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万見
- PDB-5z2w: Crystal structure of the bacterial cell division protein FtsQ and FtsB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z2w
タイトルCrystal structure of the bacterial cell division protein FtsQ and FtsB
要素
  • Cell division protein FtsB
  • Cell division protein FtsQ
キーワードCELL CYCLE / Cell division
機能・相同性
機能・相同性情報


FtsBL complex / FtsQBL complex / cell septum assembly / divisome complex / cell septum / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / cell division site / plasma membrane => GO:0005886 / cell division ...FtsBL complex / FtsQBL complex / cell septum assembly / divisome complex / cell septum / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / cell division site / plasma membrane => GO:0005886 / cell division / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cell division protein FtsQ/DivIB / Septum formation initiator FtsL/DivIC / Cell division protein FtsB / Septum formation initiator / Cell division protein FtsQ, C-terminal / Cell division protein FtsQ / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type ...Cell division protein FtsQ/DivIB / Septum formation initiator FtsL/DivIC / Cell division protein FtsB / Septum formation initiator / Cell division protein FtsQ, C-terminal / Cell division protein FtsQ / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / membrane protein fhac / POTRA domain / POTRA domain profile. / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division protein FtsB / Cell division protein FtsQ / Cell division protein FtsQ / Cell division protein FtsB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Choi, Y. / Yoon, H.J. / Lee, H.H.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural Insights into the FtsQ/FtsB/FtsL Complex, a Key Component of the Divisome.
著者: Choi, Y. / Kim, J. / Yoon, H.J. / Jin, K.S. / Ryu, S. / Lee, H.H.
履歴
登録2018年1月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein FtsQ
B: Cell division protein FtsB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0504
ポリマ－28,0022
非ポリマー492
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area14270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.557, 39.306, 73.191
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.770, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein FtsQ


分子量: 24045.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ftsQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J7Q602, UniProt: P06136*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Cell division protein FtsB


分子量: 3956.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ftsB, AWP75_20790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q6B6Y5, UniProt: P0A6S5*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.23 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 15% PEG6000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.03
反射解像度: 2.92→50 Å / Num. obs: 8124 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 1.563 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
2.92-2.9740.984090.7040.5531.542100
2.97-3.0240.9533890.7380.5321.697100
3.02-3.084.10.7423950.8580.4121.6891000.85
3.08-3.154.10.6363950.8840.3541.5871000.73
3.15-3.214.10.4544090.8990.2531.5031000.521
3.21-3.294.20.4214100.930.2321.7241000.482
3.29-3.374.10.3333900.9570.1831.5641000.381
3.37-3.464.10.2484010.9780.1371.6341000.284
3.46-3.564.10.1974150.9830.1091.6971000.226
3.56-3.684.10.173780.990.0951.8681000.195
3.68-3.814.10.1264120.9910.071.7191000.145
3.81-3.964.10.0954220.9960.0531.6461000.109
3.96-4.144.10.0793940.9970.0441.6211000.091
4.14-4.364.10.0624110.9980.0351.681000.072
4.36-4.634.10.0483970.9980.0271.5391000.056
4.63-4.994.10.0434150.9990.0241.3981000.05
4.99-5.494.10.054050.9970.0281.3341000.057
5.49-6.2940.0484230.9970.0271.2731000.055
6.29-7.9240.0344150.9990.0191.1571000.039
7.92-503.70.034390.9980.0181.39899.10.035

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→36.469 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2745 749 10.04 %
Rwork0.2074 --
obs0.2141 7463 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 172.47 Å2 / Biso mean: 84.5849 Å2 / Biso min: 43.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→36.469 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1966 0 2 0 1968
Biso mean--62.88 --
残基数----244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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