PDB-5z33: Crystal structure of Mitogen-activated Protein Kinase Mps1 in Mag...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z33

タイトル

Crystal structure of Mitogen-activated Protein Kinase Mps1 in Magnaporthe oryzae

要素

Mitogen-activated protein kinase

キーワード

TRANSFERASE / Mps1 / MAPK / Phosphorylation / Magnaporthe oryzae

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of mitotic cytokinesis / positive regulation of developmental process / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein serine kinase activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Magnaporthe oryzae (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Zhou, F. / Liu, J.F. / Zhang, G.Z.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Mitogen-activated Protein Kinase Mps1 in Magnaporthe oryzae
著者: Zhou, F. / Peng, J.B. / Zhao, Y.X. / Chen, X. / Zhang, Y.Y. / Peng, Y.L. / Liu, J.F. / Zhang, G.Z.

履歴

登録	2018年1月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z33.cif.gz	168.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z33.ent.gz	134.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z33.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5z33_validation.pdf.gz	425.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5z33_full_validation.pdf.gz	428.8 KB	表示
XML形式データ	5z33_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	5z33_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/5z33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/5z33	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4eku-d 3lkw-1 2fvp-d 2lcu-d 6xtj-d 6an0-d 3fma-d 6hxp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase

48.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.549, 74.549, 158.561
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase 分子量: 48312.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Magnaporthe oryzae (strain P131) (菌類) 株: P131 / 遺伝子: MPS1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: G4N374, mitogen-activated protein kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	Sequence reference G4N374 (G4N374_MAGO7) was derived from a different strain Magnaporthe oryzae ...Sequence reference G4N374 (G4N374_MAGO7) was derived from a different strain Magnaporthe oryzae (strain 70-15 / ATCC MYA-4617 / FGSC 8958) (TaxID 242507).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.28 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium cacodylate trihydrate, tacsimate, spermine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→79.28 Å / Num. obs: 379824 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.6 % / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.99→2.1 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.99→59.795 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.31 / 位相誤差: 20.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2217	1989	5.56 %
R_work	0.1866	-	-
obs	0.1886	35781	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→59.795 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3013	0	0	151	3164

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3081
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.048	4173
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.612	1852
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	454
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	548

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9901-2.0398	0.2787	140	0.2408	2359	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0398-2.095	0.218	143	0.2222	2371	X-RAY DIFFRACTION	100
2.095-2.1566	0.2771	140	0.2114	2391	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1566-2.2262	0.2413	138	0.203	2391	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2262-2.3058	0.2513	140	0.1994	2380	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3058-2.3981	0.2214	139	0.1998	2395	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3981-2.5073	0.235	142	0.1978	2373	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5073-2.6395	0.2534	145	0.198	2410	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6395-2.8048	0.2143	137	0.1987	2395	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8048-3.0214	0.2308	143	0.2034	2420	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0214-3.3254	0.2566	139	0.1941	2422	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3254-3.8066	0.2057	142	0.1766	2454	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8066-4.7956	0.1754	144	0.1577	2462	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7956-59.822	0.2328	157	0.185	2569	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1493	0.8752	1.0408	2.283	-0.9249	6.2345	-0.0739	0.7237	-0.2471	-0.4383	-0.1252	-0.4541	0.1105	0.8161	0.1631	0.2792	0.0974	-0.0006	0.5368	0.0435	0.4881	46.046	-36.192	22.033
2	4.0615	-0.0934	2.526	1.4837	0.5245	3.4919	-0.0548	0.1992	-0.089	-0.1773	0.0542	0.0983	-0.0551	0.2435	-0.0117	0.212	0.0519	0.0247	0.3008	0.0077	0.2515	48.972	-34.3	34.582
3	3.5229	2.3044	-3.9311	4.0895	-3.6445	5.4229	0.0639	-0.403	-0.6585	0.311	0.0224	0.7561	0.7011	-0.6517	-0.0181	0.3751	-0.0995	-0.0353	0.7415	0.2054	0.633	38.284	-46.839	40.978
4	5.6471	-1.2925	1.5553	4.8339	-2.4037	7.8362	0.0324	0.1826	-0.7024	-0.2708	0.5516	1.0729	0.816	-1.0461	-0.6043	0.3658	-0.0068	-0.0513	0.4352	0.0553	0.5466	48.938	-52.439	44.596
5	1.4563	-0.6019	0.9249	1.1203	-0.4876	1.7366	0.0328	-0.2812	-0.1929	0.1321	0.1054	0.2013	0.2552	-0.1948	-0.1255	0.2992	0.0357	0.0219	0.3623	0.0232	0.3304	48.734	-44.17	47.37
6	7.3155	-4.2635	-2.072	2.491	1.0832	1.9581	0.2399	0.2661	-1.3639	-0.3103	-0.4551	0.5985	0.3789	-0.7164	0.3354	0.6068	-0.0822	-0.1879	0.4498	-0.0345	0.7061	19.133	-1.528	45.04

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 85 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 86 through 162 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 163 through 186 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 187 through 207 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 208 through 360 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 394 through 412 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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