97775 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 54958 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.078 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 23.01 |
| Reflection shell | Resolution: 2.3→2.38 Å / Redundancy: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.253 / Num. unique obs: 5428 / CC1/2: 0.877 / Rpim(I) all: 0.557 / % possible all: 99.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1K3E, 2BTI Resolution: 2.292→49.351 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 36.38 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.292→49.351 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
China, 5items
Citation











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