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- PDB-5z33: Crystal structure of Mitogen-activated Protein Kinase Mps1 in Mag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z33
タイトルCrystal structure of Mitogen-activated Protein Kinase Mps1 in Magnaporthe oryzae
要素Mitogen-activated protein kinase
キーワードTRANSFERASE / Mps1 / MAPK / Phosphorylation / Magnaporthe oryzae
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitotic cytokinesis / cell integrity MAPK cascade / regulation of fungal-type cell wall biogenesis / positive regulation of developmental process / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein serine kinase activity ...negative regulation of mitotic cytokinesis / cell integrity MAPK cascade / regulation of fungal-type cell wall biogenesis / positive regulation of developmental process / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein serine kinase activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase MPS1
類似検索 - 構成要素
生物種Magnaporthe oryzae (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Zhou, F. / Liu, J.F. / Zhang, G.Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Key Research and Development PlanNo.2017YFD0200500 中国
National Key Research and Development PlanNo.2017YFD0201100 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Mitogen-activated Protein Kinase Mps1 in Magnaporthe oryzae
著者: Zhou, F. / Peng, J.B. / Zhao, Y.X. / Chen, X. / Zhang, Y.Y. / Peng, Y.L. / Liu, J.F. / Zhang, G.Z.
履歴
登録2018年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3131
ポリマ－48,3131
非ポリマー00
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.549, 74.549, 158.561
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase


分子量: 48312.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnaporthe oryzae (strain P131) (菌類)
株: P131 / 遺伝子: MPS1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: G4N374, mitogen-activated protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Sequence reference G4N374 (G4N374_MAGO7) was derived from a different strain Magnaporthe oryzae ...Sequence reference G4N374 (G4N374_MAGO7) was derived from a different strain Magnaporthe oryzae (strain 70-15 / ATCC MYA-4617 / FGSC 8958) (TaxID 242507).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium cacodylate trihydrate, tacsimate, spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→79.28 Å / Num. obs: 379824 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.6 % / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.99→2.1 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→59.795 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.31 / 位相誤差: 20.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2217 1989 5.56 %
Rwork0.1866 --
obs0.1886 35781 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→59.795 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3013 0 0 151 3164
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073081
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0484173
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6121852
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007548
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9901-2.03980.27871400.24082359X-RAY DIFFRACTION100
2.0398-2.0950.2181430.22222371X-RAY DIFFRACTION100
2.095-2.15660.27711400.21142391X-RAY DIFFRACTION100
2.1566-2.22620.24131380.2032391X-RAY DIFFRACTION100
2.2262-2.30580.25131400.19942380X-RAY DIFFRACTION100
2.3058-2.39810.22141390.19982395X-RAY DIFFRACTION100
2.3981-2.50730.2351420.19782373X-RAY DIFFRACTION100
2.5073-2.63950.25341450.1982410X-RAY DIFFRACTION100
2.6395-2.80480.21431370.19872395X-RAY DIFFRACTION100
2.8048-3.02140.23081430.20342420X-RAY DIFFRACTION100
3.0214-3.32540.25661390.19412422X-RAY DIFFRACTION100
3.3254-3.80660.20571420.17662454X-RAY DIFFRACTION100
3.8066-4.79560.17541440.15772462X-RAY DIFFRACTION100
4.7956-59.8220.23281570.1852569X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.14930.87521.04082.283-0.92496.2345-0.07390.7237-0.2471-0.4383-0.1252-0.45410.11050.81610.16310.27920.0974-0.00060.53680.04350.488146.046-36.19222.033
24.0615-0.09342.5261.48370.52453.4919-0.05480.1992-0.089-0.17730.05420.0983-0.05510.2435-0.01170.2120.05190.02470.30080.00770.251548.972-34.334.582
33.52292.3044-3.93114.0895-3.64455.42290.0639-0.403-0.65850.3110.02240.75610.7011-0.6517-0.01810.3751-0.0995-0.03530.74150.20540.63338.284-46.83940.978
45.6471-1.29251.55534.8339-2.40377.83620.03240.1826-0.7024-0.27080.55161.07290.816-1.0461-0.60430.3658-0.0068-0.05130.43520.05530.546648.938-52.43944.596
51.4563-0.60190.92491.1203-0.48761.73660.0328-0.2812-0.19290.13210.10540.20130.2552-0.1948-0.12550.29920.03570.02190.36230.02320.330448.734-44.1747.37
67.3155-4.2635-2.0722.4911.08321.95810.23990.2661-1.3639-0.3103-0.45510.59850.3789-0.71640.33540.6068-0.0822-0.18790.4498-0.03450.706119.133-1.52845.04
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 85 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 86 through 162 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 163 through 186 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 187 through 207 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 208 through 360 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 394 through 412 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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