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万見
- PDB-5z36: An anthrahydroquino-Gama-pyrone synthase Txn09 complexed with PDM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z36
タイトルAn anthrahydroquino-Gama-pyrone synthase Txn09 complexed with PDM
要素TxnO9
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / type II polyketide heterocyclase / enzyme mechanism / natural product / Streptomyces bottropensis
機能・相同性Activator of Hsp90 ATPase homologue 1-like / Activator of Hsp90 ATPase homolog 1-like protein / START-like domain superfamily / Chem-969 / TxnO9
機能・相同性情報
生物種Streptomyces bottropensis (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Song, Y.J. / Cao, C.Y.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Enzymology of Anthraquinone-gamma-Pyrone Ring Formation in Complex Aromatic Polyketide Biosynthesis.
著者: Hou, X.F. / Song, Y.J. / Zhang, M. / Lan, W.X. / Meng, S. / Wang, C.X. / Pan, H.X. / Cao, C.Y. / Tang, G.L.
履歴
登録2018年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TxnO9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8302
ポリマ－17,4521
非ポリマー3781
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8950 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 TxnO9


分子量: 17451.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces bottropensis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K1H313
#2: 化合物 ChemComp-969 / 11-hydroxy-2-[(2S)-2-hydroxybutan-2-yl]-5-methyl-4H-anthra[1,2-b]pyran-4,7,12-trione / 2-[(S)-1-ヒドロキシ-1-メチルプロピル]-5-メチル-11-ヒドロキシ-4H-アントラ[1,2-b]ピラン-(以下略)


分子量: 378.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H18O6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCO
121isotropic13D HNCA
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic22D 1H-15N HSQC
261isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
271isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
281isotropic23D (H)CCH-TOCSY
191isotropic23D 1H-15N TOCSY
2101isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
2111isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
1121isotropic23D 1H-15N NOESY
2131isotropic22D filtered NOESY
2141isotropic22D filtered TOCSY
2151isotropic23D edited/filtered NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Txn09, 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 10 % v/v Deuteration DMSO, 90% H2O/10% D2O
詳細: 10% DMSO / Label: 13C_15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMTxn09[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
10 % v/vDMSODeuteration1
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
160 mMconditions_17.4 1 atm293 K
260 mMconditions_27.4 pH*1 atm293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Agilent DD2AgilentDD26001
Agilent DD2AgilentDD28002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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